BacDive
 | |
|---|---|
| Sadržaj | |
| Opis | informacije o sojevima bakterija i arheja |
| Tipovi beleženih podataka | metapodaci |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | Lajbnicov institut DSMZ — Nemačka kolekcija mikroorganizama i ćelijskih struktura GmbH |
| Primarni izvor | PMID 26424852 |
| Datum pokretanja | 2012.. |
| Pristup | |
| Veb-sajt | http://bacdive.dsmz.de/ |
| Veb-servis | http://bacdive.dsmz.de/api/ |
BacDive (Bacterial Diversity Metadatabase) meta je baza podataka bakterija koja pruža informacije o biodiverzitetu bakterija i arheja.
Opis[uredi | uredi izvor]
BacDive je izvor raznih vrsta metapodataka, kao što je taksonomija, morfologija, fiziologija, okruženje i molekularna biologija bakterija.[1][2][3][4][5] Većina podataka se ručno obeležava i održava. Verzija od septembra 2015. pružala je informacije za oko 54.000 sojeva.[6] Bazu podataka hostuje Lajbnicov institut DSMZ — Nemačka kolekcija mikroorganizama i ćelijskih struktura GmbH i pripada de.NBI — Nemačkoj mreži bioinformatičke infrastrukture.
Sadržaj i odlike[uredi | uredi izvor]
Baza podataka[uredi | uredi izvor]
Septembra 2015. baza podataka je imala 233 različita polja za unos podataka, podeljena u kategorije „Ime i taksonomska klasifikacija”, „Morfologija i fiziologija”, „Kultura i uslovi rasta”, „Izolacija, uzorci i informacije o okruženju”, „Aplikacija i interakcija”, „Molekularna biologija” i „Dostupnost soja”. Baza podataka je imala oko 300.000 unosa, povezanih sa odgovarajućim sojem i referencom.[6] Podaci se preuzimaju iz unutrašnjih opisa zbirki kultura bakterija, zbornika koje su sastavili eksperti i primarne naučne literature.
Pristup podacima[uredi | uredi izvor]
Podacima se može pristupiti ili preko GUI-ja ili preko veb-servisa RESTful. Koristeći GUI korisnički interfejs korisnik može odabrati između jednostavne pretrage osnovnih polja kao što je taksonomija ili unos ID-a, ili pak koristiti naprednu pretragu u kojoj je omogućen pregled 35 polja za podatke i kompleksna pretraga kombinovanjem nekoliko polja. Podaci se mogu preuzeti u formatu PDF (za pojedine sojeve) ili CSV formati za veće setove podataka (za višestruke sojeve). Preko veb-servisnog portala Arhivirano na sajtu Wayback Machine (17. septembar 2016) dostupan je ne samo sadržaj sajta BacDive već i referentna lista Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date.
Ostale baze podataka[uredi | uredi izvor]
Za podatke koji su van fokusa sajta BacDive, pružene su veze do drugih baza podataka na kojima je moguće pronaći povezane podatke o sojevima:
- SILVA
- BRENDA
- PANGAEA
- Straininfo.net Arhivirano na sajtu Wayback Machine (23. januar 2017)
- GBIF
- EBI
- NCBI
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13. 10. 2013). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase”. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592—D599. doi:10.1093/nar/gkt1058.
- ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (5. 12. 2013). „The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection”. Nucleic Acids Research. 42: D1—D6. PMC 3965027
. PMID 24316579. doi:10.1093/nar/gkt1282.
- ^ Cohan lab (23. 10. 2015). „DSMZ’s BacDive Bacterial Diversity Database”.
- ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. str. 448.
- ^ Zhulin, I. B. (1. 8. 2015). „Databases for Microbiologists”. Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458—2467. doi:10.1128/JB.00330-15.
- ^ a b Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30. 9. 2015). „BacDive – The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016”. Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581—D585. PMC 4702946 . PMID 26424852. doi:10.1093/nar/gkv983.
Spoljašnje veze[uredi | uredi izvor]
- Jednostavna pretraga na BacDive
- Napredna pretraga na BacDive
- Veb-servis BacDive Arhivirano na sajtu Wayback Machine (17. septembar 2016)