Superfamilija (proteini)
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Baza podataka SUPERFAMILY sadrži strukturnu i funkcionu anotaciju svih proteina i genoma. |
| Tipovi podataka | Proteinske familije, anotacija genoma, poravnavanja sekvenci, HMM modeli |
| Organizam | all |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | Univerzitet u Bristolu |
| Laboratorija | Džulijan Gof |
| Primarni citat | PMID 19036790 |
| Pristup | |
| Format podataka | FASTA format |
| Veb stranica | SUPERFAMILY vebsajt |
| URL za preuzimanje | SUPERFAMILY |
| Alati | |
| Razno | |
| Licenca | GNU-ova opšta javna licenca |
| Verzija | 1.75 |
Superfamilija (SUPERFAMILY) je baza podataka koja sadrži strukturnu i funkcionalnu anotaciju svih proteina i genoma.[1][2][3][4][5]
Ova anotacija bazirana na kolekciji skrivenih Markovljevih modela, koji predstavljaju strukturne proteinske domene na nivou SCOP superfamilije.[6] Grupe superfamilije formiraju domene koji imaju evolucione odnose. Anotacija je formirana skeniranjem proteinskih sekvenci kompletno sekvenciranih genoma koristeći skrivene Markovljeve modele.
Za svaki protein se može:
- Poslati sekvenca za SCOP klasifikaciju
- Razmatrati organizacija domena, poravnavanja sekvenci i detalji proteinskih sekvenci
Reference
[уреди | уреди извор]- ^ Wilson, D.; Pethica, R.; Zhou, Y.; Talbot, C.; Vogel, C.; Madera, M.; Chothia, C.; Gough, J. (2009). „SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D380—D386. PMC 2686452
. PMID 19036790. doi:10.1093/nar/gkn762.
- ^ Wilson, D.; Madera, M.; Vogel, C.; Chothia, C.; Gough, J. (2007). „The SUPERFAMILY database in 2007: Families and functions”. Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D308—D313. PMC 1669749 . PMID 17098927. doi:10.1093/nar/gkl910.
- ^ Gough J. (2002). „The SUPERFAMILY database in structural genomics”. Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography. 58 (Pt 11): 1897—1900. PMID 12393919.
- ^ Gough, J.; Chothia, C. (2002). „SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments”. Nucleic Acids Research. 30 (1): 268—272. PMC 99153 . PMID 11752312. doi:10.1093/nar/30.1.268.
- ^ De Lima Morais, D. A.; Fang, H.; Rackham, O. J. L.; Wilson, D.; Pethica, R.; Chothia, C.; Gough, J. (2010). „SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method”. Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D427—D434. PMC 3013712 . PMID 21062816. doi:10.1093/nar/gkq1130.
- ^ Gough, J.; Karplus, K.; Hughey, R.; Chothia, C. (2001). „Assignment of homology to genome sequences using a library of hidden Markov models that represent all proteins of known structure1”. Journal of Molecular Biology. 313 (4): 903—919. PMID 11697912. doi:10.1006/jmbi.2001.5080.
