Рфам
| Контент | |
|---|---|
| Опис | Рфам база података садржи моделе поравнања, консензусних секундарнних структура и коваријанси РНК фамилија. |
| Типови података | РНК фамилије |
| Организам | сви |
| Контакт | |
| Истраживачки центар | ЕБИ |
| Примарни цитат | PMID 23125362 |
| Приступ | |
| Формат података | Стокхолмски формат |
| Веб страница | Рфам |
| URL за преузимање | Рфам фтп |
| Алати | |
| Разно | |
| Лиценца | Јавно власништво |
| Обележавајућа етикета | yес |
Рфам је база података која садржи информације о фамилијама некодирајућих РНК (нцРНК) и других структурних РНК елемената. Она је анотирана база података отвореног приступа коју је оригинално развио Wеллцоме Труст Сангер Институте у колаборацији са Јанелиа Фарм,[1][2][3][4] и коју тренутно одржава Европски биоинформатички институт.[5] Рфам је дизајнирана на сличан начин са Пфам базом података за анотацију протеинских фамилија.
За разлику од протеина, нцРНК секвенце често имају сличне секундарне структуре, мада њихове примарне структуре нису сличне. Рфам дели нцРНК секвенце у фамилије на бази еволуције из заједничлиг претка. Поравнавања вишеструких секвенци (МСА) тих фамилија може да пружи увид у њиховоу структуру и функцију, као што је то случај са протеинским фамилијама. МСА су постале још корисније додатком секундарне структуре. Рфам истраживачи такође доприносе википедијиној иницијативи: РНА WикиПројецт.[4][6]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Griffiths-Jones S, Bateman A, Marshall M, Khanna A, Eddy SR (2003). „Rfam: an RNA family database”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 439—41. PMC 165453
. PMID 12520045. doi:10.1093/nar/gkg006.
- ^ Griffiths-Jones S, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Eddy SR, Bateman A (2005). „Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D121—4. PMC 540035 . PMID 15608160. doi:10.1093/nar/gki081.
- ^ Gardner PP, Daub J, Tate JG, et al. (2008). „Rfam: updates to the RNA families database”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D136. PMC 2686503 . PMID 18953034. doi:10.1093/nar/gkn766.
- ^ а б Gardner PP, Daub J, Tate J, Moore BL, Osuch IH, Griffiths-Jones S, Finn RD, Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR, Bateman A (2011). „Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release.”. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D141—5. PMC 3013711 . PMID 21062808. doi:10.1093/nar/gkq1129.
- ^ „Moving to xfam.org”. Xfam Blog. Pristupljeno 3. 5. 2014.
- ^ Daub J, Gardner PP, Tate J, et al. (2008). „The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families”. RNA. 14 (12): 2462—4. PMC 2590952 . PMID 18945806. doi:10.1261/rna.1200508.
