Балкененде се након студија прикључио демохришћанској странци Хришћански демократски позив (ЦДА), те 1998. године први пут бива изабран у холандски парламент. Поступно је напредовао у редовима странке, те био њен водећи кандидат на изборима 2002. године. Након тих избора формирао је краткотрајну коалицију с Листом Пума Фортуна, а након њеног колапса остао на положају формиравши коалицију с либералном странком ВВД и прогресивно-либералном странком Д66. 30. јуна2006. је поднео оставку, након што је прогресивно-либерална странка Д66 одлучила да напусти владајућу коалицију али је након избора осигурао нови мандат.
