Izučavanje genomskih asocijacija

Из Википедије, слободне енциклопедије
Ilustracija Menhetn grafika koji prikazuje nekoliko snažno povezanih lokusa rizika. Svaka tačka predstavlja SNP, prim čemu X-osa pokazuje genomsku lokaciju a Y-osa nivo asocijacije. [1]

U genetičkoj epidemiologiji, izučavanje genomskih asocijacija (GWA studija, GWAS), je ispitivanje mnoštva zajedničkih genetičkih varijanti različitih osoba da bi se utvrdilo da li je neka od varijanti vezana za datu osobinu. GWAS je tipično usredsređena na asocijacije između jednonukleotidnih polimorfizama (SNP-ova) i bolesti.

Te studije normalno upoređuju DNK dve grupe participanata: ljudi sa bolešću i srodnih zdravnih ljudi (kontrole). Svaka osoba da uzorak DNK, iz koga se milioni genetičkih varijanti čitaju koristeći SNP čipove. Ako je jedan tip varijante (jedan alel) frekventniji kod ljudi sa bolešću, za SNP se kaže da je „asociran“ sa bolešću. Asocirani SNP-ovi obeležavaju region ljudskog genoma koji utiče na rizik pojave bolesti. U kontrastu sa metodima koji specifično testiraju jedan ili nekoliko genetičkih regiona, GWA studije istražuju celokupan genom, te ovaj pristup nije zavistan od prethodnih pretpostavki o relevantnim regionima. GWA studije identifikuju SNP-ove i druge varijante DNK koje su asocirane s bolešću, međutim one nisu dovoljne da specificiranje odgovornih gena.[2][3][4]

Prva GWA studija je bila objavljena 2005 i bavila se istraživanjem starosne degeneracije makule. Nađena su dva SNP-a koja su imala znatno promenjenu alelsku frekvenciju u poređenju sa kontrolama.[5] Od tog vremena hiljade osoba su testiranje, preko 1,200 ljudskih GWA studija je ispitalo preko 200 bolesti, i skoro 4,000 SNP asocijacija je nađeno.[6] Nekoliko GWA studije je bilo kritikovano zbog izostavljanja važnih koraka kontrole kvaliteta, iz kog razloga su postale neupotrebljive, međutim moderne publikacije obraćaju pažnju na taj problem.

Reference[уреди]

  1. ^ Ikram MK, Sim X, Xueling S, et al. (October 2010). McCarthy, Mark I. ed. „Four novel Loci (19q13, 6q24, 12q24, and 5q14) influence the microcirculation in vivo“. PLoS Genet. 6 (10): e1001184. DOI:10.1371/journal.pgen.1001184. PMC 2965750. PMID 21060863. 
  2. ^ Manolio TA; Guttmacher, Alan E.; Manolio, Teri A. (July 2010). „Genomewide association studies and assessment of the risk of disease“. N. Engl. J. Med. 363 (2): 166-76. DOI:10.1056/NEJMra0905980. PMID 20647212. 
  3. ^ Pearson TA, Manolio TA (March 2008). „How to interpret a genome-wide association study“. JAMA 299 (11): 1335-44. DOI:10.1001/jama.299.11.1335. PMID 18349094. 
  4. ^ „Genome-Wide Association Studies“. National Human Genome Research Institute. 
  5. ^ Klein RJ, Zeiss C, Chew EY, Tsai JY, Sackler RS, Haynes C, Henning AK, SanGiovanni JP, Mane SM, Mayne ST, Bracken MB, Ferris FL, Ott J, Barnstable C, Hoh J (April 2005). „Complement Factor H Polymorphism in Age-Related Macular Degeneration“. Science 308 (5720): 385-9. DOI:10.1126/science.1109557. PMC 1512523. PMID 15761122. 
  6. ^ Johnson AD, O'Donnell CJ (2009). „An Open Access Database of Genome-wide Association Results“. BMC Med. Genet. 10: 6. DOI:10.1186/1471-2350-10-6. PMC 2639349. PMID 19161620. 

Literatura[уреди]

  • Wang WY, Barratt BJ, Clayton DG, Todd JA (February 2005). „Genome-wide association studies: theoretical and practical concerns“. Nat. Rev. Genet. 6 (2): 109-18. DOI:10.1038/nrg1522. PMID 15716907. 
  • Hardy J, Singleton A (April 2009). „Genomewide association studies and human disease“. The New England Journal of Medicine 360 (17): 1759-68. DOI:10.1056/NEJMra0808700. PMID 19369657. 
  • Ku CS, Loy EY, Pawitan Y, Chia KS (April 2010). „The pursuit of genome-wide association studies: where are we now?“. J. Hum. Genet. 55 (4): 195-206. DOI:10.1038/jhg.2010.19. PMID 20300123. 

Spoljašnje veze[уреди]