Након смрти премијера Лала Бахадура Шастрија, Десаи је био снажан претендент за позицију премијера, али га је 1966. победила Индира Ганди. Постављен је за заменика премијера и министра финансија у кабинету Индире Ганди, и на овим позицијама је остао до 1969, када је напустио Конгрес током раскола 1969, и приступио ИНК (О). Након што је контроверзно Ванредно стање укинуто 1977, политичке партије опозиције су се ујединиле против Конгреса, под окриљем партије Џаната, и победиле на изборима 1977. Десаи је изабран за премијера, и постао је први премијер Индије који није био члан Индијског националног конгреса.
У историји Индије, он је најстарија особа која је била на дужности премијера, са 84 године.[2] Након тога се повукао са свих политичких положаја, али је наставио да води кампању за Џаната партију током избора 1980. Додељено му је највише индијско цивилно одликовање, Барат Ратна. Умро је 1995, са 99 година.
Медији везани за чланак Морарџи Десаи на Викимедијиној остави
