Структурно поравнавање протеина
Структурно поравнавање је покушај устпостављања хомологије између две или више полимерних структура које базирано на њиховом облику и тродимензионој конформације. Овај процес се обично примењује на протеинске терцијарне структуре, мада је исто тако применљив на велике РНК молекуле. У контрасту са једноставном структурном суперпозицијом, где је део еквивалентних остатака познат, структурно поравнавање не захтева apriori познавање еквивалентних позиција. Структурно поравнавање је веома корисно оруђе за поређење протеина са малом сличношћу секвенци, где се еволуциони односи између протеина не могу лако детектовати стандардним техникама поравнавања секвенци. Структурно поравнавање се стога може користити као помоћ у уочавању еволуционих релација између протеина који имају веома мали удео заједничких секвенци. Резултати структурног поравнавање протеина нису дефинитиван доказ еволуционих релација. Секвенце аминокиселина које нису сродне могу да имају заједничку терцијарну структуру.
Структурна поравнавања се могу користити за поређење две или више секвенци. Ова поравнавања су базирана на тродимензионалним структурама, те је метод применљив само на молекуле са познатом структуром и као на хомологне моделе. Структуре протеина се обично одређују кристалографски или путем НМР спектроскопије. Структурна поравнавања су корисна у анализи података произведених структурном геномиком и протеомиком.[3]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Форман, Јулие D.-Каy; Г. Мариус Цлоре; Wингфиелд, Паул Т.; Гроненборн, Ангела M. (1991). „Хигх-ресолутион тхрее-дименсионал струцтуре оф редуцед рецомбинант хуман тхиоредоxин ин солутион”. Биоцхемистрy. 30 (10): 2685—2698. дои:10.1021/би00224а017.
- ^ Wахла, Маркус C.; Ирмлерб, Ангелика; Хецкер, Беате; Р. Хеинер Сцхирмер; Бецкер, Катја (2005). „ЦомпаративеСтруцтуралАналyсис оф Оxидизед анд РедуцедТхиоредоxин фром Дросопхиламеланогастер”. Јоурнал оф Молецулар Биологy. 345 (5): 1119—1130.
- ^ Зханг Y, Сколницк Ј. (2005). Тхе протеин струцтуре предицтион проблем цоулд бе солвед усинг тхе цуррент ПДБ либрарy. Проц Натл Ацад Сци УСА 102(4):1029-34.
Литература[уреди | уреди извор]
- Bourne PE, Shindyalov IN. (2003): Structure Comparison and Alignment. In: Bourne, P.E., Weissig, H. (Eds): Structural Bioinformatics. Hoboken NJ: Wiley-Liss. ISBN 978-0-471-20200-4.
- Yuan X, Bystroff C.(2004) "Non-sequential Structure-based Alignments Reveal Topology-independent Core Packing Arrangements in Proteins", Bioinformatics. Nov 5, 2004
- Jung J, Lee B. (2000). Protein structure alignment using environmental profiles. Protein Eng 13:535-543.
- Ye Y, Godzik A. (2005). Multiple flexible structure alignment using partial order graphs Bioinformatics 21(10): 2362-2369 Abstract
- Sippl M, Wiederstein M (2008). A note on difficult structure alignment problems. Bioinformatics 24(3): 426-427 Full Text