Предвиђање гена
У рачунарској биологији предвиђање гена или налажење гена је процес идентификације региона геномског ДНК који кодирају гене. То обухвата гене који кодирају протеине као и РНК гене, а може да обухвата и предвиђање других функционалних елемената као што су регулаторни региони. Налажење гена је један од првих и најважнијих корака у разумевању генома једне врсте након његовог секвенцирања.[1][2][3]
У прошлости се „налажење гена“ састојало од тегобног експериментисања са живим ћелијама и организмима. Статистичка анализа стопа хомологне рекомбинације неколико различитих гена може да одреди њихов редослед на датом хромозому, и информације из мноштва таквих експериментата се могу комбиновати да би се креирала генетичка мапа, која грубо специфицира међусобне локације познатих гена. У данашње време захваљујући постојању свеобухватних геномских секвенци и моћних рачунских ресурса налажење гене је у знатној мери постао рачунарски проблем.
Одређивање да ли је нека секвенца функционална се разликује оф одређивања функције гена или његовог продукта. Ове други циљеви су у знатној мери зависни од ин виво експеримената путем генских нокаоута и других тестова, мада напредак у биоинформатичким истраживањима у све већој мери омогућава предвиђање могућих функција гена на основу саме секвенце.
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Aluru, Srinivas, ed. Handbook of Computational Molecular Biology. Chapman & Hall/Crc, 2006. ISBN 1-58488-406-1 (Chapman & Hall/Crc Computer and Information Science Series)
- ^ Baldi, P and Brunak, S, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, 2nd edition. MIT Press, 2001. ISBN 0-262-02506-X
- ^ Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003. ISBN 0-470-84394-2
Спољашње везе[уреди | уреди извор]
- FGENESH Архивирано 2013-01-04 на сајту Archive.today
- генеид, SGP2
- Глиммер Архивирано на сајту Wayback Machine (26. август 2011), GlimmerHMM Архивирано на сајту Wayback Machine (18. август 2011)