Хеминформатика

Хеминформатика (исто позната као хемоинформатика и хемијска информатика је употреба компјутера и информационих техника на проблеме у области хемије. Те ин силико технике се користе у фармацеутским компанијама у процесу откривања лекова. Ти методи исто тако налазе примену у развоју лекова (на пример у формулацији таблета), као и у многим другим хемијским и сродним индустријским областима.

Историја[уреди | уреди извор]

Термин Хемоинформатика је дефинисао Ф.К. Браун^[1]^[2] 1998. године.

Хемоинформатика је комбиновање информационих ресурса која претвара податке у информацију, и информацију у знање, са намером доношења бољих одлука брже у областима идентификације и оптимизације водећих једињења.

Од тога времена, оба правописна облика су била у употреби. Док је термин хеминформатика прилично устаљен,^[3] Европска Академија је изабрала 2006. године термин хемоинформатика.^[4] Скорашње успостављање хеминформатичког журнала (енгл. Journal of Cheminformatics) даје јак подстицај краћој варијанти термина.

Основе[уреди | уреди извор]

Хеминформатика комбинује научна поља хемије и рачунарства, на пример у областима хемијске теорије графова и претраживања хемијског простора.^[5]^[6] Претпоставља се да хемијски простор садржи најмање 10⁶⁰ молекула.

Примена[уреди | уреди извор]

Складиштење и проналажење[уреди | уреди извор]

Примарна област примене хеминформатике је складиштење и проналажење информације о једињењима. Ефикасна претрага такве ускладиштене информације се базира на теоретским фондацијама рачунарства, као што су истраживање података и машинско учење. Друге значајне области су:

Фајл формати[уреди | уреди извор]

Ин силико репрезентација хемијских структура користи специјализоване формате као што су XМЛ-базирани Језик хемијских ознака (енгл. Chemical Markup Language) и СМИЛЕС (енгл. Simplified molecular input line entry specification – спецификација за поједностављени молекулски линијски унос). Ове репрезентације се често користе у великим хемијским базама података. Док су неки формати подесни за визуелну репрезентацију у две и тре димензије, други су подеснији за студирање физичких интеракција, моделовање и молекуларно пристајање (енгл. molecular docking).

Виртуалне библиотеке[уреди | уреди извор]

Хемијски подаци се могу односити на реалне или виртуалне молекуле. Виртуалне библиотеке једињења се могу генерисати на различите начине да би се истражио хемијски простор и развиле хипотезе о новим једињењима са жељеним особинама.

Постоје виртуалне библиотеке многих класа једињења (лекова, природни производа, синтетичких продуката оријентисаних ка разноврсности). Те библиотеке се могу формирати користећи широк спектар метода. Један оф њих је фрагмент оптимизовани раст.^[7] Овај метод користи хеминформатска средства да тренира транзиционе вероватноће Марковог ланца за аутентичне класе једињења, и онда користи Марков ланац да формира нова једињења

Види још[уреди | уреди извор]

Литература[уреди | уреди извор]

^ Ф.К. Броwн (1998). „Цхаптер 35. Цхемоинформатицс: Wхат ис ит анд Хоw доес ит Импацт Друг Дисцоверy”. Аннуал Репортс ин Мед. Цхем. 33: 375. дои:10.1016/С0065-7743(08)61100-8.
^ Броwн, Франк (2005). „Едиториал Опинион: Цхемоинформатицс – а тен yеар упдате”. Цуррент Опинион ин Друг Дисцоверy & Девелопмент. 8 (3): 296—302.
^ „Цхеминформатицс ор Цхемоинформатицс ?”. Архивирано из оригинала 21. 06. 2017. г. Приступљено 08. 03. 2010.
^ „Обернаи Децларатион” (ПДФ). Архивирано из оригинала (ПДФ) 03. 03. 2016. г. Приступљено 08. 03. 2010.
^ Гастеигер Ј.(Едитор), Енгел Т.(Едитор): Цхемоинформатицс : А Теxтбоок. Јохн Wилеy & Сонс, 2004, ISBN 3-527-30681-1
^ А.Р. Леацх, V.Ј. Гиллет: Ан Интродуцтион то Цхемоинформатицс. Спрингер, 2003, ISBN 1-4020-1347-7
^ Кутцхукиан, Петер; Лоу, Давид; Схакхновицх, Еугене (2009). „ФОГ: Фрагмент Оптимизед Гроwтх Алгоритхм фор тхе де Ново Генератион оф Молецулес оццупyинг Друглике Цхемицал”. Јоурнал оф Цхемицал Информатион анд Моделинг. 49: 1630—1642.

Спољашње везе[уреди | уреди извор]

[Brown_1998-1] Ф.К. Броwн (1998). „Цхаптер 35. Цхемоинформатицс: Wхат ис ит анд Хоw доес ит Импацт Друг Дисцоверy”. Аннуал Репортс ин Мед. Цхем. 33: 375. дои:10.1016/С0065-7743(08)61100-8.

[2] Броwн, Франк (2005). „Едиториал Опинион: Цхемоинформатицс – а тен yеар упдате”. Цуррент Опинион ин Друг Дисцоверy & Девелопмент. 8 (3): 296—302.

[3] „Цхеминформатицс ор Цхемоинформатицс ?”. Архивирано из оригинала 21. 06. 2017. г. Приступљено 08. 03. 2010.

[Obernai-4] „Обернаи Децларатион” (ПДФ). Архивирано из оригинала (ПДФ) 03. 03. 2016. г. Приступљено 08. 03. 2010.

[Gasteiger_2004-5] Гастеигер Ј.(Едитор), Енгел Т.(Едитор): Цхемоинформатицс : А Теxтбоок. Јохн Wилеy & Сонс, 2004, ISBN 3-527-30681-1

[6] А.Р. Леацх, V.Ј. Гиллет: Ан Интродуцтион то Цхемоинформатицс. Спрингер, 2003, ISBN 1-4020-1347-7

[7] Кутцхукиан, Петер; Лоу, Давид; Схакхновицх, Еугене (2009). „ФОГ: Фрагмент Оптимизед Гроwтх Алгоритхм фор тхе де Ново Генератион оф Молецулес оццупyинг Друглике Цхемицал”. Јоурнал оф Цхемицал Информатион анд Моделинг. 49: 1630—1642.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]