Пептидни масени отисци прстију
Пептидни масени отисци прстију (ПМФ) аналитчка су техника за идентификацију протеина у којој се непознати протеин прво пресеца у мање пептиде, чије апсолутне масе се могу прецизно мерити масеним спектрометром, као што је МАЛДИ-ТОФ или ЕСИ-ТОФ.[1] Метод је независно развило неколико група 1993. године.[2][3][4][5][6] Пептидне масе се упоређују са било базом података која садржи познате протеинске секвенце или са геномом То се остварује користећи рачунарске програме који транслирају познати геном организма у протеине, затим теоретски пресецају протеине у пептиде, и израчунавају апсолутне масе пептида за сваки протеин. Они мобу да упореде масе пептида непознатог протеина са теоретским пептидним масама сваког протеина кодираног геномом. Резултати се статистички анализирају с циљем налажење пандана.
Предност овог метода је да само масе пептида морају да буду познате. Дуготрајно де ново пептидно секвенцирање није неопходно. Недостатак је да протеинска секвенца мора да буде присутна у бази података. Додатно већина ПМФ алгоритама подразумева да пептиди потичу од једног протеина.[7] Присуство смеша може знатно да компликује анализу и да потенцијално компромизује резултате. Потреба за изолацијом протеина је типична за ПМФ базирану идентификацију протеина. За смеше са више од 2-3 протеина нормално је неопходна додатна примена МС/МС базиране протеинске идентификације да би се остварила довољна специфичност идентификације. Стога су типични ПМФ узорци протеини који су изоловани из дводимензионалне гел електрофорезе (2Д гелови) или изоловани СДС-ПАГЕ бандови. Додатна МС/МС анализа може да буде било директна, е.г., МАЛДИ-ТОФ/ТОФ анализа или низводна наноЛЦ-ЕСИ-МС/МС анализа елуата сегментата гела.[7][8]
Види још[уреди | уреди извор]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Цлаусер КР, Бакер П, Бурлингаме АЛ (1999). „Роле оф аццурате масс меасуремент (+/- 10 ппм) ин протеин идентифицатион стратегиес емплоyинг МС ор МС/МС анд датабасе сеарцхинг”. Анал. Цхем. 71 (14): 2871—82. ПМИД 10424174. дои:10.1021/ац9810516.
- ^ Паппин ДЈ, Хојруп П, Блеасбy АЈ (1993). „Рапид идентифицатион оф протеинс бy пептиде-масс фингерпринтинг”. Цурр. Биол. 3 (6): 327—32. ПМИД 15335725. дои:10.1016/0960-9822(93)90195-Т.
- ^ Хензел WЈ, Биллеци ТМ, Стултс ЈТ, Wонг СЦ, Гримлеy C, Wатанабе C (1993). „Идентифyинг протеинс фром тwо-дименсионал гелс бy молецулар масс сеарцхинг оф пептиде фрагментс ин протеин сеqуенце датабасес”. Проц. Натл. Ацад. Сци. У.С.А. 90 (11): 5011—5. Бибцоде:1993ПНАС...90.5011Х. ПМЦ 46643
. ПМИД 8506346. дои:10.1073/пнас.90.11.5011.
- ^ Манн M, Хøјруп П, Роепсторфф П (1993). „Усе оф масс спецтрометриц молецулар wеигхт информатион то идентифy протеинс ин сеqуенце датабасес”. Биол. Масс Спецтром. 22 (6): 338—45. ПМИД 8329463. дои:10.1002/бмс.1200220605.
- ^ Јамес П, Qуадрони M, Царафоли Е, Гоннет Г (1993). „Протеин идентифицатион бy масс профиле фингерпринтинг”. Биоцхем. Биопхyс. Рес. Цоммун. 195 (1): 58—64. ПМИД 8363627. дои:10.1006/ббрц.1993.2009.
- ^ Yатес ЈР, Спеицхер С, Гриффин ПР, Хункапиллер Т (1993). „Пептиде масс мапс: а хигхлy информативе аппроацх то протеин идентифицатион”. Анал. Биоцхем. 214 (2): 397—408. ПМИД 8109726. дои:10.1006/абио.1993.1514.
- ^ а б Схевцхенко А, Јенсен ОН, Подтелејников АВ, Саглиоццо Ф, Wилм M, Ворм О, Мортенсен П, Схевцхенко А, Боуцхерие Х, Манн M (1996). „Линкинг геноме анд протеоме бy масс спецтрометрy: ларге-сцале идентифицатион оф yеаст протеинс фром тwо дименсионал гелс”. Проц. Натл. Ацад. Сци. У.С.А. 93 (25): 14440—5. Бибцоде:1996ПНАС...9314440С. ПМЦ 26151 . ПМИД 8962070. дои:10.1073/пнас.93.25.14440.
- ^ Wанг W, Сун Ј, Нимтз M, Децкwер WД, Зенг АП (2003). „Протеин идентифицатион фром тwо-дименсионал гел елецтропхоресис аналyсис оф Клебсиелла пнеумониае бy цомбинед усе оф масс спецтрометрy дата анд раw геноме сеqуенцес”. Протеоме Сциенце. 1 (1): 6. ПМЦ 317362 . ПМИД 14653859. дои:10.1186/1477-5956-1-6.
Спољашње везе[уреди | уреди извор]
| Библиотечки ресурси о Пептидни масени отисци прстију |