Homologno modelovanje

Из Википедије, слободне енциклопедије

Homologno modelovanje, takođe poznato kao komparativno modelovanje proteina, je računarska izgradnja modela proteina sa atomskom rezolucijom počevši od aminokiselinskih sekvenci, i od eksperimentalne trodimenzionalne strukture srodnog homogenog protein ("šablona").

Homologno modelovanje se oslanja na identifikaciji jedne ili više poznatih proteinskih struktura za koje se smatra da nalikuju modelovanoj strukturi, i na pravljenju poravnanja koje mapira ostatake upitne sekvence na ostatake sekvencu šablona. Pokazano je da su proteinske strukture u većoj meri očuvane nego što be se očekivalo iz sekvenci homolognih proteina. Sekvence sa manje od 20% sličnosti sekvenci mogu da imaju veoma različite strukture.[1][2]

Proteinske strukture su u većoj meri konzervirane od DNA sekvenci, i stoga merljive nivoi sličnosti sekvenci obično podrazumevaju znatnu strukturnu sličnost.[3]

Kvalitet homolognih modela zavisi od kvaliteta poravnanja sekvenci i proteinskog šablona. Pristup može biti komplikovan prisustvom praznine u poravnavanju koji ukazuju na strukturni region prisutan u ciljnom proteinu, ali ne u šablonu, kao i strukturnim prazninama u šablonu koji proizlaze iz loše rezolucije kristalne strukture. Kvalitet modela opada sa smanjenjem identiteta sekvenci. Tipičan model ima ~1-2 Å odstupanje između poravnatih Cα atoma na 70% identiteta sekvenci, ali odstupanje 2-4 Å na 25% identiteta sekvenci. Međutim, greške su značajno više u regionima petlji, gde aminokiselinske sekvence proteina cilja i šablona mogu biti potpuno drugačije.

Vidi još[уреди]

Literatura[уреди]

  1. ^ Chothia C, Lesk AM (April 1986). „The relation between the divergence of sequence and structure in proteins“. The EMBO Journal 5 (4): 823–6. PMC 1166865. PMID 3709526. 
  2. ^ Kaczanowski S and Zielenkiewicz P (2010). „Why similar protein sequences encode similar three-dimensional structures?“. Theoretical Chemistry Accounts 125: 543-50. 
  3. ^ Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A (2000). „Comparative protein structure modeling of genes and genomes“. Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure 29: 291–325. DOI:10.1146/annurev.biophys.29.1.291. PMID 10940251.