Визуелна молекулска динамика

VMD
	VMD 1.8.3.
Programer(i)	Univerzitet Ilinoja (Urbana-Champaign)
Najnovija; verzija	1.8.7; Avgust 1, 2009
OS	engl. Mac OS X, UNIX, Windows
Тип	Молекулско моделовање
Лиценца	ВМД иценца (бесплатни софтвер)
Веб-сајт	ВМД веб сајт

Визуелна молекулска динамика (VMD) је рачунарски програм за молекулско моделовање и визуелизацију. VMD је првенствено развијен као алат за приказивање и анализирање резултата молекулско динамичких симулација. Он исто садржи оруђа за рад са волуметријским подацима, секвенцама, и произвољним геометријским објектима. Молекулске сцене се могу експортовати за употребу у другим софтверским пакетима као што су POV-Ray, Renderman, Tachyon, ВРМЛ, и многим другима. Корисници могу да извршавају њихове сопствене Tcl и Пајтон скриптове у VMDу, пошто он садржи Тцл и Пајтон интерпретаторе. ВМД, заједно са изворним кодом, је слободно доступан, али је под лиценцом бесплатног софтвера.

Историја[уреди | уреди извор]

ВМД су развиле група за Теоретску и рачунску биофизику (ТЦБ) на Универзитету Илиноја и Бекман институт. Оригиналну верзију, која се звала VRChem, су развили M. Krogh, W. Humphrey и R. Kufrin 1992. Иницијалну верзију ВМДа су написали Andrew Dalke, Jeff Ulrich, и Вилијам Хамфри, и она се појавила 1995. Ране VMD верзије су развијене за Силикон Графикс радне станице, и могле су исто тако користити на енгл. Cave Automatic Virtual Environment CAVE машинама. Након што су оригинални програмери отишли да раде на другим пројектима, Сергеј Израилев је преузео одржавање програма све до 1998. Те године је John Stone постао главни VMD програмер. Он је портирао VMD на многе друге врсте Јуникса, и увео пуну подршку за OpenGL графику. Прва VMD верзија за Мајкрософт виндоуз платформу се појавила у 1999. У 2001, Justin Gullingsrud, Paul Grayson, и John Stone су додали подршку за повратно спрегнуте (енгл. feedback) уређаје, и развили су интерфејс између ВМД и НАМД за подршку интерактивних молекуларно динамичких симулација. У току даљег развоја они су потпуно заменили графички кориснички интерфејс, додали подршку за дисплеј и обраду волуметријских података, и почели да употребљавају ОпенГЛ шејдинг језик (енгл. Shading Language).