Foundational Model of Anatomy
Foundational Model of Anatomy (FМА) je ontološki rečnik (model podataka, ili informacioni model u biomedicinskom inžinjeringu), kojim su definisani osnovni koncepti koji se razmatra u anatomiji. Simbolički gledano ovaj model predstavlja anatomsko oblikovanje tela, na osnovu do sada raspoloživih znanja o fenotipskoj strukturu organizma; prostorno-anatomskom strukturama pojedinih delova tela i odnosa koji čine fizički izgled jednog organizma. Sve to urađeno je uz pomoć veštačke inteligencije, semantičkog veba i softverskog inženjerstva.[1]
Foundational Model of Anatomy se, zasnovan na osnovnim principima bioinformatike, razvila je i održava ga Strukturna informatička grupe za Univerziteta u Vašingtonu.
Ontološko inženjerstvo[uredi | uredi izvor]
Ontološko inženjerstvo u biomedicinskom inženjeringu, jedna je od oblasti projektovanja u informacionom sistemu. Ontološko inženjerstvo je disciplina koja proučava metode i metodologiju kreiranja ontologija za konkretne domene. Cilj ontološkog inženjerstva je da učini eksplicitnim znanje sadržano u softverskim aplikacijama, kao i u preduzetničkim i poslovnim procedurama za konkretne domene. Ontološko inženjerstvo u polju biomedicinskog inženjeringa je najnovija naučno-istraživačka oblast, čija se primena i istraživanje aktivno vrši u poslednjoj deceniji 21. veka. Osnovni razlog intenzivnog rada u oblasti biomedicinskih ontologija je definisanje biomedicinskih termina i koncepata odgovarajućeg domena da bi se omogućila ponovna upotreba, razmena, integracija i aplikativna primena domenskog znanja iz oblasti biomedicine.
U literaturi je pronađeno dosta primera biomedicinskih i drugih aplikativnih ontologija, koje su razvijene na osnovu formalnih, vršnih ontologija i referentnih ontologija. Primeri nekih od njih su: Aplikaciona ontologija medicine iz domena spavanja SDO (Sleep Domain Ontology), koja je razvijena korišćenjem vršne BFO (Basic Formal Ontology) ontologije i referentnih ontologija: FMA (Foundational Model of Anatomy), CPR (Computer-Based Patient Record), koja je korišćena za definisanje sistema medicinskih evidencija i OGMS (Ontology for General Medical Science), koja obezbeđuje opšti okvir fizioloških i kliničkih podataka, koji su prilikom razvoja navedene aplikativne ontologije primenjeni na oblast medicine spavanja
Definicija ontologije[uredi | uredi izvor]
Ontologija je termin pozajmljen iz filozofije, gde ona predstavlja granu metafizike koja se bavi sistematskim objašnjenjem postojanja, prirodom i vrstom stvari ili entiteta koje egzistiraju u univerzumu. Aristotel je bio prvi filozof koji je uveo pojam ontologije u Metafizici. U njoj se ističe doprinos različitih filozofa evoluciji pojma ontologije tokom vremena:
- Ontologija je nauka postojanja svih vrsta entiteta – apstraktnih i konkretnih koji čine svet.
- Predmet ontologije je proučavanje kategorija koje postoje ili mogu postojati u nekom domenu.
Prelaskom iz filozofije ka veštačkoj inteligenciji, značenje termina ontologije se sužava, tako da ontologija predstavlja model entiteta i njihovih međusobnih interakcija generalno ili u određenom domenu znanja ili prakse. Istraživači iz oblasti veštačke inteligencije su najpre razvijali ontologije da omoguće deljenje i ponovno korišćenje znanja od strane programa i ljudi, ali su se ontologije takođe dobro pokazale i kao snažni konceptualni alat za modeliranje znanja.
Uporedo za zahtevima i razvojem veštačke inteligencije i sistema zasnovanih na znanju i definicija termin ontologija se menjao i razvijao Jedna od prvih definicija ontologije prema glasi:
| „ | “Ontologija definiše osnovne termine i relacije koji čine rečnik određene tematske oblasti (domena), kao i pravila za kombinovanje termina i relacija za definisanje proširenja rečnika domena.” Prema ovoj definiciji može se izvesti zaključak da je u procesu kreiranja ontologije potrebno definisati osnovne termine i relacije između njih, kao i pravila za izvođenje novih termina i relacija, čime se postiže proširenje rečnika domena. | ” |
Foundational Model of Anatomy kao jedna od podtipova ontologije[uredi | uredi izvor]
FMA je podtip referentne ontologija u okviru opšte ontologije – koja sadrži zajedničke koncepte na visokom nivou, koji su se posebno pokazali korisni za ponovnu upotrebu i deljenje, jer omogućavaju da drugi koncepti budu korektnije ili pouzdanije smešteni u ontologiju.[2]
Kao oblik referentne ontologije, FMA predstavljaju generalizaciju jednog ili više domena, koji obezbeđuju neophodan ontološki okvir za integraciju ili izvođenje različitih manjih domenskih-orijentisanih ontologija. Kao referentna biomedicinska ontologija, FMA predstavlja generalizaciju anatomskog domena.[3]
Opis[uredi | uredi izvor]
Foundational Model of Anatomy (FMA) kao jedan od generalizovanih anatomskih domena sadrži oko 75.000 vrsta i više od 125.000 uslova; za više od 2,1 miliona međusobno povezanih slučajeva, u više od 168 vrsta odnosa koji su međusobno povezani u FMA u koherentan simbolički model.[4]
Na osnovu ovih podataka može se reći da je Foundational Model of Anatomy, jedan od najvećih računarskih resursa znanja u biomedicini.
Izvori[uredi | uredi izvor]
- ^ Rosse C, Mejino JL Jr. A reference ontology for biomedical informatics: the Foundational Model of Anatomy. J Biomed Inform. 2003 Dec;36(6):478-500.
- ^ C. Golbreich, S. Zhang, and O. Bodenreider, “The foundational model of anatomy in OWL: Experience and perspectives.,” Web Semant. Online, vol. 4, no. 3, pp. 181–195, 2006.
- ^ C. Rosse and L. V. M. Jr., “The Foundational Model of Anatomy Ontology,” Esophagus, vol. 2007, pp. 59–117, 2007.
- ^ About FMA – Contents – The Foundational Model of Anatomy
Literatura[uredi | uredi izvor]
- Franklin, Joshua D and Guidry, Alicia F and Brinkley, James F (2011) A Partnership Approach for Electronic Data Capture in Small-Scale Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 10, San Francisco, CA.
- Detwiler, Landon T and Brinkley, James F (2011) Value Sets via Ontology Views. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 100, San Francisco, CA.
- Nichols, Nolan and Detwiler, Landon T and Franklin, Joshua D and Brinkley, James F (2011) Distributed Queries for Quality Control Checks in Clinical Trials. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages 115, San Francisco, CA.
- Wynden, Rob and Solbrig, Harold and Tu, Samson and Brinkley, James F (2011) The Value of Value Sets. In Proceedings, Clinical Research Informatics Summit of the American Medical Informatics Association, pages pp. 162-163, San Francisco, CA.