МАНЕТ база података
Молекуларна мрежа предака (енгл. Molecular Ancestry Network - MANET) биоинформатичка је база података која мапира еволуционарне релације протеинских архитектура директно на биолошке мреже. Овај ресурс су оригинално развили Хи Шин Ким, Џеј Е. Митентал и Густаво Каетано-Анолис са Департмана ратарских наука Универзитета у Илиноису у Урбана-Шампејну.[1]
МАНЕТ прати на пример порекло индивидуалних метаболичких ензима у метаболизму путем биоинформатичких, филогенетичких, и статистичких метода. МАНЕТ тренутно повезује информације у бази података структурне класификације протеина (СЦОП), бази података метаболичких путева Кјотске енциклопедије гена и генома (КЕГГ), и филогенетске реконструкције које описују еволуцију архитектура протеинских савијања на универзалном нивоу.[2] МАНЕТ дословно „одсликава” предачке односе ензима изведених из укорењених филогенетичких стабала директно на једну од стотина репрезентација метаболичких путева, одајући почаст једном од очева оф импресионизма. Систем исто тако пружа мноштво функционалности које омогућавају претраживање специфичних протеинских савијања са дефинисаним предачим вредностима, приказујући дистрибуцију ензима, и истражујући квантитативне детаље који описују индивидуална протеинска савијања. Тиме се омогућава студирање глобалних и локалних архитектура метаболчких мрежа, и екстракција еволуционих образаца на глобалном и локалном нивоу.
Статистичка анализа података у МАНЕТ бази података је указала на пример на неравномерну дистрибуцију предачких вредности додељених протеинским савијањима сваке подмреже, што је индикација да се еволуција метаболизма одвила глобално путем широко заступљеног регрутовања ензима.[1] МАНЕТ је недавно кориштен за изучавање процеса ензиматског регрутовања у метаболичким мрежама и изведен је закључак да је модерни метаболизам потекао из метаболичке подмреже пуринских нуклеотида.[3] Ова база података је корисна у изучавању метаболичке еволуције.
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ а б Ким ХС, Миттентхал ЈЕ, Цаетано-Аноллес Г (2006). „МАНЕТ:трацинг еволутион оф протеин арцхитецтуре ин метаболиц нетwоркс”. БМЦ Биоинформатицс. 7: 351. ПМЦ 1559654
. ПМИД 16854231. дои:10.1186/1471-2105-7-351.
- ^ Цаетано-Аноллес Г, Цаетано-Аноллес D (2003). „Ан еволутионарилy струцтуред универсе оф протеин арцхитецтуре”. Геноме Рес. 13 (7): 1563—71. ПМЦ 403752 . ПМИД 12840035. дои:10.1101/гр.1161903.
- ^ Цаетано-Аноллес Г, Ким ХС, Миттентхал ЈЕ (2007). „Тхе оригин оф модерн метаболиц нетwоркс инферред фром пхyлогеномиц аналyсис оф протеин арцхитецтуре”. Проц Натл Ацад Сци УСА. 104 (22): 9358—63. ПМЦ 1890499 . ПМИД 17517598. дои:10.1073/пнас.0701214104.
