Тролистни чворни склоп

Тролистни чвор у РНК метилтрансферазном домену (1ИПА​) бактерије Thermus thermophilus. C-терминус протеина је обојен плаво.

Тролистни чворни склоп је протеинско савијање у коме је протеинска основа савијена у облику тролистног чвора. "Плитки" чворови у којима реп полипептидног ланца пролази кроз петљу са само неколико остатака су ретки, док су "дубоки" чворови код којих многи остаци пролазе кроз петљу екстремно ретки. Дубоки тролистни чворови су присутни у СПОУТ суперфамилији у којој су метилтрансферазни протеини који учествују у посттранскриптионим РНК модификацијама код сва три домена живих бића, укључујући бактерију Тхермус тхермопхилус и протеине код археја и еукариота^ .

Референце

1. ^ Zarembinski TI, Kim Y, Peterson K, Christendat D, Dharamsi A, Arrowsmith CH, Edwards AM, Joachimiak A. (2003). Deep trefoil knot implicated in RNA binding found in an archaebacterial protein. Proteins 50(2):177-83.
2. ^ Nureki O, Shirouzu M, Hashimoto K, Ishitani R, Terada T, Tamakoshi M, Oshima T, Chijimatsu M, Takio K, Vassylyev DG, Shibata T, Inoue Y, Kuramitsu S, Yokoyama S. (2002). An enzyme with a deep trefoil knot for the active-site architecture. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 58(Pt 7):1129-37.
3. ^ Nureki O, Watanabe K, Fukai S, Ishii R, Endo Y, Hori H, Yokoyama S. (2004). Deep knot structure for construction of active site and cofactor binding site of tRNA modification enzyme. Structure 12(4):593-602.
4. ^ Leulliot N, Bohnsack MT, Graille M, Tollervey D, Van Tilbeurgh H.(2008). The yeast ribosome synthesis factor Emg1 is a novel member of the superfamily of alpha/beta knot fold methyltransferases. Nucleic Acids Res 36(2):629-39.
5. ^ Tkaczuk KL, Dunin-Horkawicz S, Purta E, Bujnicki JM. (2007). Structural and evolutionary bioinformatics of the SPOUT superfamily of methyltransferases. BMC Bioinformatics. 8:73.
6. ^ Mallam AL, Jackson SE. (2006). Probing nature's knots: the folding pathway of a knotted homodimeric protein. J Mol Biol 359(5):1420-36.
7. ^ Khatib F, Weirauch MT, Rohl CA. (2006). Rapid knot detection and application to protein structure prediction. Bioinformatics 22(14):e252-9.
8. ^ Lai YL, Yen SC, Yu SH, Hwang JK (2007). pKNOT: the protein KNOT web server. Nucleic Acids Research 35:W420-424.
9. ^ (Jerome Gracy and Laurent Chiche (2010). Optimizing structural modeling for a specific protein scaffold: knottins or inhibitor cystine knots. BMC Bioinformatics. 11:535).

Спољашње везе

• SCOP alpha/beta knot fold
• CATH alpha/beta knot topology
• pKNOT the web server to detect knots in proteins