PDBsum

Из Википедије, слободне енциклопедије
PDBSum
Pdbsum logo.gif
Kontent
Opis Pregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka
Tipovi podataka Protein structures
Organizam all
Kontakt
Istraživački centar EBI
Autori Roman Laskovski
Primarni citat PMID 9433130
Pristup
Veb stranica PDBsumn
Alati
Razno
Obeležavajuća etiketa da

PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svoj 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]

Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.

Reference[уреди]

  1. ^ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (December 1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures“. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488–90. PMID 9433130. 
  2. ^ Laskowski RA (January 2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures“. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221–2. DOI:10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097. 
  3. ^ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (January 2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids“. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266–8. DOI:10.1093/nar/gki001. PMC 539955. PMID 15608193. 
  4. ^ Laskowski RA (January 2009). „PDBsum new things“. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355–9. DOI:10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896. 

Vidi još[уреди]

Spoljašnje veze[уреди]