Анализа секвенци
Анализа секвенце у биологији подразумева излагање ДНК или пептидних секвенци поравнавању секвенци,[1] претрагу база података секвенци, претрагу за поновљеним секвенцама, или примену других биоинформатичких метода[2] на рачунару[3].
Од времена развоја метода високог-протока производње гена и протеинских секвенци током 90-их година, стопа додавања нових секвенци у базама података се континуирано повећава. Збирка секвенци сама по себи не увећава разумевање биологије организама. Међутим, поређење секвенци које имају познате функције са новим секвенцама је један од начина разумевања биологије организма из којег долази нова секвенца. Анализа секвенци се може користити за доделу функција гена и протеина путем студија сличности између секвенци. Данас постоје многи алати и технике које омогућују поређење (поравнање) секвенци, као и за анализу производа поравнавања у биолошком контексту.[4]
Методологија[уреди | уреди извор]
Методи за поравнавање секвенци се деле на методе за поравнавање парова (поравнавање две секвенце), и за вишеструко поравнавање (са више од две секвенце). Постоје бројни алати за поравнавање. Неки од њих су: ClustalW, PROBCONS, MUSCLE, MAFFT, DIALIGN[5], T-Coffee, POA, и MANGO[6].
Постоји више алгоритама за студирање поравнавања секвенци, нп.: динамичко програмирање, Скривени Марковљев модел, Витерби анд Greedy.
Види још[уреди | уреди извор]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Дурбин, Рицхард (1998). Биологицал сеqуенце аналyсис: пробалистиц моделс оф протеинс анд нуцлеиц ацидс. Цамбридге, УК: Цамбридге Университy Пресс. ISBN 978-0-521-62971-3.
- ^ Слађана Тошић (2004). „Пробабилистичка анализа кратких секвенци” (ПДФ).
- ^ „НЦБИ: Сеqуенце Аналyсис”.
- ^ Моунт, Давид W. (2004). Биоинформатицс: сеqуенце анд геноме аналyсис. Плаинвиеw, Н.Y: Цолд Спринг Харбор Лабораторy Пресс. ИСДН 0-87969-712-1.
- ^ „ЦХАОС + ДИАЛИГН: јоб субмиссион”.
- ^ „МАНГО (Мултипле Алигнмент wитх Н Гаппед Олигос)”. Архивирано из оригинала 07. 07. 2011. г.
Литература[уреди | уреди извор]
- Моунт, Давид W. (2004). Биоинформатицс: сеqуенце анд геноме аналyсис. Плаинвиеw, Н.Y: Цолд Спринг Харбор Лабораторy Пресс.
- Дурбин, Рицхард (1998). Биологицал сеqуенце аналyсис: пробалистиц моделс оф протеинс анд нуцлеиц ацидс. Цамбридге, УК: Цамбридге Университy Пресс.