Трансмембрански домен
Трансмембрански домен најчешће означава трансмембрански алфа хеликс трансмембранског протеина[1]. Он се назива доменом зато што алфа-хеликс у мембрани може бити савијен независно од остатка протеина, слично доменима у води растворних протеина. У ширем смислу, трансмембрански домен је свака три-димензиона протеинска структура која је термодинамички стабилна у мембрани. То може да буде један алфа хеликс, стабилни комплекс неколико трансмембранских алфа хеликса, трансмембрански бета барел, бета-хеликс грамицидина А[2], или нека друга структура.[3]
Трансмембрански хеликси најчешће садрже 20 аминокиселина, мада они могу бити много дужи или краћи.[1]
Садржај |
Идентификација трансмембранских хеликса [уреди]
Трансмембрански хеликси су видљиви у структурама мембранских протеина одређених дифракцијом X-зрака. Они се могу предвидети на основу скала хидрофобности. Зато што су унутрашњост двослоја и већине трансмембранских протеина познатих структура хидрофобне, сматра се је предуслов за амино киселине које премоштавају мембране да су такође хидрофобне. Међутим, мембранске пумпе и јонски канали такође садрже бројне наелектрисане и поларне остатке са генерално неполарним трансмембранским сегментима.
Види још [уреди]
Литература [уреди]
- ^ а б Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0.
- ^ Burkhart BM, Gassman RM, Langs DA, Pangborn WA, Duax WL, Pletnev V (1999). „Gramicidin D conformation, dynamics and membrane ion transport“. Biopolymers 51 (2): 129–44. DOI:10.1002/(SICI)1097-0282. PMID 10397797.
- ^ Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter (2002). Molecular Biology of the Cell. New York: Garlard Science. ISBN 0815332181.
Додатна литература [уреди]
- Partridge AW, Liu S, Kim S, Bowie JU, Ginsberg MH (February 2005). „Transmembrane domain helix packing stabilizes integrin alphaIIbbeta3 in the low affinity state“. The Journal of Biological Chemistry 280 (8): 7294–300. DOI:10.1074/jbc.M412701200. PMID 15591321.
- Li R, Bennett JS, Degrado WF (June 2004). „Structural basis for integrin alphaIIbbeta3 clustering“. Biochemical Society Transactions 32 (Pt3): 412–5. DOI:10.1042/BST0320412. PMID 15157149.
