Baza podataka konzerviranih domena — разлика између измена

С Википедије, слободне енциклопедије
Садржај обрисан Садржај додат
м Разне исправке
м . using AWB
Ред 27: Ред 27:
}}
}}


'''Baza podataka konzerviranih domena''' (''CDD'') je baza podataka dokumentovanih modela [[Poravnavanje višestrukih sekvenci|poravnavanja višestrukih sekvenci]] i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne [[Proteinski domen|domene]] i proteine pune dužine.<ref name="pmid21109532">{{cite journal | author = Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH | title = CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 39 | issue = Database issue | pages = D225–9 | year = 2011 | month = January | pmid = 21109532 | pmc = 3013737 | doi = 10.1093/nar/gkq1189 }}</ref>
'''Baza podataka konzerviranih domena''' (''CDD'') je baza podataka dokumentovanih modela [[Poravnavanje višestrukih sekvenci|poravnavanja višestrukih sekvenci]] i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne [[Proteinski domen|domene]] i proteine pune dužine.<ref name="pmid21109532">{{cite journal |vauthors=Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH | title = CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 39 | issue = Database issue | pages = D225–9 | year = 2011 | month = January | pmid = 21109532 | pmc = 3013737 | doi = 10.1093/nar/gkq1189 }}</ref>


==Sadržaj baze podataka==
==Sadržaj baze podataka==
CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (-{[[Pfam]], SMART, COG, PRK, [[TIGRFAM]]}-). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.
CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (-{[[Pfam]], SMART, COG, PRK, [[TIGRFAM]]}-). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.


==Reference==
==Reference==
Ред 37: Ред 37:
== Spoljašnje veze ==
== Spoljašnje veze ==
{{портал|Информатика}}
{{портал|Информатика}}
* {{cite web | url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml | title = Conserved Domains Database (CDD) and Resource Group | author = | authorlink = | coauthors = | date = | format = | work = | publisher = United States National Center for Biotechnology Information | pages = | language = | archiveurl = | archivedate = | quote = | accessdate = }}
* {{cite web | url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml | title = Conserved Domains Database (CDD) and Resource Group | date = | format = | work = | publisher = United States National Center for Biotechnology Information | pages = | language = | archiveurl = | archivedate = | quote = | accessdate = }}


[[Категорија:Биолошке базе података]]
[[Категорија:Биолошке базе података]]

Верзија на датум 24. октобар 2016. у 01:20

CDD
Kontent
OpisBaza podataka konzerviranih domena za funkcionalnu anotaciju proteina
Kontakt
Istraživački centarNacionalni centar za biotehnološke informacije
AutoriAron Marchler-Bauer
Primarni citatMarchler-Bauer & al. (2011)[1]
Datum objavljivanja2003
Pristup
Veb stranicancbi.nlm.nih.gov
Alati
Razno

Baza podataka konzerviranih domena (CDD) je baza podataka dokumentovanih modela poravnavanja višestrukih sekvenci i modela izvedenih putem pretraživanja baze, za drevne domene i proteine pune dužine.[1]

Sadržaj baze podataka

CDD sadržaj obuhvata NCBI ručno obrađene modele domena, kao i modele unesene iz brojnih spoljašnjih izvora (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAM). Jedinstvena karakteristka NCBI revidiranih domena je da se koriste 3D-strukturne informacije da se eksplicitno definišu granice domena, poravnaju blokovi, korijugu detalji poravnavanja, i pruži uvid u odnose sekvence, strukture i funkcije. Ručno tretirani modeli su organizovani u hijerarhiju, kad se opisuju familije domena koje imaju zajedničko poreklo.

Reference

  1. ^ а б Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, Fong JH, Geer LY, Geer RC, Gonzales NR, Gwadz M, Hurwitz DI, Jackson JD, Ke Z, Lanczycki CJ, Lu F, Marchler GH, Mullokandov M, Omelchenko MV, Robertson CL, Song JS, Thanki N, Yamashita RA, Zhang D, Zhang N, Zheng C, Bryant SH (2011). „CDD: a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D225—9. PMC 3013737Слободан приступ. PMID 21109532. doi:10.1093/nar/gkq1189.  Непознати параметар |month= игнорисан (помоћ)

Spoljašnje veze