Протеинске методе
Протеин методе су технике које се користе за студирање протеина.
Постоји низ експерименталних метода за студирање протеина, нпр. за детектовање протеина, за изоловање и пречишћавање протеина и друге методе за карактерисање структуре и функције протеина. За примену ових метода често је неопходно да се прво пречисти протеин. Рачунарске методе типично користе компјутерске програме за анализу протеина. Многе експерименталне методе користе компјутерску анализу обраду сирових података (нпр. масена спектрометрија).
Експериментална анализа протеина типично почиње изражавањем и пречишћавањем протеина. Изражавање се остварује манипулусањем ДНК која кодира протеин(е) од интереса. Из тог разлога за протеинска анализу су обично неопходне ДНК методе, посебно клонирање. Други примери су
- концептуална транслација - многи протеини никад нису били директно секвенцирани, али су њихове аминокиселинске секвенце познате путем "концептуалне транслације" познате иРНК секвенце.
- мутагенеза усмерена на положај омогућава формирање и тестирање нових варијанти протеина раду одређивања утицаја структурних промена на функцију протеина.
- уметање протеинских ознака као што је Хис ознака. (погледајте зелени флуоресцентни протеин)
- Протеини који учествују у људским болестима се могу идентификовати налажењем алела болести и других фенотипских карактеристика користећи методе као што је прорачун ЛОД бодовања.
Детекција протеина
- микроскопија, протеинско имунобојење
- Протеинска имунопреципитација
- Имуноелектрофореза
- Имуноблотинг
- БЦА протеински тест (за мерење концентрације протеина)
- Вестерн блот
- Спектрофотометрија
- Ензимски тест
Протеинско пречишћавање
- Протеинска изолација
- Хроматографски методи: јонска размена, ексклузиона хроматографија, афинитетна хроматографија
- Протеинска екстракција и растварање
- Методи за одређивање протеинске концентрације, Брадфордов протеински тест
- Концентрисање протеинских раствора
- Гелна електрофореза
- Електрофокусирање
Протеинска структура
Протеин-Протеин интеракције
- Квашчев двохибридни систем
- Тест комплементације протеинских фрагмената
- Коимунопреципитација
- Афинитетна хроматографија и масена спектрометрија
Протеин-ДНК интеракције
Рачунарске методе
- Молекулска динамика
- Предвиђање протеинске структуре
- Поравнавање секвенци (поређење секвенци, укључујући БЛАСТ)
- Структурно поравнавање протеина
- Протеинска онтологија (Онтологија гена)
Друге методе
- Водонично-деутеријумска размена
- Масена спектрометрија
- Протеинско секвенцирање
- Протеинска синтеза
- Протеомика
- Узимање пептидних масених отисака (енгл. Peptide mass fingerprinting)
- Тест везивања лиганда
- Истерн блотинг
- метаболичко обележавање
- обележавање тешким изотопима
- обележавање радиоактивним изотопима
Литература[уреди | уреди извор]
- "Protein Methods", 2nd Edition by Daniel M. Bollag, Michael D. Rozycki and Stuart J. Edelstein (1996) Published by Wiley Publishers ISBN 0-471-11837-0.