Katalitička trijada

Из Википедије, слободне енциклопедије
Jump to navigation Jump to search
Enzim TEV proteaza[a] sadrži katalitičku trijadu aminokiselinskih ostataka (crveno) u svom aktivnom mestu. Trijada se sastoji od aspartata (kiselina), histidina (Baza) i serina (Nukleofil). Supstrat (crno) je vezan za mesto vezivanja tako da je orjentisan pored trijade. PDB: 1lvm

Katalitička trijada su tri aminokiselinska ostatka koji zajedno funkcionišu u centru aktivnog mesta hidrolaza i transferaza (e.g. proteaze, amidaze, esteraze, acilaze, lipaze i β-laktamaze). Kiselinsko-bazno-nukleofilna trijada je čest motiv za generarisanje nucleofilnog ostatka za kovalentnu katalizu.[1][2] Ostaci formiraju mrežu za prenos naboja koji se polarizuju i aktiviraju nukleofil, koji napada supstrat, formirajući kovalentni intermedijer, koji se zatim hidrolizuje čime se regeneriše slobodni enzim i oslobađa produkt. Nukleofil je najčešće aminokiselina serin ili cistein, mada ponekad može da bude i treonin. Pošto enzim poprima kompleksne trodimenzionalne strukture, ostaci katalitičke trijade modu da budu na znatnom razmaku jedan od drugog duž aminokiselinske sekvence (primarne strukture), međutim oni su blizo u finalnoj strukturi.[3]

Kao i divergentna evolucija funkcije (pa čak i trijadnog nukleofila), katalitičke trijade su dobri primeri konvergentne evolucije. Hemijska ograničenja katalize su dovela do istih katalitičkih rešenja koja su nezavisno evoluirala u najmanje 23 zasebne superfamilije.[2] Njihov mehanizam dejstva je konsekventno jedan od najbolje izučenih u biohemiji.[4][5]

Vidi još[уреди]

Napomene[уреди]

  1. ^ TEV protease MEROPS: clan PA, family C4

Reference[уреди]

  1. ^ Dodson, G; Wlodawer, A (септембар 1998). „Catalytic triads and their relatives.”. Trends in Biochemical Sciences. 23 (9): 347—52. PMID 9787641. doi:10.1016/S0968-0004(98)01254-7. 
  2. 2,0 2,1 Buller, AR; Townsend, CA (19. 2. 2013). „Intrinsic evolutionary constraints on protease structure, enzyme acylation, and the identity of the catalytic triad”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (8): E653—61. Bibcode:2013PNAS..110E.653B. PMC 3581919Слободан приступ. PMID 23382230. doi:10.1073/pnas.1221050110. 
  3. ^ Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2002). „9 Catalytic Strategies”. Biochemistry (5th изд.). San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 0-7167-4955-6. 
  4. ^ Perutz, Max (1992). Protein structure. New approaches to disease and therapy. New York: W.H. Freeman and Co. 
  5. ^ Neurath, H (октобар 1994). „Proteolytic enzymes past and present: the second golden era. Recollections, special section in honor of Max Perutz”. Protein Sci. 3 (10): 1734—9. PMC 2142620Слободан приступ. PMID 7849591. doi:10.1002/pro.5560031013.