Пре уласка у политику, Фунес је радио као водитељ популарне телевизијске емисије. Био је новинар током грађанског рата и интервјуисао је левичарске побуњенике.
Фунес је постао председнички кандидат ФМЛН у септембру2007. године. Победио је освојивши апсолутну већину гласова на изборима 2009. године. Он је први лидер ФМЛН који није учествовао у грађанском рату. Противници га оптужују да је до победе дошао уз утицај и помоћ из Венецуеле, али је он одбацио те оптужбе тврдећи да је главни циљ спољне политике интеграција Средње Америке и јачање односа са Северном Америком. Обећао је такође и да амерички долар који је постао валута у Ел Салвадору неће бити мењан.