EcoRI

Из Википедије, слободне енциклопедије
EcoRI
PDB 1qc9 EBI.jpg
Kristalografska struktura restrikcione endonukleaze EcoRI bez DNK
Identifikatori
Simbol EcoRI
Pfam PF02963
InterPro IPR004221
SCOP 1na6
Superfamilija 1na6
EcoRI mesto prepoznavanja sa obrascom presecanja označenim zelenom linijom
EcoRI kristalna struktura. Dimer vezan za DNK (1ckq)[1]

EcoRI je endonukleazni enzim izolovan iz sojeva E. coli. On je deo restrikciono modifikacionog sistema.

EcoRI se koristi kao restrikcioni enzim u molekularnoj biologiji. On kreira lepljive krajeve sa prepustima na 5' krajevima. Sekvenca nukleinske kiseline gde enzim preseca je GAATTC, što je komplementarno sa sekvencom CTTAAG. Ovi krajevi su rotaciono simetrični.

Struktura[уреди]

Primarna struktura[уреди]

Poput mnogih restrikcionih endonukleaza, EcoRI sadrži PD..D/EXK motiv unutar svog aktivnog mesta. On se tipično koristi za izolaciji i restrikciju bakterijske plazmidne DNK. U EcoRI ovaj motiv se sastoji od ostataka P90, D91, E111, A112, K113(2)1.

Tercijarna i kvaternarna struktura[уреди]

Ovaj enzim je homodimer podjedinica sa 31 kD, koje sadrže globularne domene sa α/β arhitekturom. Svaka podjedinica sadrži petlju izvan globularnog domena koja se obavija oko DNK pri vezivanju..[2][3]

EcoRI je kokristalisan sa sekvencom koju normalno preseca. Taj kristal je korišten za rešavanje strukture kompleksa 1QPS. Rešena kristalna struktura pokazuje da su podjedinice enzima homodimeri koji simetrično interaguju sa DNK.[2] U kompleksu, dva α-heliksa sa svake podjedinice zajedno formiraju heliksni svežanj.[4] Na interagujućim heliksima su ostaci Glu144 i Arg145, koji formiraju prsten putem kojeg dva aktivna mesta enzima komuniciraju.[5]

Reference[уреди]

  1. ^ A. Grigorescu, M. Horvath, P. A. Wilkosz, K. Chandrasekhar and J. M. Rosenberg (2004). „The Integration of Recognition and Cleavage: X-Ray Structures of Pre-Transition State Complex, Post-Reactive Complex, and the DNA-Free Endonuclease“. Nucleic Acids and Molecular Biology 14: 137-177. DOI:10.1007/978-3-642-18851-0_6. 
  2. ^ а б Pingoud, A., Jeltsch, A. (2001). „Structure and function of type II restriction endonucleases“. Nucl. Acids Res 29 (18): 3705–3727. DOI:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805. 
  3. ^ Kurpiewski, M. R., Engler, L. E., Wozniak, L. A., Kobylanska, A., Koziolkiewicz, M., Stec, W. J, Jen-Jacobson, L (2004). „Mechanisms of coupling between DNA recognition and catalysis in EcoRI endonucleases“. Structure 12: 1775–1788. DOI:10.1016/j.str.2004.07.016. PMID 15458627. 
  4. ^ Bitinaite, J., D. A. Wah, Aggarwal, A. K., Schildkraut, I. (1998). „FokI dimerization is required for DNA cleavage“. Proc Natl Acad Sci U S A 95 (18): 10570–5. DOI:10.1073/pnas.95.18.10570. PMC 27935. PMID 9724744. 
  5. ^ Kim, Y. C., Grable, J. C., Love, R., Greene, P. J., Rosenberg, J. M. (1990). „Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing“. Science 249 (4974): 1307–1309. DOI:10.1126/science.2399465. PMID 2399465. 

Literatura[уреди]

Vidi još[уреди]

Spoljašnje veze[уреди]