Strukturna klasifikacija proteina

Из Википедије, слободне енциклопедије
Иди на навигацију Иди на претрагу

Strukturna klasifikacija proteina, engleski: Structural Classification of Proteins (SCOP), je baza podataka koja prvenstveno sadrži manualnu klasifikacija proteinskih strukturnih domena. Ona je bazirana na sličnosti njihovih aminokiselinskih sekvenci i tri-dimenzionih struktura. Originalno je objavljena 1995.[1] i obično se ažurira jednom godišnje. Održavaju je Alexej Murzin i njegove kolege,[2][3].

Hijerarhijska struktura[уреди]

SCOP sadrži četiri nivoa hijerarhijske strukturne klasifikacije:

  • klasa - generalna "strukturna arhitektura" domena
  • nabor - slična organizacija regularne sekundarne strukture ali bez evidencije o evolucionoj povezanosti
  • superfamilija - dovoljna strukturna i funkciona sličnost da se izvede zaključak o divergentnoj evolucijskoj vezi, mada homologija sekvenci ne postoji
  • familija - sličnost sekvenci se može detektovati

Vidi još[уреди]

Literatura[уреди]

  1. ^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). „SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures”. J. Mol. Biol. 247 (4): 536—40. PMID 7723011. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. 
  2. ^ Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). „SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics”. Nucleic Acids Res. 30 (1): 264—7. PMC 99154Слободан приступ. PMID 11752311. doi:10.1093/nar/30.1.264. 
  3. ^ Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). „SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data”. Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D226—9. PMC 308773Слободан приступ. PMID 14681400. doi:10.1093/nar/gkh039. 

Spoljašnje veze[уреди]