Železničar se 2009. fuzionisao sa FK Inon, klubom koji je osnovan 2002. godine i koji je te 2009. ispao iz Srpske lige Zapad u Zonu Dunav, pa je Železničar preskočio jedan rang (iste sezone se plasirao u viši rang) i od sezone 2009/10. zaigrao u Zoni Dunav. Inon je odigrao ukupno šest sezona u Srpskoj ligi Zapad. Klub je prve dve sezone nakon fuzije nosio naziv FK Železničar Inon, a od 2011. ponovo je samo FK Železničar. Najveći uspeh kluba nakon okončane fuzije sa FK Inon je osvajanje 1. mesta u Braničevskoj okružnoj ligi u sezoni 2012/2013. i plasman u tadašnju Zonu Dunav u kojoj se FK Železničar takmičio naredne dve sezone i u prvoj sezoni osvojio 3. mesto, dok je u sezoni 2014/2015. ispao u Braničevsku okružnu ligu nakon odustajanja od takmičenja u Zoni Dunav za narednu sezonu. U jesen 2018. godine posle izvesnog perioda su ponovo osnovane mlađe selekcije koje se i danas takmiče u ligama pod okriljem Fudbalskog saveza Braničevskog okruga i Fudbalskog saveza regiona zapadne Srbije.