WД40 понављање
| WД домен, Г-бета понављање | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Тракасти дијаграм C-терминалног WД40 домена протеина Туп1 (транскрипционог корепресора код квасца), који поприма облик бета-пропелера са седам лопатица. Трака је обојена од плавог Н-терминуса до црвеног C-терминуса.[1] | |||||||||
| Идентификатори | |||||||||
| Симбол | WД40 | ||||||||
| Пфам | ПФ00400 | ||||||||
| Пфам клан | ЦЛ0186 | ||||||||
| ИнтерПро | ИПР001680 | ||||||||
| ПРОСИТЕ | ПДОЦ00574 | ||||||||
| СЦОП | 1гп2 | ||||||||
| СУПЕРФАМИЛY | 1гп2 | ||||||||
| ЦДД | цд00200 | ||||||||
| |||||||||
WД40 понављање (WД, бета-трансдуцинско понављање) је кратак структурни мотив од приближно 40 аминокиселина, који се често завршава са дипептидом триптофан-аспартинска киселина (W-D).[2] Неколико понављања овог типа се комбинује да формира WД домен.
Структура[уреди | уреди извор]
Протеини који садрже WД мотив имају од 4 до 16 понављајућих јединица, које формирају кружну бета-пропелерску структуру.[3][4]
Функција[уреди | уреди извор]
Протеини са WД понављањем су велика фамилија, која је присутна код свих еукариота. Они су имплицирани у разноврсне функције у опсегу од преноса сигнала и транскрипционе регулације до контроле ћелијског циклуса, аутофагије и апоптозе. Заједничка функција свих ових протеина је координација мултипротеинских комплекса, при чему понављајуће јединице служе као крута основа за протеинске интеракције. Специфичност протеина је одређена секвенцама изван самих понављања. Примери оваквих комплекса су Г протеини (бета подјединица је бета-пропелер), ТАФИИ транскрипциони фактор, и Е3 убиквитинска лигаза.[3][4]
Примери[уреди | уреди извор]
Људски гени који корирају протеине са овим доменом су:
- AAAS, AAMP, AHI1, AMBRA1, APAF1, ARPC1A, ARPC1B, ATG16L1,
- BOP1, BRWD1, BRWD2, BRWD3, BTRC, BUB3,
- C6orf11, CDC20, CDC40, CDRT1, CHAF1B, CIAO1, CIRH1A, COPA, COPB2, CORO1A, CORO1B, CORO1C, CORO2A, CORO2B, CORO6, CORO7, CSTF1,
- DDB2, DENND3, DMWD, DMXL1, DMXL2, DNAI1, DNAI2, DNCI1, DTL, DYNC1I1, DYNC1I2, EDC4,
- EED, EIF3S2, ELP2, EML1, EML2, EML3, EML4, EML4-ALK, EML5, ERCC8,
- FBXW10, FBXW11, FBXW2, FBXW4, FBXW5, FBXW7, FBXW8, FBXW9, FZR1,
- GBL, GEMIN5, GNB1, GNB1L, GNB2, GNB2L1, GNB3, GNB4, GNB5, GRWD1, GTF3C2,
- HERC1, HIRA, HZGJ,
- IFT122, IFT140, IFT172, IFT80, IQWD1,
- KATNB1, KIAA1336, KIF21A, KIF21B, KM-PA-2,
- LLGL1, LLGL2, LRBA, LRRK1, LRRK2, LRWD1, LYST,
- MAPKBP1, MED16, MORG1,
- NBEA, NBEAL1, NEDD1, NLE1, NSMAF, NUP37, NUP43, NWD1,
- PAAF1, PAFAH1B1, PAK1IP1, PEX7, PHIP, PIK3R4, PLAA, PLRG1, PPP2R2B, PPP2R2C, PPWD1, PREB, PRPF19, PRPF4, PWP1, PWP2,
- RAE1, RAPTOR, RBBP4, RBBP5, RBBP7, RFWD2, RFWD3, RRP9,
- SCAP, SEC13, SEC31A, SEC31B, SEH1L, SHKBP1, SMU1, SPAG16, SPG, STRAP, STRN, STRN3, STRN4, STXBP5, STXBP5L,
- TAF5, TAF5L, TBL1X, TBL1XR1, TBL1Y, TBL2, TBL3, TEP1, THOC3, THOC6, TLE1, TLE2, TLE3, TLE4, TLE6, TRAF7, TSSC1, TULP4, TUWD12,
- UTP15, UTP18,
- WAIT1, WDF3, WDFY1, WDFY2, WDFY3, WDFY4, WDHD1, WDR1, WDR10, WDR12, WDR13, WDR16, WDR17, WDR18, WDR19, WDR20, WDR21A, WDR21C, WDR22, WDR23, WDR24, WDR25, WDR26, WDR27, WDR3, WDR31, WDR32, WDR33, WDR34, WDR35, WDR36, WDR37, WDR38, WDR4, WDR40A, WDR40B, WDR40C, WDR41, WDR42A, WDR42B, WDR43, WDR44, WDR46, WDR47, WDR48, WDR49, WDR5, WDR51A, WDR51B, WDR52, WDR53, WDR54, WDR55, WDR57, WDR59, WDR5B, WDR6, WDR60, WDR61, WDR62, WDR63, WDR64, WDR65, WDR66, WDR67, WDR68, WDR69, WDR7, WDR70, WDR72, WDR73, WDR74, WDR75, WDR76, WDR77, WDR78, WDR79, WDR8, WDR81, WDR82, WDR85, WDR86, WDR88, WDR89, WDR90, WDR91, WDR92, WDSOF1, WDSUB1, WDTC1, WSB1, WSB2,
- ZFP106
Референце[уреди | уреди извор]
- ^ PDB: 1ерј; Спрагуе ЕР, Редд МЈ, Јохнсон АД, Wолбергер C (2000). „Струцтуре оф тхе C-терминал домаин оф Туп1, а цорепрессор оф трансцриптион ин yеаст”. ЕМБО Ј. 19 (12): 3016—27. ПМЦ 203344
. ПМИД 10856245. дои:10.1093/ембој/19.12.3016.
- ^ Неер ЕЈ, Сцхмидт ЦЈ, Намбудрипад Р, Смитх ТФ (1994). „Тхе анциент регулаторy-протеин фамилy оф WД-репеат протеинс”. Натуре. 371 (6495): 297—300. ПМИД 8090199. дои:10.1038/371297а0.
- ^ а б Смитх ТФ, Гаитатзес C, Саxена К, Неер ЕЈ (1999). „Тхе WД репеат: а цоммон арцхитецтуре фор диверсе фунцтионс”. Трендс Биоцхем. Сци. 24 (5): 181—5. ПМИД 10322433. дои:10.1016/С0968-0004(99)01384-5.
- ^ а б Ли D, Робертс Р (2001). „WД-репеат протеинс: струцтуре цхарацтеристицс, биологицал фунцтион, анд тхеир инволвемент ин хуман дисеасес”. Целл. Мол. Лифе Сци. 58 (14): 2085—97. ПМИД 11814058. дои:10.1007/ПЛ00000838.
Спољашње везе[уреди | уреди извор]
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_APCC_Dbox_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_APCC_KENbox_2
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_COP1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_EH1_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_GLEBS_BUB3_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_RAPTOR_TOS_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_SCF_FBW7_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_SCF_FBW7_2
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_SCF-TrCP1_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_WRPW_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class LIG_WRPW_2
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class TRG_Golgi_diPhe_1
- Eukaryotic Linear Motif resource motif class TRG_PTS2