Ligaza — разлика између измена
. |
|||
| Ред 10: | Ред 10: | ||
== Nomenklatura == |
== Nomenklatura == |
||
{{rut}} |
|||
The common names of ligases often include the word "ligase", such as [[DNA ligase]], an enzyme commonly used in molecular biology [[laboratory|laboratories]] to join together [[DNA]] fragments. Other common names for ligases include the word "synthetase", because they are used to [[biosynthesis|synthesize]] new molecules. |
|||
Uobičajena imena ligaza često uključuju reč „ligaza”, kao što je [[DNK ligaza]], enzim koji se obično koristi u molekularno biološkim [[laboratorija]]ma za spajanje fragmenata [[DNK]]. Drugo uobičajeno ime za ligaze uključuje reč „sintetaza”, jer se one koriste za [[Biosinteza|biosintezu]] novih molekula. |
|||
Biochemical nomenclature has sometimes distinguished synthetases from [[synthase]]s and sometimes treated the words as [[synonym]]s. Under one definition, synthases ''do not'' use energy from [[nucleoside triphosphate]]s (such as ATP, GTP, CTP, TTP, and UTP), whereas synthetases ''do'' use nucleoside triphosphates. It is also said that a synthase is a [[lyase]] (a lyase is an enzyme that catalyzes the breaking of various chemical bonds by means other than hydrolysis and oxidation, often forming a new double bond or a new ring structure) and does not require any energy, whereas a synthetase is a ligase (a ligase is an enzyme that binds two chemicals or compounds) and thus requires energy. However, the [[Joint Commission on Biochemical Nomenclature]] (JCBN) dictates that "synthase" can be used with any enzyme that catalyses synthesis (whether or not it uses nucleoside triphosphates), whereas "synthetase" is to be used synonymously.<ref>{{cite web|url=http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/newsletter/misc/synthase.html |title=Synthases and ligases |work=chem.qmul.ac.uk |date= |accessdate=July 28, 2013}}</ref> |
|||
Biohemijska nomenklatura ponekad razlikuje sintetaze od [[synthase|sintaza]], a ponekad ih tretira kao [[sinonim]]e. Po jednoj definiciji, sintaze ''ne koriste'' energiju iz [[Nukleozid trifosfat|nukleozidnih trifosfata]] (kao što su ATP, GTP, CTP, TTP i UTP), dok sintetaze ''koriste'' nukleozidne trifosfate. Takođe je rečeno da je sintaza [[lijaza]] (lijaza je enzim koji katalizuje razlaganje raznih hemijskih veza na načine koji nisu hidroliza i oksidacija, često formirajući novu dvostruku vezu ili novu prstenastu strukturu) i ne zahteva nikakvu energiju dok je sintetaza ligaza (ligaza je enzim koji vezuje dve hemikalije ili jedinjenja) i stoga zahteva energiju. Međutim, [[Joint Commission on Biochemical Nomenclature|Zajednička komisija za biohemijsku nomenklaturu]] (-{JCBN}-) nalaže da se termin „sintaza” može koristiti sa bilo kojim enzimom koji katalizuje sintezu (nezavisno od toga da li koristi nukleozidne trifosfate), dok se „sintetaza” koristi sinonimno.<ref>{{cite web|url=http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/newsletter/misc/synthase.html |title=Synthases and ligases |work=chem.qmul.ac.uk |date= |accessdate=July 28, 2013}}</ref> |
|||
== Klasifikacija == |
== Klasifikacija == |
||
Верзија на датум 29. јун 2019. у 20:57
U biohemiji, ligaza je enzim koji može da katalizuje spajanje dva velika molekula puretem formiranja nove hemijske veze, što obično prati hidroliza male krajnje hemijske grupe na jednom od većih molekula ili enzim katalizuje povezivanje dva jedinjenja, e.g., enzimi kiji katalizuju spajanje C-O, C-S, C-N, etc. Generalno, ligaze katalizuju sledeću reakciju:
- Ab + C → A–C + b
ili ponekad
- Ab + cD → A–D + b + c + d + e + f
pri čemu mala slova mogu da označavaju male, nezavisne grupe. Ligaze mogu da spoje dva komplementarna fragmenta nukleinske kiseline i poprave jednolančane prekide koji nastaju u dvolančanoj DNK tokom replikacije.
Nomenklatura
Uobičajena imena ligaza često uključuju reč „ligaza”, kao što je DNK ligaza, enzim koji se obično koristi u molekularno biološkim laboratorijama za spajanje fragmenata DNK. Drugo uobičajeno ime za ligaze uključuje reč „sintetaza”, jer se one koriste za biosintezu novih molekula.
Biohemijska nomenklatura ponekad razlikuje sintetaze od sintaza, a ponekad ih tretira kao sinonime. Po jednoj definiciji, sintaze ne koriste energiju iz nukleozidnih trifosfata (kao što su ATP, GTP, CTP, TTP i UTP), dok sintetaze koriste nukleozidne trifosfate. Takođe je rečeno da je sintaza lijaza (lijaza je enzim koji katalizuje razlaganje raznih hemijskih veza na načine koji nisu hidroliza i oksidacija, često formirajući novu dvostruku vezu ili novu prstenastu strukturu) i ne zahteva nikakvu energiju dok je sintetaza ligaza (ligaza je enzim koji vezuje dve hemikalije ili jedinjenja) i stoga zahteva energiju. Međutim, Zajednička komisija za biohemijsku nomenklaturu (JCBN) nalaže da se termin „sintaza” može koristiti sa bilo kojim enzimom koji katalizuje sintezu (nezavisno od toga da li koristi nukleozidne trifosfate), dok se „sintetaza” koristi sinonimno.[1]
Klasifikacija
Ligagaze se klasifikuju kao EC 6 u EC brojevnoj klasifikaciji enzima. Ligaze se mogud dalje klasifikovati u šest podklasa:
- EC 6.1 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje ugljenik-kiseonik veza
- EC 6.2 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje ugljenik-sumpor veza
- EC 6.3 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje ugljenik-azot veza (uključujući argininosukcinatnu sintazu)
- EC 6.4 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje ugljenik-ugljenik veza
- EC 6.5 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje fosforno estarskih veza
- EC 6.6 obuhvata ligaze koje se koriste za formiranje azot-metal veza, kao u helatazama
Lizaze asocirane sa membranom
Pojedine ligaze su povezane sa biološkim membranama kao periferni membranski proteini ili usidrene pomoću jednog transmembranskog heliksa[2], na primer pojedine ubikvitinske ligaze.
Vidi još
Reference
- ^ „Synthases and ligases”. chem.qmul.ac.uk. Приступљено 28. 7. 2013.
- ^ Superfamilies of single-pass transmembrane ligases in Membranome database
Spoljašnje veze
- EC 6 Introduction from the Department of Chemistry at Queen Mary, University of London
| Normativna kontrola: Državne |
|---|
