Протеомика базирана на активности

Протеомика базирана на активности, или протеинско профилирање на бази активности (АБПП) је функционална протеомска технологија која користи хемијске пробе које реагују са механистички сродним класама ензима.^[1]

Опис[уреди | уреди извор]

Основна јединица АБПП је проба, која се типично састоји од два елемента: реактивне групе (РГ, која се понекад назива "бојева глава") и ознаке. Додатно, неке пробе могу да садрже везујућу групу која увећава селективност. Реактивна група обично садржи специјално дизајнирани електрофил који се ковалентно везује за нуклеофилни остатак у активном месту ензима. Ензим који је инхибиран или посттранслационо модификован не може да реагује са пробом базираном на активности. Ознака може да буде било репортер, као што је флуорофор, или афинитетна ознака, као што су биотин, алкин или азид за употребу са Хуисген 1,3-диполарном циклоадицијом (такође познатом као клик хемија).^[2]

Предности[уреди | уреди извор]

Главна предност примене АБПП је способност директног праћења доступности активном месту ензима, за разлику од метода који су ограничени протеинском или мРНА обилношћу. Са класама ензима као што су серинске протеазе^[3] и металопротеазе^[4] које обично формирају интеракције са ендогеним инхибиторима или који се јављају као неактивни зимогени, ова техника пружа знатну предност над техникама које се ослањају на обилност.

Технологија за мултидимензионалну идентификацију протеина[уреди | уреди извор]

АБПП у гелу користећи пробе са различитим флуорофорима у истој траци за симултано профилисање разлика у ензимским активностима

Задњих година АБПП је комбинована са тандемском масеном спектрометријом чиме се омогућава идентификација хиљада активних ензима из једног узорка. Ова техника, позната као АБПП-МудПИТ (технологија за мултидимензиону протеинску идентификацију) је посебно корисна за формирање профила селективности инхибитора, пошто се потентност инхибитора може симултано тестирати за хиљаде мета.

Први извештај о примени АБПП је објављен током 1990-тих у студији протеаза.^[5]^[6]

Види још[уреди | уреди извор]

Референце[уреди | уреди извор]

^ Бергер АБ, ет ал. Ацтивитy-басед протеин профилинг: апплицатионс то биомаркер дисцоверy, ин виво имагинг анд друг дисцоверy. Америцан Јоурнал оф Пхармацогеномицс 2004 Артицле
^ Спеерс АЕ, ет ал. Ацтивитy-Басед Протеин Профилинг ин Виво Усинг а Цоппер(I)-Цатаqлyзед Азиде-Алкyне [3+2] Цyцлоаддитион Јоурнал оф тхе Америцан Цхемицал Социетy 2003 Артицле Архивирано на сајту Wayback Machine (2. децембар 2008)
^ Лиу Y, ет ал. Ацтивитy-басед протеин профилинг: Тхе серине хyдроласес Процеедингс оф тхе Натионал Ацадемy оф Сциенцес 1999 Артицле
^ Сагхателиан А , ет ал. Ацтивитy-басед пробес фор тхе протеомиц профилинг оф металлопротеасес Процеедингс оф тхе Натионал Ацадемy оф Сциенцес 2004 Артицле
^ Кам, Цхих Мин; Абуелyаман, Ахмед С.; Ли, Зхаозхао; Худиг, Доротхy; Поwерс, Јамес C. (1993). „Биотинyлатед исоцоумаринс, неw инхибиторс анд реагентс фор детецтион, лоцализатион, анд исолатион оф серине протеасес”. Биоцоњугате Цхемистрy. 4 (6): 560—567. ПМИД 8305526. дои:10.1021/бц00024а021. ]
^ Абуелyаман, Ахмед С.; Худиг, Доротхy; Wоодард, Сусан L.; Поwерс, Јамес C. (1994). „Флуоресцент Деривативес оф Дипхенyл [1-(Н-Пептидyламино)алкyл]пхоспхонате Естерс: Сyнтхесис анд Усе ин тхе Инхибитион анд Целлулар Лоцализатион оф Серине Протеасес”. Биоцоњугате Цхемистрy. 5 (5): 400—405. ПМИД 7849068. дои:10.1021/бц00029а004.

[1] Бергер АБ, ет ал. Ацтивитy-басед протеин профилинг: апплицатионс то биомаркер дисцоверy, ин виво имагинг анд друг дисцоверy. Америцан Јоурнал оф Пхармацогеномицс 2004 Артицле

[2] Спеерс АЕ, ет ал. Ацтивитy-Басед Протеин Профилинг ин Виво Усинг а Цоппер(I)-Цатаqлyзед Азиде-Алкyне [3+2] Цyцлоаддитион Јоурнал оф тхе Америцан Цхемицал Социетy 2003 Артицле Архивирано на сајту Wayback Machine (2. децембар 2008)

[3] Лиу Y, ет ал. Ацтивитy-басед протеин профилинг: Тхе серине хyдроласес Процеедингс оф тхе Натионал Ацадемy оф Сциенцес 1999 Артицле

[4] Сагхателиан А , ет ал. Ацтивитy-басед пробес фор тхе протеомиц профилинг оф металлопротеасес Процеедингс оф тхе Натионал Ацадемy оф Сциенцес 2004 Артицле

[5] Кам, Цхих Мин; Абуелyаман, Ахмед С.; Ли, Зхаозхао; Худиг, Доротхy; Поwерс, Јамес C. (1993). „Биотинyлатед исоцоумаринс, неw инхибиторс анд реагентс фор детецтион, лоцализатион, анд исолатион оф серине протеасес”. Биоцоњугате Цхемистрy. 4 (6): 560—567. ПМИД 8305526. дои:10.1021/бц00024а021. ]

[6] Абуелyаман, Ахмед С.; Худиг, Доротхy; Wоодард, Сусан L.; Поwерс, Јамес C. (1994). „Флуоресцент Деривативес оф Дипхенyл [1-(Н-Пептидyламино)алкyл]пхоспхонате Естерс: Сyнтхесис анд Усе ин тхе Инхибитион анд Целлулар Лоцализатион оф Серине Протеасес”. Биоцоњугате Цхемистрy. 5 (5): 400—405. ПМИД 7849068. дои:10.1021/бц00029а004.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]