Током конфликта 1999. године, Реџепи је приступио ОВК и провео три месеца служећи као теренски доктор. На општим изборима новембра 2001. године, Реџепијева странка је добила 25,7 процената гласова и тиме постала друга странка на Косову, после Демократског савеза КосоваИбрахима Ругове, а Реџепију је Скупштина Републике Косово доделила место премијера 4. марта2002. године. На наредним изборима, одржаним 24. октобра2004. године, Демократска странка Косова је била друга и освојила 30 места у скупштини.