Marko Đoković je srednji sin Dijane i Srđana Đokovića i mlađi brat najboljeg svetskog tenisera Novaka Đokovića. Marko ima i mlađeg brata Đorđa koji se takođe bavi tenisom.
Sa juniorskim takmičenjima pod okriljem ITF Marko je počeo u septembru 2006. godine, a već naredne godine počeo je da se takmiči i u seniorskoj konkurenciji. Tokom jula 2007. učestvovao je u kvalifikacijama za ATP turnir u Umagu (Hrvatska), ali je poražen u prvom kolu od španskog tenisera Pabla Anduhara sa 0:2 (po setovima 2:6, 1:6). Na istom turniru zajedno sa bratom Novakom odigrao je i jedan meč u konkurenciji dublova protiv francuske kombinacije Vaselen/Monkur koji su izgubili sa 0:2 (po setovima 5:7, 1:6).
Učestvovao je na juniorskom Otvorenom prvenstvu Australije2008, gde je poražen u prvom kolu. Prvu juniorsku titulu osvojio je na turniru u Podgorici u avgustu 2008. pobedivši u finalu domaćeg tenisera Ljubomira Čelebića. U julu2008. Đoković je dobio specijalnu pozivnicu za kvalifikacije za turnir u Umagu, ali je ponovo poražen u prvom kolu, ovaj put od italijanskog tenisera Frančeska Pikarija. U septembru 2008. zahvaljujući specijalnoj pozivnici organizatora učestvovao je u glavnom žrebu ATP turnira na Tajlandu gde je izgubio u prvom kolu od FincaJarka Nijeminena sa 0:2 (po setovima 2:6, 0:6).[1]
Krajem februara 2012. zahvaljujući specijalnoj pozivnici organizatora učestvovao je u glavnom žrebu Otvorenog prvenstva Dubaija. Bio je to njegov prvi nastup na nekom od turnira iz kategorije 500, a izgubio je u prvom kolu od tenisera iz KazahstanaAndreja Golubjeva sa 0:2 (po setovima 3:6, 2:6).[2]