Ниско фреквентно колективно кретање у протеинима и ДНК
Ниско фреквентно колективно кретање у протеинима и ДНК је примена статистичке термодинамике у изучавању ниско фреквентних вибрација биомолекула.
Концепт ниско фреквентних фонона (или унутрашњег кретања) у протеинима је оригинално предложен ради решавања проблема дефицита слободне енергије у протеинском везивању. Током изучавања интерација везивања протеина, нпр. инсулина и инсулинског рецептора, примећено је да примена уобичајених компоненти промене слободне енергије, као што су транслациона и ротациона ентропија, водонично везивање, ван дер Валсове интеракције, и хидрофобне интеракције, не објашњавају у потпуности промену слободне енергије реакције. Један од приступа за објашњавање дефицита је да долази до долази до формирања додатних вибрационих модова са веома ниским таласним бројем у опсегу од 10–100 cm−1, који одговара фреквентном опсегу од 3×1011 до 3×1012 Hz.[1][2][3][4]
Ниско фреквентни модови су уочени применом Раманове спектроскопије код низа протеинских молекула[3] и различитих типова ДНК.[5][6] Ови резултати су додатно потврђени путем експеримената неутронског расејавања.[7]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Цхоу КЦ, Цхен НY (1977). „Тхе биологицал фунцтионс оф лоw-фреqуенцy пхононс”. Сциентиа Синица. 20: 447—457.
- ^ Цхотхиа C, Јанин Ј (1975). „Принциплес оф протеин-протеин рецогнитион”. Натуре. 256 (5520): 705—8. ПМИД 1153006. дои:10.1038/256705а0.
- ^ а б Паинтер ПЦ, Мосхер ЛЕ, Рхоадс C (1982). „Лоw-фреqуенцy модес ин тхе Раман спецтра оф протеинс”. Биополyмерс. 21 (7): 1469—72. ПМИД 7115900. дои:10.1002/бип.360210715.
- ^ З, Синкала (2006). „Солитон/еxцитон транспорт ин протеинс”. Ј. Тхеор. Биол. 241 (4): 919—27. ПМИД 16516929. дои:10.1016/ј.јтби.2006.01.028.
- ^ Паинтер ПЦ, Мосхер ЛЕ, Рхоадс C (1981). „Лоw-фреqуенцy модес ин тхе Раман спецтрум оф ДНА.”. Биополyмерс. 20: 243—247. дои:10.1002/бип.1981.360200119.
- ^ Урабе Х, Томинага Y (1982). „Лоw-лyинг цоллецтиве модес оф ДНА доубле хелиx бy Раман спецтросцопy”. Биополyмерс. 21 (12): 2477—81. ПМИД 7150706. дои:10.1002/бип.360211212.
- ^ КЦ, Цхоу (1989). „Лоw-фреqуенцy ресонанце анд цооперативитy оф хемоглобин”. Трендс Биоцхем. Сци. 14 (6): 212—3. ПМИД 2763333. дои:10.1016/0968-0004(89)90026-1.