Террабацтериа
| Террабацтериа | |
|---|---|
| |
| Сцаннинг елецтрон мицрограпх оф Ацтиномyцес исраелии (Ацтиномyцетота) | |
Научна класификација 
| |
| Домен: | Бацтериа |
| (нерангирано): | Террабацтериа Баттистуззи ет ал., 2004, Баттистуззи & Хедгес, 2009 |
| Раздели | |
| Синоними | |
| |
Террабацтериа је таксон који садржи око две трећине врста прокариота, укључујући оне у грам позитивним разделима (Ацтиномyцетота и Бациллота), као и разделима „Цyанобацтериа“, Цхлорофлеxота, и Деиноцоццота.[1][2]
Террабацтериа је предложена 2004. за Ацтиномyцетота, „Цyанобацтериа“ и Деиноцоццота,[1] а касније је проширена на Бациллота и Цхлорофлеxота.[2] Друге филогенетске анализе[3][4][5] су подржале блиске односе ових раздела. Већина врста прокариота које нису смештене у Террабацтериа приписане су таксону Хyдробацтериа,[2] у односу на влажну средину која се претпоставља за заједничког претка тих врста. Неке молекуларне филогенетичке анализе[6][7] нису подржале ову дихотомију Террабацтериа и Хyдробацтериа, али најновије геномске анализе,[4][5] укључујући оне које су се фокусирале на укорењивање стабла,[4] су утврдиле да су ове две групе монофилетске.[4]
Претпоставља се да су се Террабацтериа и Хyдробацтериа разишле пре отприлике 3 милијарде година, што сугерише да су копно (континенте) колонизовали прокариоти у то време.[2] Заједно, Террабацтериа и Хyдробацтериа чине велику групу која садржи 97% прокариота и 99% свих врста бактерија познатих до 2009. године и смештене у таксон Селабацтериа, алузија на њихове фототрофне способности (селас = светлост).[8] Тренутно се расправља о бактеријским врстама које су изван Террабацтериа + Хyдробацтериа, и на тај начин оправдавају таксон Селабацтериа могу, али не морају укључивати Фусобацтериа.[2][4]
Назив „Глидобацтериа”[9] укључивао је неке чланове Террабацтериа, али је искључио велике грам позитивне групе, Бациллота и Ацтиномyцетота, и није подржан молекуларно-филогенетским подацима.[1][2][3][6][7][4][5] Штавише, чланак који се именује Глидобацтериа [9] није укључивао молекуларну филогенију или статистичке анализе и није пратио широко коришћени систем са три домена. На пример, тврдило се да су се еукариоти одвојили од Арцхаеа врло недавно (~900 милиона година), што је у супротности са фосилним записом,[10] и да је лоза еукариота + Арцхаеа била угнежђена унутар бактерија као блиски сродник Ацтиномyцетота.
Филогенија[уреди | уреди извор]
Филогенетско стабло према филогенетским анализама Батистуција и Хеџеса (2009) је наведено испод и са калибрацијом молекуларног сата.[1][2]
Недавне молекуларне анализе су откриле отприлике следеће односе укључујући и друге типове, чији су односи били неизвесни.[11][12][13][14][15][16]
| Террабацтериа |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
С друге стране, Колеман ет ал.Он тхе отхер ханд, Цолеман ет ал.[4] су именовали кладу која се састоји од Тхермотогота, Деиноцоццота, Сyнергистота и која је сродна са ДСТ, а осим тога анализа сугерише да ултра-мале бактерије (ЦПР група) могу припадати клади Террабацтериа која је ближе повезана са Цхлорофлеxота. Према овој студији, раздео Аqуифицота који се понекад укључује спада у Хyдробацтериа, а раздео Фусобацтериота се може припадати и Террабацтериа и Хyдробацтериа. Резултат је био следећи:[4]
| Террабацтериа |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ а б в г Баттистуззи ФУ, Феијао А, Хедгес СБ (новембар 2004). „А геномиц тимесцале оф прокарyоте еволутион: инсигхтс инто тхе оригин оф метханогенесис, пхототропхy, анд тхе цолонизатион оф ланд”. БМЦ Еволутионарy Биологy. 4: 44. ПМЦ 533871
. ПМИД 15535883. дои:10.1186/1471-2148-4-44.
- ^ а б в г д ђ е Баттистуззи ФУ, Хедгес СБ (фебруар 2009). „А мајор цладе оф прокарyотес wитх анциент адаптатионс то лифе он ланд”. Молецулар Биологy анд Еволутион. 26 (2): 335—343. ПМИД 18988685. дои:10.1093/молбев/мсн247 .
- ^ а б Берн M, Голдберг D (мај 2005). „Аутоматиц селецтион оф репресентативе протеинс фор бацтериал пхyлогенy”. БМЦ Еволутионарy Биологy. 5 (1): 34. ПМЦ 1175084 . ПМИД 15927057. дои:10.1186/1471-2148-5-34.
- ^ а б в г д ђ е ж Цолеман ГА, Давíн АА, Махендрарајах ТА, Сзáнтхó ЛЛ, Спанг А, Хугенхолтз П, et al. (мај 2021). „A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution”. Science. 372 (6542): eabe0511. PMID 33958449. S2CID 233872903. doi:10.1126/science.abe0511.
- ^ а б в Léonard RR, Sauvage E, Lupo V, Perrin A, Sirjacobs D, Charlier P, et al. (фебруар 2022). „Was the Last Bacterial Common Ancestor a Monoderm after All?”. Genes. 13 (2): 376. PMC 8871954 . PMID 35205421. doi:10.3390/genes13020376 .
- ^ а б Hug LA, Baker BJ, Anantharaman K, Brown CT, Probst AJ, Castelle CJ, et al. (април 2016). „A new view of the tree of life”. Nature Microbiology. 1 (5): 16048. PMID 27572647. S2CID 3833474. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48 .
- ^ а б Zhu Q, Mai U, Pfeiffer W, Janssen S, Asnicar F, Sanders JG, et al. (децембар 2019). „Phylogenomics of 10,575 genomes reveals evolutionary proximity between domains Bacteria and Archaea”. Nature Communications. 10 (1): 5477. Bibcode:2019NatCo..10.5477Z. PMC 6889312 . PMID 31792218. doi:10.1038/s41467-019-13443-4.
- ^ Battistuzzi FU, Hedges SB (2009). „Eubacteria”. Ур.: Hedges SB, Kumar S. The Timetree of Life. New York: Oxford University Press. стр. 106—115.
- ^ а б Cavalier-Smith T (јул 2006). „Rooting the tree of life by transition analyses”. Biology Direct. 1 (1): 19. PMC 1586193 . PMID 16834776. doi:10.1186/1745-6150-1-19.
- ^ Knoll AH (2003). Life on a Young Planet : The First Three Billion Years of Evolution on Earth - Updated Edition. ISBN 0-691-00978-3. OCLC 1303471348.
- ^ Anantharaman K, Brown CT, Hug LA, Sharon I, Castelle CJ, Probst AJ, et al. (октобар 2016). „Thousands of microbial genomes shed light on interconnected biogeochemical processes in an aquifer system”. Nature Communications. 7: 13219. Bibcode:2016NatCo...713219A. PMC 5079060 . PMID 27774985. doi:10.1038/ncomms13219.
- ^ Matheus Carnevali PB, Schulz F, Castelle CJ, Kantor RS, Shih PM, Sharon I, et al. (јануар 2019). „Hydrogen-based metabolism as an ancestral trait in lineages sibling to the Cyanobacteria”. Nature Communications. 10 (1): 463. Bibcode:2019NatCo..10..463M. PMC 6349859 . PMID 30692531. doi:10.1038/s41467-018-08246-y.
- ^ Ji M, Greening C, Vanwonterghem I, Carere CR, Bay SK, Steen JA, et al. (децембар 2017). „Atmospheric trace gases support primary production in Antarctic desert surface soil”. Nature. 552 (7685): 400—403. Bibcode:2017Natur.552..400J. PMID 29211716. S2CID 4394421. doi:10.1038/nature25014 .
- ^ Tahon G, Tytgat B, Lebbe L, Carlier A, Willems A (јул 2018). „Abditibacterium utsteinense sp. nov., the first cultivated member of candidate phylum FBP, isolated from ice-free Antarctic soil samples”. Systematic and Applied Microbiology. 41 (4): 279—290. PMID 29475572. S2CID 3515091. doi:10.1016/j.syapm.2018.01.009.
- ^ Rinke C, Schwientek P, Sczyrba A, Ivanova NN, Anderson IJ, Cheng JF, et al. (јул 2013). „Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter”. Nature. 499 (7459): 431—437. Bibcode:2013Natur.499..431R. PMID 23851394. S2CID 4394530. doi:10.1038/nature12352 .
- ^ Eloe-Fadrosh EA, Paez-Espino D, Jarett J, Dunfield PF, Hedlund BP, Dekas AE, et al. (јануар 2016). „Global metagenomic survey reveals a new bacterial candidate phylum in geothermal springs”. Nature Communications. 7: 10476. Bibcode:2016NatCo...710476E. PMC 4737851 . PMID 26814032. doi:10.1038/ncomms10476.
