Поравнавање секвенци

У биоинформатици, поравнавање секвенци је начин оф распоређивања секвенци ДНК, РНК, или протеина ради идентификације сличних региона који могу да буду последица функционих, структурних, или еволуционих односа између секвенци. Поравнате секвенце нуклеотида или аминокиселина се типично приказују као редови у матрици. Празнине се умећу између остатака тако да се идентична или слична слова поравнавају у узастопним колонама

Поравнавање секвенци два људска протеина цинковог прста, произведено програмом ClustalW. Код боја аминокиселина је: Црвено: мале, хидрофобне, ароматичне, не Y. Плаво: киселе. Љубичасто: базне. Зелено: хидроксил, амин, амид, базне. Сиво: друге. "*": идентичне. ":": конзервиране замене (иста боја групе). ".": полуконзервиране замене (сличног облика).

Поравнавање секвенци се исто тако користи за секвенце које нису биолошке природе, као што су секвенце присутне у природним језицима или у финанцијским подацима.

Интерпретација

Ако две поравнате секвенце имају заједничког претка неслагања се могу интерпретирати као тачке мутације, а празнине као мутације уметања или брисања уведене у једну или обе лозе након њихове деобе. У поравнавању секвенци протеина, степен сличности између аминокиселина које се јављају у одређеној позицији секвенце се може интерпретирати као груба мера конзервације тог региона или мотива секвенце међу лозама. Одсуство супституција, или присуство само веома конзервираних супституција (другим речима, супституција аминокиселина чији бочни ланци имају сличне биохемијске особине) у одређеном региону секвенце, сугерише да тај регион има структурни или функционални значај. Мада су ДНК и РНК нуклеотидне базе међусобно сличније него аминокиселине, конзервација базних парова индицира сличну функционалну или структурну улогу.

Види још

• BLAST