Извор странице In silico

{{italic title}}
[[Датотека:Forest of synthetic pyramidal dendrites grown using Cajal's laws of neuronal branching.png|thumb|Šuma sintetskih piramidnih [[dendrit]]a izraslih -{''in silico''}-, prema [[Сантијаго Рамон и Кахал|Santijago Ramon i Kahalovim]] zakonima grananja [[neuron]]a (simulacija)]]

-{'''In silico'''}- je fraza koja potiče iz [[1989]], kao [[aluzija]] na [[Latinski jezik|latinske]] izreke -{''[[in vivo]]''}-, -{''[[in vitro]]''}- i -{''[[in situ]]''}-, koje se uobičajeno koriste u [[biologija|biologiji]], a odnose se na eksperimente na živim jedinkama van i unutar organizma, odnosno i kako su nađeni -{''[[in natura]]''}-.

== Virtualno otkrivanje lekova ==
{{Glavni|Virtualni  skrining}}

Smatra se da -{''in silico''}- istraživanja u medicini imaju potencijal da ubrzaju stopu otkrića, a smanjuju potrebu za skupim laboratorijskim radom i kliničkim ispitivanjima. Jedan od načina da se to postigne je za proizvodnju i efikasnije snimanja osobina kandidata za [[lek]]. U [[2010]]. godini, na primer, pomoću algoritma za [[Doking (molekulski)|proteinsko dokovanje]] -{''EADock''}-, istraživači su -{''in silico''}- otkrili potencijalne inhibitore [[enzim]]a povezanih sa aktivnošću [[Рак (болест)|raka]]. Za znatan procenat tih molekula je kasnije pokazano da mogu biti aktivni inhibitori i -{''[[in vitro]]''}-.<ref>Röhrig U. F. et al. (2010): Rational design of indoleamine 2,3-dioxygenase Inhibitors. Journal of Medicinal Chemistry, 53: 1172–1189. doi = 10.1021/jm9014718 | issue = 3 | pmid = 20055453.</ref><ref>Ludwig Institute for Cancer Research (2010): New computational tool for cancer treatment. ScienceDaily, http://www.sciencedaily.com/releases/2010/01/100129151756.htm</ref> Ovaj pristup se razlikuje od upotrebe robotskih laboratorija [[Visokopropusni skrining|visokopropusnog skrininga]] (''HTS'') za fizičko testiranje stotina hiljada različitih jedinjenja dnevno, često sa očekivanom najvišom stopom aktivnih molekula od 0,1% ili manje.

== Modeli ćelije ==

Učinjeni su napori da se uspostave računarski modeli ponašanja [[ćelija (biologija)|ćelija]]. Na primer, u [[2007]]. godini istraživači su razvili -{''in silico''}- model [[tuberkuloza|tuberkuloze]] za pomoć u otkrivanju leka. Primarna prednost ovog modela je da je znatno brži od stvarnog eksperimenta u realnom vremenu, što omogućava da se pojave od interesa mora uočiti u toku nekoliko minuta, umesto nakon više meseci.<ref>University Of Surrey. June 25, 2007. [https://www.sciencedaily.com/releases/2007/06/070624135714.htm In Silico Cell For TB Drug Discovery]. ''ScienceDaily''. Retrieved February 12, 2010.</ref> Više podataka je dostupno iz radova sa fokus na modelovanju određenog ćelijskog procesa, kao što je ciklus rasta -{''[[Caulobacter crescentus]]''}-.<ref>{{cite journal |last=Li|first= S |last2=Brazhnik| first2 = P |last3=Sobral| first3 = B |last4=Tyson| first4 = JJ | author4-link = John J. Tyson |year=2009| title = Temporal Controls of the Asymmetric Cell Division Cycle in Caulobacter crescentus | url = | journal = PLoS Comput Biol | volume = 5 | issue = 8| page = e1000463 | doi = 10.1371/journal.pcbi.1000463 }}</ref>

Ovi napori su u kategoriji koja obuhvata proračune koji su daleko od egzaktnih, potpuno predvidivih, računarskih modela ponašanja cele ćelije. Ograničenja u razumevanju [[Молекулска динамика|molekulske dinamike]] i [[citologija|citologije]], kao i odsustvo dostupne moći i snage računarske obrade, uslovljavaju velika pojednostavljenja pretpostavki što ograničava korisnost sadašnjih -{''in silico''}- ćelijskih modela.

== Genetika ==

Sekvence [[nukleinske kiseline|nukleinskih kiselina]], tj. digitalne genetičke sekvence [[DNK]] mogu biti pohranjene u bazama podataka sekvenci i digitalno analizirani, i/ili se koriste kao šabloni za kreiranje novih stvarnih DNK [[sinteza veštačkih gena|sintezom veštačkih gena]].

== Drugi primeri ==
''In silico'' tehnologija kompjuterskog modelovanja se primenjuje u nisu oblasti:
* analiza celih ćelija [[prokarioti|prokariotskih]] i [[eukariote|eukariotskih]] domaćina npr. -{''[[Escherichia coli]]''}-, -{''Bacillus subtilis''}-, [[kvasci]], -{CHO}- ili [[čovek|ljudske ćelijske]] linije:
* razvoj i optimiranje [[bioproces]]a, npr. prinosa proizvoda;
* simulacija onkoloških kliničkih ispitivanja iskorištavanjem grid computerske infrastrukture, kao što je [[Europska Grid infrastruktura]], za poboljšanje performansi i efikasnosti simulacija
* analiza, interpretacija i vizualizacije heterolognih skupova podataka iz različitih izvora, npr. [[genom]]skih, [[transcriptom]]skih ili [[proteom]]skih podataka;
* dizajn proteina, u kojem je primjer je -{''RosettaDesign''}-, softverski paket u aktivnom razvoju i besplatan za akademsku upotrebu, koji je imao široku i uspešnu upotrebu.<ref>{{cite journal |last=Athanaileas|first=Theodoros|display-authors=etal | title=Exploiting grid technologies for the simulation of clinical trials: the paradigm of in silico radiation oncology | journal=Simulation: Transactions of The Society for Modeling and Simulation International | volume=87 | number=10 |year=2011| publisher=Sage Publications | doi=10.1177/0037549710375437|pages=893-910}}</ref><ref>{{Citation |title=RosettaDesign server for protein design |journal=Nucleic Acids Research |volume=34 |issue=Web Server issue |pages=W235–8 |date=jul 2006 |pmc=1538902 |doi=10.1093/nar/gkl163 |pmid=16845000 |last=Liu|first=Y |last2=Kuhlman|first2=B}}</ref><ref>{{Citation |doi=10.1016/S0022-2836(03)00888-X |title=A Large Scale Test of Computational Protein Design: Folding and Stability of Nine Completely Redesigned Globular Proteins |year=2003|last=Dantas|first=Gautam |last2=Kuhlman|first2=Brian |last3=Callender|first3=David |last4=Wong|first4=Michelle |last5=Baker|first5=David |journal=Journal of Molecular Biology |volume=332 |postscript=. |pmid=12948494 |issue=2|pages=449}}</ref><ref>{{Citation |doi=10.1016/j.str.2006.02.011 |title=High-Resolution Structural Validation of the Computational Redesign of Human U1A Protein |year=2006|last=Dobson|first=N |last2=Dantas|first2=G |last3=Baker|first3=D |last4=Varani|first4=G |journal=Structure |volume=14 |postscript=. |pmid=16698546 |issue=5|pages=847}}</ref><ref>{{Citation |doi=10.1016/j.jmb.2006.11.080 |title=High-resolution Structural and Thermodynamic Analysis of Extreme Stabilization of Human Procarboxypeptidase by Computational Protein Design |year=2007|last=Dantas|first=G |last2=Corrent|first2=C |last3=Reichow|first3=S |last4=Havranek|first4=J |last5=Eletr|first5=Z |last6=Isern|first6=N |last7=Kuhlman|first7=B |last8=Varani|first8=G |last9=Merritt|first9=E |last10=Baker |first10=David |journal=Journal of Molecular Biology |volume=366 |postscript=. |pmid=17196978 |issue=4|display-authors=8 |pmc=3764424 |pages=1209–21}}</ref> RosettaDesign je dostupan preko web servera.<ref>http://rosettadesign.med.unc.edu/</ref>

== Vidi još ==
{{div col|colwidth=20em}}
* ''[[In vivo]]''
* ''[[In vitro]]''
* ''[[Ex vivo]]''
* ''[[In situ]]''
* ''[[In natura]]''
* ''[[In papyro]]''
* ''[[In utero]]''
{{div col end}}

== Reference ==
{{reflist}}

== Spoljašnje veze ==
{{wiktionary}}
* -{[http://www.worldwidewords.org/weirdwords/ww-ins1.htm World Wide Words: ''In silico'']}-
* -{[http://www.cadaster.eu CADASTER] {{Wayback|url=http://www.cadaster.eu/ |date=20120330200549 }} [[Seventh Framework Programme]] project}-
* -{[http://www.insilicobiologyjournal.com/ In Silico Biology. Journal of Biological Systems Modeling and Simulation] {{Wayback|url=http://www.insilicobiologyjournal.com/ |date=20201021191307 }}}-
* -{[http://www.in-silico-pharmacology.com/ In Silico Pharmacology]}-

{{normativna kontrola}}

[[Категорија:Латински биолошки изрази]]
[[Категорија:Фармацеутска индустрија]]