Strukturna klasifikacija proteina — разлика између измена
Садржај обрисан Садржај додат
мНема описа измене |
|||
| Ред 10: | Ред 10: | ||
* '''familija''' - sličnost sekvenci se može detektovati |
* '''familija''' - sličnost sekvenci se može detektovati |
||
==Vidi |
==Vidi još== |
||
*-{[[CATH]]}- |
*-{[[CATH]]}- |
||
Верзија на датум 15. децембар 2010. у 07:35
Strukturna klasifikacija proteina, engl. Structural Classification of Proteins (SCOP), je baza podataka koja prvenstveno sadrži manualnu klasifikacija proteinskih strukturnih domena. Ona je bazirana na sličnosti njihovih aminokiselinskih sekvenci i tri-dimenzionih struktura. Originalno je objavljena 1995.[1] i obično se ažurira jednom godišnje. Održavaju je Alexej Murzin i njegove kolege,[2][3].
Hijerarhijska struktura
SCOP sadrži četiri nivoa hijerarhijske strukturne klasifikacije:
- klasa - generalna "strukturna arhitektura" domena
- nabor - slična organizacija regularne sekundarne strukture ali bez evidencije o evolucionoj povezanosti
- superfamilija - dovoljna strukturna i funkciona sličnost da se izvede zaključak o divergentnoj evolucijskoj vezi, mada homologija sekvenci ne postoji
- familija - sličnost sekvenci se može detektovati
Vidi još
Literatura
- ^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). „SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures”. J. Mol. Biol. 247 (4): 536—40. PMID 7723011. doi:10.1006/jmbi.1995.0159.
- ^ Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). „SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics”. Nucleic Acids Res. 30 (1): 264—7. PMC 99154
. PMID 11752311. doi:10.1093/nar/30.1.264.
- ^ Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). „SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data”. Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D226—9. PMC 308773 . PMID 14681400. doi:10.1093/nar/gkh039.
