Sistemska biologija — разлика између измена
Садржај обрисан Садржај додат
м ref=harv |
м ispravke |
||
| Ред 30: | Ред 30: | ||
<ref name="sauer07">{{cite journal | last1 = Sauer | first1 = Uwe | last2 = Heinemann | first2 = Matthias | last3 = Zamboni | first3 = Nicola | date = 27. 4. 2007. | journal = Science | volume = 316 | issue = 5824 | pages = 550–551 | pmid = 17463274 | doi = 10.1126/science.1142502 | title = GENETICS: Getting Closer to the Whole Picture }}</ref> |
<ref name="sauer07">{{cite journal | last1 = Sauer | first1 = Uwe | last2 = Heinemann | first2 = Matthias | last3 = Zamboni | first3 = Nicola | date = 27. 4. 2007. | journal = Science | volume = 316 | issue = 5824 | pages = 550–551 | pmid = 17463274 | doi = 10.1126/science.1142502 | title = GENETICS: Getting Closer to the Whole Picture }}</ref> |
||
<ref name="noble06">{{cite book | |
<ref name="noble06">{{cite book |last=Noble | first = Denis | title = The music of life: Biology beyond the genome |year=2006 | publisher = Oxford University Press | location = Oxford | isbn = 978-0-19-929573-9 |pages=176 }}</ref> |
||
<ref name="kholodenko05">{{cite journal | last1 = Kholodenko | first1 = Boris N | last2 = Sauro | first2 = Herbert M | editor1-last = Alberghina | editor1-first = Lilia | editor2-last = Westerhoff | editor2-first = Hans V | year = 2005 | title = Systems Biology: Definitions and Perspectives | volume = 13 | pages = 357–451 | location = Berlin | publisher = Springer-Verlag | doi = 10.1007/b136809 | chapter = Mechanistic and modular approaches to modeling and inference of cellular regulatory networks | series = Topics in Current Genetics | isbn = 978-3-540-22968-1 }}</ref> |
<ref name="kholodenko05">{{cite journal | last1 = Kholodenko | first1 = Boris N | last2 = Sauro | first2 = Herbert M | editor1-last = Alberghina | editor1-first = Lilia | editor2-last = Westerhoff | editor2-first = Hans V | year = 2005 | title = Systems Biology: Definitions and Perspectives | volume = 13 | pages = 357–451 | location = Berlin | publisher = Springer-Verlag | doi = 10.1007/b136809 | chapter = Mechanistic and modular approaches to modeling and inference of cellular regulatory networks | series = Topics in Current Genetics | isbn = 978-3-540-22968-1 }}</ref> |
||
| Ред 38: | Ред 38: | ||
== Literatura == |
== Literatura == |
||
{{refbegin|2}} |
{{refbegin|2}} |
||
* {{Cite journal | editor = Asfar S. Azmi | title = Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery | |
* {{Cite journal | editor = Asfar S. Azmi | title = Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery |isbn=978-94-007-4819-4| pages = 423 | year = 2012 }} |
||
* {{Cite book |ref= harv|last |
* {{Cite book |ref= harv|last=Kitano | first = Hiroaki | title = Foundations of Systems Biology |year=2001 | publisher = MIT Press | isbn = 978-0-262-11266-6 |pages=320 }} |
||
* {{cite journal | last1 = Werner | first1 = Eric | date = 29. 3. 2007. | title = All systems go | journal = Nature | volume = 446 | pages = 493–494 | doi = 10.1038/446493a | issue = 7135 |bibcode = 2007Natur.446..493W }} provides a comparative review of three books: |
* {{cite journal | last1 = Werner | first1 = Eric | date = 29. 3. 2007. | title = All systems go | journal = Nature | volume = 446 | pages = 493–494 | doi = 10.1038/446493a | issue = 7135 |bibcode = 2007Natur.446..493W }} provides a comparative review of three books: |
||
* {{Cite book |ref= harv|last |
* {{Cite book |ref= harv|last=Alon | first = Uri | title = An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits |year=2006 | publisher = Chapman & Hall | isbn = 978-1-58488-642-6 |pages=301 }} |
||
* {{Cite book |ref= harv|last |
* {{Cite book |ref= harv|last=Kaneko | first = Kunihiko | title = Life: An Introduction to Complex Systems Biology |year=2006 | publisher = Springer-Verlag | isbn = 978-3-540-32666-3 |pages=371 }} |
||
* {{Cite book |ref= harv|last |
* {{Cite book |ref= harv|last=Palsson | first = Bernhard O | title = Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks |year=2006 | publisher = Cambridge University Press | isbn = 978-0-521-85903-5 |pages=334 }} |
||
* {{Cite book |ref= harv|editor = Werner Dubitzky, Olaf Wolkenhauer, Hiroki Yokota, Kwan-Hyun Cho | title = Encyclopedia of Systems Biology |year=2013 | publisher = Springer-Verlag | isbn = 978-1-4419-9864-4| |
* {{Cite book |ref= harv|editor = Werner Dubitzky, Olaf Wolkenhauer, Hiroki Yokota, Kwan-Hyun Cho | title = Encyclopedia of Systems Biology |year=2013 | publisher = Springer-Verlag | isbn = 978-1-4419-9864-4|pages=2100 }} |
||
{{refend}} |
{{refend}} |
||
== Vidi još == |
== Vidi još == |
||
Верзија на датум 18. март 2014. у 17:20
Sistemska biologija je holistički pristup biomedicinskim i biološkim naučnim istraživanjima (za razliku od tradicionalnog reduktionizma). Sistemska biologija je interdisciplinarno polje bazirano na biologiji sa fokusom na kompleksnim interakcijama unutar bioloških sistema. Ovaj koncept je u širokoj upotrebi u bionaukama u više različitih konteksta, pogotovo nakon 2000. godine. Jedan od primarnih ciljeva ove naučne oblasti je razvoj modela i otkrivanje svojstava koja se manifestuju kad ćelija, tkivo i organizam funkcionišu kao celina (sistem), i čije je teoretsko opisivanje jedino moguće koristeći tehnike u domenu sistemske biologije. Realizacija tih ciljeva obično obuhvata izučavanje metaboličkih ili signalnih mreža.[1]
Pregled
Sistemska biologija se može posmatrati sa više različitih aspekata:
- Kao polje izučavanja, posebno, izučavanja interakcija između komponenti bioloških sistema, i načina na koji te interakcije proizvode funkcije i ponašanje sistema (na primer enzima i metabolita u metaboličkom putu).[2][3]
- Kao paradigma, obično definisana kao antiteza takozvane redukcionističke paradigme (biološka organizacija), mada je potpuno konzistentna sa naučnim metodom. Razlika između ove dve paradigme se razmatra u sledećim navodima:
- „Redukcionistički pristup je uspešno identifikovao većinu komponenti i mnoge interakcije ali, nažalost, ne proža ubedljive koncepte ili metode za razumevanje pojave sistemkih svojstava ... pluralizam uzroka i posledica u biološkim mrežama je bolje razmatrati putem kvantitativnog simultanog merenja višestrukih komponenti i putem rigorozne integracije podataka u obliku matematičkih modela“ (Sauer et al.).[4]
- „Sistemska biologija ... se bavi sjedinjavanjem umesto razčlanjavanja, integracijom umesto redukcije. To zahteva da se razviju načini razmišljanja o integraciji koji su jednako rigorozni kao i naši redukcionistički programi, ali su različiti ... To zahteva promenu naše filozofije, u punom smislu reči“.[5]
- Kao serije operacionih protokola koji se koriste u istraživanju, naime ciklus sastavljen od teorije, analitičkog ili računskog modelovanja radi nalaženja specifičnih hipoteza o biološkom sistemu koje je moguće testirati, eksperimentalne validacije, i zatim primene novostečenog kvantitativnog opisa ćelija ili ćelijskih procesa u usavršavanju računskih modela ili teorije.[6] Pošto je cilj razvoj modela interakcije sistema, eksperimentalne tehnike koje su najpodesnije za sistemsku biologiju su one koje obuhvataju ceo sistem i nastoje da budu kompletne koliko god je to moguće. Za prikupljanje kvantitativnih podataka radi konstrukcije i validacije modela se koriste transkriptomika, metabolomika, proteomika i visoko protočne tehnike.
- Kao primena teorije dinamičkih sistema na molekularnu biologiju. Fokus na dinamici izučavanih sistema je potencijalno glavna konceptualna razlika između sistemske biologije i bioinformatike.
- Kao socionaučni fenomen definisan strategijom podsticanja integracije kompleksnih podataka o interakcijama u biološkim sistemima iz raznovrsnih eksperimentalnih izvora koristeći interdisciplinarna oruđa i osoblje.[7]
Ova raznovrsnost gledišta ilustruje činjenicu da se sistemska biologija odnosi na klaster periferno preklapajućih koncepta umesto jednog jasno omeđenog polja.
Reference
- ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). „Proteins MOVE! Protein dynamics and long-range allostery in cell signaling”. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. 83: 163—221. ISBN 978-0-123-81262-9. PMID 21570668. doi:10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7.
- ^ Snoep, Jacky L; Westerhoff, Hans V (2005). Alberghina, Lilia; Westerhoff, Hans V, ур. „Systems Biology: Definitions and Perspectives”. Topics in Current Genetics. 13. Berlin: Springer-Verlag: 13—30. ISBN 978-3-540-22968-1. doi:10.1007/b106456.
|chapter=игнорисан (помоћ) - ^ „Systems Biology: the 21st Century Science”. Institute for Systems Biology. Приступљено 15. 6. 2011.
- ^ Sauer, Uwe; Heinemann, Matthias; Zamboni, Nicola (27. 4. 2007). „GENETICS: Getting Closer to the Whole Picture”. Science. 316 (5824): 550—551. PMID 17463274. doi:10.1126/science.1142502.
- ^ Noble, Denis (2006). The music of life: Biology beyond the genome. Oxford: Oxford University Press. стр. 176. ISBN 978-0-19-929573-9.
- ^ Kholodenko, Boris N; Sauro, Herbert M (2005). Alberghina, Lilia; Westerhoff, Hans V, ур. „Systems Biology: Definitions and Perspectives”. Topics in Current Genetics. 13. Berlin: Springer-Verlag: 357—451. ISBN 978-3-540-22968-1. doi:10.1007/b136809.
|chapter=игнорисан (помоћ) - ^ System biology of gene regulation.
Literatura
- Asfar S. Azmi, ур. (2012). „Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery”: 423. ISBN 978-94-007-4819-4.
- Kitano, Hiroaki (2001). Foundations of Systems Biology. MIT Press. стр. 320. ISBN 978-0-262-11266-6.
- Werner, Eric (29. 3. 2007). „All systems go”. Nature. 446 (7135): 493—494. Bibcode:2007Natur.446..493W. doi:10.1038/446493a. provides a comparative review of three books:
- Alon, Uri (2006). An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall. стр. 301. ISBN 978-1-58488-642-6.
- Kaneko, Kunihiko (2006). Life: An Introduction to Complex Systems Biology. Springer-Verlag. стр. 371. ISBN 978-3-540-32666-3.
- Palsson, Bernhard O (2006). Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks. Cambridge University Press. стр. 334. ISBN 978-0-521-85903-5.
- Werner Dubitzky, Olaf Wolkenhauer, Hiroki Yokota, Kwan-Hyun Cho, ур. (2013). Encyclopedia of Systems Biology. Springer-Verlag. стр. 2100. ISBN 978-1-4419-9864-4.
