Poravnavanje višestrukih sekvenci — разлика између измена
| Ред 7: | Ред 7: | ||
== Reference == |
== Reference == |
||
{{reflist|2}} |
{{reflist|2}} |
||
== Literatura == |
|||
{{refbegin|2}} |
|||
*{{Cite book | first = L. | last = Duret | coauthors = S. Abdeddaim | year = 2000 | chapter = Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences | editor = D. Higgins and W. Taylor | title = Bioinformatics sequence structure and databanks | location = Oxford | publisher = Oxford University Press}} |
|||
*{{Cite journal | first = C. | last = Notredame | year = 2002 | title = Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey | journal = Pharmacogenomics | volume = 31 | issue = 1 | pages = 131–144 | doi = 10.1517/14622416.3.1.131 | pmid = 11966409 }} |
|||
*{{Cite journal | first = J. D. | last = Thompson | coauthors = F. Plewniak and O. Poch | year = 1999 | title = A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs | journal = Nucleic Acids Research | volume = 27 | issue = 13 | pages= 12682–2690 | doi = 10.1093/nar/27.13.2682 | pmid = 10373585 | pmc = 148477 }} |
|||
*{{Cite journal | first = I.M. | last = Wallace | coauthors = Blackshields G and Higgins DG. | year = 2005 | title = Multiple sequence alignments | journal = Curr Opin Struct Biol | volume = 15 | issue = 3 | pages = 261–266 | doi = 10.1016/j.sbi.2005.04.002 | pmid = 15963889}} |
|||
*{{Cite journal | first = C | last = Notredame | year = 2007 | title = Recent Evolutions of Multiple Sequence Alignment Algorithms| journal = PLOS Computational Biology | volume = 8 | issue = 3 | page = e123 | doi = 10.1371/journal.pcbi.0030123 | pmid = 17784778 | pmc = 1963500}} |
|||
{{refend}} |
|||
Верзија на датум 9. јун 2012. у 20:35
Poravnavanje višestrukih sekvenci je poravnavanje sekvenci tri ili više bioloških sekvenci, generalno proteina, DNK, ili RNK. U mnogim slučajevima se podrazumeva da postoji evolucioni odnos između sekvenci koje se poravnavaju. Poravnavanja više sekvenci su polazna tačka za izučavanje homologije i dalju filogenetičku analizu. Vizualni prikaz poravnavanja je ilustracija mutacija, poput promena jedne aminokiseline ili nukleotida, koje sa prikazane kao različita slova u datoj koloni poravnavanja. Vidne su i mutacije umetanja ili brisanja koje su prikazane kao crtice u jednoj ili više sekvenci. Poravnavanje višestrukih sekvenci se često koristi za procenjivanje konzervacije proteinskih domena, tercijarne i sekundarne strukture, i individualnih aminokiselina ili nukleotida.
Poravnavanje višestrukih sekvenci se isto tako odnosi na sam proces poravnavanja. Pošto je manuelno poravnavanje tri ili više sekvenci se biološki relevantnim dužinama nepraktično, računarski algoritmi se uvek koriste za formiranje i analizu poravnavanja. Poravnavanje višestrukih sekvenci zahteva sofisticiranije metodologije od poravnavanja para sekvenci, jer je ono računski kompleksnije. Većina programa za poravnavanje višestrukih sekvenci koristi heurističke metode umesto globalne optimizacije, jer je identifikacija optimalnog poravnavanja između više od nekolicine sekvenci umerene dužine izuzetno računski skupa.
Reference
Literatura
- Duret, L. (2000). „Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences”. Ур.: D. Higgins and W. Taylor. Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. Непознати параметар
|coauthors=игнорисан [|author=се препоручује] (помоћ) - Notredame, C. (2002). „Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey”. Pharmacogenomics. 31 (1): 131—144. PMID 11966409. doi:10.1517/14622416.3.1.131.
- Thompson, J. D. (1999). „A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs”. Nucleic Acids Research. 27 (13): 12682—2690. PMC 148477
. PMID 10373585. doi:10.1093/nar/27.13.2682. Непознати параметар |coauthors=игнорисан [|author=се препоручује] (помоћ) - Wallace, I.M. (2005). „Multiple sequence alignments”. Curr Opin Struct Biol. 15 (3): 261—266. PMID 15963889. doi:10.1016/j.sbi.2005.04.002. Непознати параметар
|coauthors=игнорисан [|author=се препоручује] (помоћ) - Notredame, C (2007). „Recent Evolutions of Multiple Sequence Alignment Algorithms”. PLOS Computational Biology. 8 (3): e123. PMC 1963500 . PMID 17784778. doi:10.1371/journal.pcbi.0030123.
