Генерални транскрипциони фактор

Генерални транскрипциони фактори (ГТФ, основни транскрипциони фактори) су класа протеинских транскрипционих фактора који се везују за специфична места на ДНК и активирају транскрипцију. ГТФ фактори, РНК полимеразе, и медијаторни мултипротеински комплекси сачињавају основни транскрипциони апарат.^[1] ГТФ фактори такође учествују у процесу регулације гена, и већина њих је неопходна за живот.^[2]

Типови[уреди | уреди извор]

Код бактерија, за транскрипциону иницијацију је неопходна РНК полимераза и један ГТФ: сигма фактор.

Код археја и еукариота, за транскрипциону иницијацију је неопходна РНК полимераза и група ГТФ фактора. Транскрипциона иницијација еукариотском РНК полимеразом II обухвата следеће ГТФ факторе^[3]^[4]:

Референце[уреди | уреди извор]

^ Pierce, Benjamin A. 2002. Genetics : A Conceptual Approach. 1st ed. New York: W.H. Freeman and Co. pg. 367-369.
^ Ниалл Диллон (фебруар 2006). „Гене регулатион анд ларге-сцале цхроматин организатион ин тхе нуцлеус”. Цхромосоме Ресеарцх. 14: 117—126.
^ Лее ТИ, Yоунг РА (2000). „Трансцриптион оф еукарyотиц протеин-цодинг генес”. Анну. Рев. Генет. 34 (1): 77—137. ПМИД 11092823. дои:10.1146/аннурев.генет.34.1.77.
^ Орпханидес Г, Лагранге Т, Реинберг D (1996). „Тхе генерал трансцриптион фацторс оф РНА полyмерасе ИИ”. Генес Дев. 10 (21): 2657—83. ПМИД 8946909. дои:10.1101/гад.10.21.2657.

Спољашње везе[уреди | уреди извор]

Генерал+Трансцриптион+Фацторс на US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)

Ћелијска физиологија: пренос сигнала / ћелијска сигнализација

Сигнални путеви

Г протеин-спрегнути рецептор (Hedgehog, Wnt) · RTK (TGF бета, MAPK/ERK) · Notch · JAK-STAT · Akt/PKB · Fas апоптоза · Hippo · PI3K/AKT/mTOR пут · Интегрински рецептори

Агенси

Рецепторски лиганди	Хормони · Неуротрансмитери/Неуропептиди · Цитокини · Фактори раста
Рецептори	Ћелијска површина · Интрацелуларни · Цо-рецептори
Интрацелуларна сигнализација	Сигнал проводећи адаптерски протеин: Градивни протеин Други гласник: цАМП-зависни пут · Ca²⁺ сигнализација · Липидна сигнализација · IP3/DAG пут
Транскрипциони фактори	Генерални · Транскрипциони преиницијациони комплекс · TFIID, TFIIH

Po lokaciji

Intrakrina · Autokrina · Jukstakrina · Parakrina · Endokrina

Drugi koncepti

Signalni molekul · Jonski kanal · Mehanotransdukcija · Fototransdukcija · Sinaptička transmisija

B trdu: peptidi (nrpl/grfl/cytl/horl), receptori (lgic, enzr, gprc, igsr, intg, nrpr/grfr/cytr), itra (adap, gbpr, mapk), calc, lipd, signalni putevi (hedp, wntp, tgfp+mapp, notp, jakp, fsap, hipp, tlrp)

Transkripcioni faktori i intracelularni receptori

(1) Osnovni domeni

(1.1) Osnovni leucinski zatvarač (bZIP)	Aktivirajući transkripcioni faktor (AATF, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) • AP-1 (c-Fos, FOSB, FOSL1, FOSL2, c-Jun, JUNB, JUND) • BACH (1, 2) • BATF • BLZF1 • C/EBP (α, β, γ, δ, ε, ζ) • CREB (1, 3, L1) • CREM • DBP • DDIT3 • GABPA • HLF • MAF (B, F, G, K) • NFE (2, L1, L2) • NFIL3 • NRL • NRF1 • XBP1
(1.2) Osnovni heliks-petlja-heliks (bHLH)	ATOH1 • AhR • AHRR • ARNT • ASCL1 • BHLHB2 • BMAL (ARNTL, ARNTL2) • CLOCK • EPAS1 • HAND (1, 2) • HES (5, 6) • HEY (1, 2, L) • HES1 • HIF (1A, 3A) • ID (1, 2, 3, 4) • LYL1 • MXD4 • MYCL1 • MYCN • Myogenic regulatorni faktori (MyoD, Myogenin, MYF5, MYF6) • Neurogenini (1, 2, 3) • NeuroD (1, 2) • NPAS (1, 2, 3) • OLIG (1, 2) • Pho4 • Scleraxis • TAL (1, 2) • Twist • USF1
(1.3) bHLH-ZIP	AP-4 • MAX • MITF • MNT • MLX • MXI1 • Myc • SREBP (1, 2)
(1.4) NF-1	NFI (A, B, C, X) • SMAD (R-SMAD (1, 2, 3, 5, 9) - I-SMAD (6, 7) - 4)
(1.5) RF-X	RFX (1, 2, 3, 4, 5, ANK)
(1.6) Osnovni heliks-razmak-heliks (bHSH)	AP-2 (α, β, γ, δ, ε)

(2) DNA-vezujući domeni cinkovog prsta

(2.1) Nuklearni receptor (Cys₄)	potfamilija 1 (Tiroidni hormon (α, β), CAR, FXR, LXR (α, β), PPAR (α, β/δ, γ), PXR, RAR (α, β, γ), ROR (α, β, γ), Rev-ErbA (α, β), VDR) potfamilija 2 (COUP-TF (I, II), Ear-2, HNF4 (α, γ), PNR, RXR (α, β, γ), Testikularni receptor (2, 4), TLX) potfamilija 3 (Steroidni hormon (Androgen, Estrogen (α, β), Glukokortikoid, Mineralokortikoid, Progesteron), Estrogen-vezani (α, β, γ)) potfamilija 4 NUR (NGFIB, NOR1, NURR1) • potfamilija 5 (LRH-1, SF1) • potfamilija 6 (GCNF) • potfamilija 0 (DAX1, SHP)
(2.2) Drugi Cys₄	GATA (1, 2, 3, 4, 5, 6) • MTA (1, 2, 3) • TRPS1
(2.3) Cys₂His₂	Generalni transkripcioni faktori (TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF (1, 2), TFIIH (1, 2, 4, 2I, 3A, 3C1, 3C2)) ATBF1 • BCL (6, 11A, 11B) • CTCF • E4F1 • EGR (2, 3) • ERV3 • GFI1 • GLI-Kruppel familija (1, 2, 3, REST, S2, YY1) • HIC (1, 2) • HIVEP (1, 2, 3) • IKZF (1, 2, 3) • ILF (2, 3) • KLF (2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 17) • MTF1 • MYT1 • OSR1 • SP (1, 2, 4, 7) • WT1 • Zbtb7 (7A, 7B) • ZBTB (16, 17, 20, 32, 33, 40) • cink prst (3, 7, 9, 10, 19, 22, 24, 33B, 34, 35, 41, 43, 44, 51, 74, 143, 146, 148, 165, 202, 217, 219, 238, 239, 259, 267, 268, 281, 295, 318, 330, 346, 350, 365, 366, 384, 423, 451, 452, 471, 593, 638, 649, 655)
(2.4) Cys₆	HIVEP1
(2.5) Naizmenična kompozicija	AIRE • DIDO1 • GRLF1 • ING (1, 2, 4) • JARID (1A, 1B, 1C, 1D, 2) • JMJD1B

(3) Heliks-zavoj-heliks domeni

(3.1) Homeodomen	ARX • CDX (1, 2) • CRX • CUTL1 • DBX (1, 2) • DLX (3, 4, 5) • EMX2 • EN (1, 2) • FHL (1, 2, 3) • HESX1 • HHEX • HLX • Homeobox (A1, A2, A3, A4, A5, A7, A9, A10, A11, A13, B1, B2, B3, B4, B5, B6, B7, B8, B9, B13, C4, C5, C6, C8, C9, C10, C11, C13, D1, D3, D4, D8, D9, D10, D11, D12, D13) • HOPX • IRX (1, 2, 3, 4, 5, 6, MKX) • LMX (1A, 1B) • MEIS (1, 2) • MEOX2 • MNX1 • MSX (1, 2) • NANOG • NKX (2-1, 2-2, 2-3, 2-5, 3-1, 3-2, 6-1, 6-2) • PBX (1, 2, 3) • PHF (1, 3, 6, 8, 10, 16, 17, 20, 21A) • PITX (1, 2, 3) • POU domen (PIT-1, BRN-3: A, B, C, Oktamer transkripcioni faktor: 1, 2, 3/4, 6, 7, 11) • OTX (1, 2) • PDX1 • ZEB (1, 2)
(3.2) Paired box	PAX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9)
(3.3) Fork glava / winged heliks	E2F (1, 2, 3, 4, 5) • FOX proteini (C1, C2, D3, E1, G1, H1, K2, L2, M1, N3, O1, O3, O4, P1, P2, P3)
(3.4) Faktori toplotnog šoka	HSF (1, 2, 4)
(3.5) Triptofan klasteri	ELF (2, 4, 5) • EGF • ELK (1, 3, 4) • ERF • ERG • ETS (1, 2, SPIB) • ETV (1, 4, 5, 6) • FLI1 • Interferon regulatorni faktori (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • MYB • MYBL2
(3.6) TEA domen	transkripcioni pojačivač faktor (1, 2, 3, 4)

(4) β-Scaffold faktori sa manjim žljebnim kontaktima

(4.1) Rel homologni region	NF-κB (NFKB1, NFKB2, REL, RELA, RELB) • NFAT (C1, C2, C3, C4, 5)
(4.2) STAT	STAT (1, 2, 3, 4, 5, 6)
(4.3) p53	p53 • TBX (1, 2, 3, 5, 19, 21, 22, Brahiuri, TBR1)
(4.4) MADS kutija	Mef2 (A, B, C, D) • SRF
(4.6) TATA vezujući proteini	TBP • TBPL1
(4.7) Grupa visoke pokretljivosti	HMGB (1, 2, 3) • HNF (1A, 1B) • LEF1 • SOX (1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 18, 21) • SRY • SSRP1 • TCF (3, 4) • TOX (1, 2, 3, 4)
(4.10) Domen hladnog šoka	CSDA, YBX1
(4.11) Runt	CBF (CBFA2T2, CBFA2T3, RUNX1, RUNX2, RUNX3, RUNX1T1)

(0) Drugi transkripcioni faktori

(0.2) HMGI(Y)	HMGA (1, 2) • HBP1
(0.3) Džep domen	Rb • RBL1 • RBL2
(0.5) AP-2/EREBP-vezani faktori	Apetala 2 • EREBP • B3
(0.6) Razno	ARID (1A, 1B, 2, 3A, 3B, 4A) • CAP • IFI (16, 35) • MLL (2, 3, T1) • MNDA • NFY (A, B, C) • Ro/Sigma

vidi isto transkripcioni faktor/koregulator nedostataka
B bsyn: dnk (repl, cycl, reco, repr) · tscr (fact, tcrg, nucl, rnat, rept, ptts) · tltn (risu, pttl, nexn) · dnab, rnab/runp · stru (domn, 1°, 2°, 3°, 4°)