Mimotop

S Vikipedije, slobodne enciklopedije

Mimotop je makromolekul, često peptid, koja oponaša strukturu epitopa. Zbog tih svojstava, izaziva odgovor antitela sličan onome koji izaziva epitop. Antitelo za dati antigen epitopa prepoznaće mimotop koji ga oponaša. Mimotopi se obično dobijaju iz biblioteka prikaza faga, kroz biopaniranje (biološko pranje), dobijenih putem tehnika za proizvodnju i skrining novih proteina i polipeptida umetanjem fragmenata gena u gen odgovornih za površinski protein bakteriofaga. Novi protein pojavljuje se u površinskom premazu faga u kojem se može manipulirati i testirati njegova biološka aktivnost.

Razvijaju se i vakcine koje koriste mimotope. Mimotopi su vrsta peptida aptamera. Kad je Mario Gejsen skovao pojam „mimotop”, 1986,[1] koristio se za opisivanje peptida koji oponašaju epitop. Međutim, ovaj koncept je proširen i na peptidne mimetike svih vrsta veznih mesta. Kao oponašanje mesta vezanja, mimotopska analiza naširoko se koristi u mapiranju epitopa,[2] identifikujući ciljane lekove i zaključujući interakcijsku mrežu proteina.[3][4] Nadalje, mimotop je pokazao i potencijal u razvoju nove dijagnostike,[5] terapeutike[6] i vakcina.[7] Osim toga, posebni afiniteti posredovani mimotopima, raznim poluvodičima i drugim materijalima pokazali su vrlo ohrabrujuće i obećavajuće mogućnosti primene u novim materijalima i novim energetskim studijama.[8] Stoga, prikupljanje podataka o mimotopima u posebnu bazu podataka zaslužuje pažnju. Godine 2010, objavljena je verzija 1.0 baze podataka MimoDB.[9] Imala je 10.716 peptida grupisanih u 1229 skupova. Ti peptidi su izvađeni iz rezultata biopaniranja slučajnih biblioteka peptida prikazanih faga. izveštenih u 571 radu. Baza podataka MimoDB nedavno je ažurirana na trenutnu verziju 2.0.[10]

Verzija 2.0 sadrži 15.633 peptida prikupljenih iz 849 radova i grupisanih u 1818 skupova. Osim osnovnih podataka o ogledima paniranja i njihovim ishodima, obuhvaćene su široke pozadinske informacije o cilju, predlošku, biblioteci i strukturi. Bioinformatičari su takođe obuhvaćeni uz evaluaciju priloženih referentnih vrednosti kako bi razvili i ocenili svoje nove modele, algoritme i programe. Osim toga, baza podataka pruža alate za jednostavno i napredno pretraživanje, vizuelizaciju strukture, BLAST i prikaz brzog poravnanja. Eksperimentalni biolozi lako mogu koristiti bazu podataka kao virtuelnu kontrolu kako bi izuzeli moguće ciljane peptide. MimoDB je dostupna besplatno.[11]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ Geysen, HM; Rodda, SJ; Mason, TJ (1986). „A priori delineation of a peptide which mimics a discontinuous antigenic determinant.”. Molecular Immunology. 23 (7): 709—15. PMID 2432410. doi:10.1016/0161-5890(86)90081-7. 
  2. ^ Smith, GP; Petrenko, VA (1. 4. 1997). „Phage Display.”. Chemical Reviews. 97 (2): 391—410. PMID 11848876. doi:10.1021/cr960065d. 
  3. ^ Tong, AH; Drees, B; Nardelli, G; Bader, GD; Brannetti, B; Castagnoli, L; Evangelista, M; Ferracuti, S; Nelson, B; Paoluzi, S; Quondam, M; Zucconi, A; Hogue, CW; Fields, S; Boone, C; Cesareni, G (11. 1. 2002). „A combined experimental and computational strategy to define protein interaction networks for peptide recognition modules.”. Science. 295 (5553): 321—4. PMID 11743162. doi:10.1126/science.1064987. 
  4. ^ Thom, G; Cockroft, AC; Buchanan, AG; Candotti, CJ; Cohen, ES; Lowne, D; Monk, P; Shorrock-Hart, CP; Jermutus, L; Minter, RR (16. 5. 2006). „Probing a protein-protein interaction by in vitro evolution.”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (20): 7619—24. Bibcode:2006PNAS..103.7619T. PMC 1458619 Slobodan pristup. PMID 16684878. doi:10.1073/pnas.0602341103. 
  5. ^ Hsiung, PL; Hardy, J; Friedland, S; Soetikno, R; Du, CB; Wu, AP; Sahbaie, P; Crawford, JM; Lowe, AW; Contag, CH; Wang, TD (2008). „Detection of colonic dysplasia in vivo using a targeted heptapeptide and confocal microendoscopy.”. Nature Medicine. 14 (4): 454—8. PMC 3324975 Slobodan pristup. PMID 18345013. doi:10.1038/nm1692. 
  6. ^ Macdougall, IC; Rossert, J; Casadevall, N; Stead, RB; Duliege, AM; Froissart, M; Eckardt, KU (5. 11. 2009). „A peptide-based erythropoietin-receptor agonist for pure red-cell aplasia.”. The New England Journal of Medicine. 361 (19): 1848—55. PMID 19890127. doi:10.1056/NEJMoa074037. 
  7. ^ Knittelfelder, R; Riemer, AB; Jensen-Jarolim, E (2009). „Mimotope vaccination--from allergy to cancer.”. Expert Opinion on Biological Therapy. 9 (4): 493—506. PMID 19344285. doi:10.1517/14712590902870386. 
  8. ^ Lee, YJ; Yi, H; Kim, WJ; Kang, K; Yun, DS; Strano, MS; Ceder, G; Belcher, AM (22. 5. 2009). „Fabricating genetically engineered high-power lithium-ion batteries using multiple virus genes.”. Science. 324 (5930): 1051—5. Bibcode:2009Sci...324.1051L. PMID 19342549. doi:10.1126/science.1171541. 
  9. ^ Ru, B; Huang, J; Dai, P; Li, S; Xia, Z; Ding, H; Lin, H; Guo, F; Wang, X (15. 11. 2010). „MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.”. Molecules (Basel, Switzerland). 15 (11): 8279—88. PMID 21079566. doi:10.3390/molecules15118279. 
  10. ^ Huang, J; Ru, B; Zhu, P; Nie, F; Yang, J; Wang, X; Dai, P; Lin, H; Guo, FB; Rao, N (3. 11. 2011). „MimoDB 2.0: a mimotope database and beyond.”. Nucleic Acids Research. 40 (1): D271—7. PMID 22053087. doi:10.1093/nar/gkr922. 
  11. ^ „The MimoDB database”. Arhivirano iz originala 16. 11. 2012. g. Pristupljeno 02. 01. 2020. 

Spoljašnje veze[uredi | uredi izvor]

Mimotop na Vikimedijinoj ostavi.
Preuzeto iz „https://sr.wikipedia.org/w/index.php?title=Мимотоп&oldid=27439752”