GROMACS
 | |
| Најновија верзија | 4.6.5 02. Дец. 2013 |
|---|---|
| Писано у | C |
| ОС | Линукс, Мицрософт Wиндоwс |
| Тип | Молекулско моделовање |
| Лиценца | ГНУ (Слободни софтвер) |
| Веб-сајт | http://www.gromacs.org/ |
GROMACS (скраћено од GROningen MAchine for Chemical Simulations — Гронинген машина за хемијске симулације) је молекулско динамички симулациони пакет оригинално развијен на Гронингенском универзитету. Он се у данашњ време одржава и проширује и на другим местима, укључујући Упсалски универзитет, Стокхолмски универзитет и Макс Планк институт за истраживање полимера.[1][2] GROMACS је софтвер отвореног кода под GNU генералном јавном лиценцом
Историја[уреди | уреди извор]
GROMACS пројекат је оригинално започет да би се конструисао наменски паралелни рачунарски систем за молекуларне симулације, који јбе базиран на прстен структури. Изворни код специфичан за молекуларну динамику је прерађен у C програмском језику из Фортран77-базираног програма GROMOS, који је развила иста група.
Особине[уреди | уреди извор]
Програм је написан за Јуникс оперативне системе, али се он може користити на Мицрософт Wиндоwс машинама користећи Цигвин (енгл. Cygwin) Јуникс слој. Програм може извршавати на паралелним мрежама рачунара користећи МПИ интерфејс предавања порука.
GROMACS садржи скрипт за конвертовање молекулских координата из ПДБ фајла у формате које програм интерно користи. Након што је конфигурациони фајл за симулацију неколико молекула (по могућности укључујући растварач) креиран, извршаване симулација (што је временски конзумирајући процес) производи фајл трајекторије који описује кретање атома у току времена. Тај трајекторијски фајл се може анализирати или приказати бројним алатима.[3]
Многи специфични елементи су додати у току транзиције GROMOS-а у GROMACS. Најзначајнији међу њима су:
- Рачунање вириала у једној, уместо две суме преко честица;
- Генеричка репрезентација свих могућих типова периодичних кутија;
- Оптимизовано руковање листом суседа путем смештања транслационих вектора ка најближим суседима у периодичном систему;
- Специјализоване рутине за рачунање инверзног квадратног корена;
- Коришћење кубне сплајн интерполације из табелираних вредности за еволуирање силе/енергије;
- Брза на-решетки-заснована претрага суседа
- Употреба мултимедијских (3DNow! и ССЕ) инструкција на Пентиум (III и виши), Athlon, Duron процесорима.
Високо оптимизовани код чини GROMACS једним оф најбржих програма за молекулске симулације. Додатно, подршка за различита поља сила даје GROMACS-у велику флексибилност.
Употреба[уреди | уреди извор]
- GROMACS је у знатној употреби у дистрибуираном рачунарском пројекту Folding@Home, где је он коришћен екстензивно у симулацијама протеинског увијања. (Тој верзији програма је додељена нон-ГПЛ лиценца).[4]
- ЕвоГрид је дистрибуирани рачунарски пројекат са фокусом на еволуцију вештачког живота, исто тако користи GROMACS.[5]
Види још[уреди | уреди извор]
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ Ван дер Споел D, Линдахл Е, Хесс Б, Гроенхоф Г, Марк АЕ, Берендсен ХЈ (2005). „ГРОМАЦС: фаст, флеxибле, анд фрее”. Ј Цомпут Цхем. 26 (16): 1701—18. ПМИД 16211538. дои:10.1002/јцц.20291.
- ^ Хесс Б, Кутзнер C, Ван дер Споел D, Линдахл Е (2008). „ГРОМАЦС 4: Алгоритхмс фор Хигхлy Еффициент, Лоад-Баланцед, анд Сцалабле Молецулар Симулатион”. Ј Цхем Тхеорy Цомпут. 4 (2): 435. дои:10.1021/цт700301q.
- ^ „ГРОМАЦС флоw цхарт, ГРОМАЦС Мануал”. Приступљено 26. 02. 2022.
- ^ ФАQ-Опен Соурце Архивирано на сајту Wayback Machine (23. јун 2010), Фолдинг@Хоме
- ^ Маркофф, Јохн (29. 9. 2009). „Wантед: Хоме Цомпутерс то Јоин ин Ресеарцх он Артифициал Лифе”. Тхе Неw Yорк Тимес.