InterPro
InterPro је база података протеинских фамилија, домена и функционалних места на којима су нађене препознатљиве особине познатих протеина које се могу применити на нове протеинске секвенце[1] да би се функционално карактерисале.
InterPro садржај је базиран на диагностичким потписима и протеинима који им у значајној мери одговарају. Потписи се састоје оф модела (једноставних врста, попут регуларних израза, или комплекснијих, као што су Скривени Марковљеви модели) који описују протеинске фамилије, домене или места. Модели су изведени из аминокиселинских секвенци познатих фамилија или домена. Они су накнадно коришћени за претрагу непознатих секвенци (као што су оне добијене секвенцирањем генома) са циљем њихове класификације. Сваки члан колекције InterPro база података доприноси различитој ниши, од веома високог нивоа, структурно-базиране класификације (SUPERFAMILY и CATH-Gene3D) до веома специфичних класификација под-фамилија (PRINTS и PANTHER).
Види још [уреди]
Литература [уреди]
- ^ Hunter S, Apweiler R, Attwood TK, Bairoch A, Bateman A, Binns D, Bork P, Das U, Daugherty L, Duquenne L, Finn RD, Gough J, Haft D, Hulo N, Kahn D, Kelly E, Laugraud A, Letunic I, Lonsdale D, Lopez R, Madera M, Maslen J, McAnulla C, McDowall J, Mistry J, Mitchell A, Mulder N, Natale D, Orengo C, Quinn AF, Selengut JD, Sigrist CJ, Thimma M, Thomas PD, Valentin F, Wilson D, Wu CH, Yeats C (January 2009). „InterPro: the integrative protein signature database“. Nucleic Acids Research 37 (Database issue): D211–5. DOI:10.1093/nar/gkn785. PMC 2686546. PMID 18940856.
