Druga liga Crne Gore U sezoni 2016/17 je bilo jedanaesto po redu takmičenje organizovano od strane fudbalskog saveza Crne Gore od osnivanja 2006. i to je drugi stepen takmičenja u Crnoj Gori.
Format takmičenja u Drugoj ligi u sezoni 2016/17. ostao je isti kao i prethodnih godina, igra se trokružnim sistemom, svako sa svakim kući i na strani po jednom, dok se raspored za treći krug određuje na osnovu pozicija na tabeli nakon prva dva kruga. Na kraju sezone, pobjednik Druge lige će izboriti plasman u Prvu ligu za sezonu 2016/17, dok će drugoplasirana i trećeplasirana ekipa igrati u baražu sa osmoplasiranom i devetoplasiranom ekipom iz Prve lige na kraju sezone 2016/17, zbog skraćivanja Prve lige na 10 klubova, zadnja tri kluba direktno ispadaju u Drugu ligu, dok će osmoplasirana i devetoplasirana ekipa igrati baraž za opstanak.[4][5] Na kraju sezone, iz lige ispadaju tri poslednjeplasirana kluba.
Sezona je počela 14 avgusta 2016. Nakon 13 odigranih kola, FK Grafičar, zbog nedostatka finansijskih sredstava, nije mogao da organizuje dvije utakmice i, prema pravilima fudbalskog saveza Crne Gore, Grafičar je isključen iz Druge lige. Takođe, sve utakmice koje je odigrao Grafičar su poništene.[6] Komisija za takmičenje fudbalskog saveza Crne Gore, na sjednici održanoj 18. novembra 2016. isključila je FK Grafičar iz Druge lige Crne Gore.[7]
U okviru 18 kola Druge lige, sve utakmice su završene rezultatom 0:0.[8]
Sezona je završena 27. maja 2017, titulu i plasman u Prvu ligu osvojio je Kom.[9]
Nakon završetka prvenstva drugoplasirana ekipa iz Druge lige igrala je sa devetoplasiranom ekipom iz Prve lige za mjesto u Prvoj ligi u sezoni 2017/18. Isto tako su igrali i trećeplasirani iz Druge lige protiv osmoplasiranog iz Prve lige. Pobjednici ovih susreta izborili su plasman u Prvu ligu za sezonu 2017/18, a poraženi će igrati u Drugoj ligi Crne Gore.
Doigravanje za plasman u Drugu ligu iz Treće lige[uredi | uredi izvor]
Treća liga Crne Gore podijeljena je na tri regije (Južnu, Sjevernu i Srednju). Nakon završenog ligaškog dijela u regijama, prvaci igraju međusobno po sistemu svako sa svakim dva puta (kući i na strani), najbolja ekipa će izboriti plasman u Drugu ligu Crne Gore, dok će druge dvije i naredne sezone igrati u Trećoj ligi, u svojoj regiji.
^Meč između Čelika i Jezera nije odigran jer se domaći tim nije pojavio, registrovno je službenim rezultatom 0:3
^Meč između Mornara i Radničkog prekinut je u 31 minutu pri rezultu 6:1, jer je Radnički na utakmicu doputovao sa 8 fudbalera, a nakon povrede jednog od njih, sudija je prekinuo utakmicu.
^Beranama su oduzeta tri boda zbog nenastupanja omladinskog tima na utakmici prvog kola omladinske lige protiv Grblja.
^Čeliku je prvo oduzet bod zbog nenastupanja na utakmici prvog kola protiv Jezera, a zatim su im oduzeta tri boda zbog nenastupanja omladinskog tima na utakmici prvog kola omladinske lige protiv Mladosti.
^Otrantu je oduzet bod zbog nastupa Joka Jabučanina na meču 16. kola protiv Ibra, Jabučanin nije imao pravo nastupa.