PDZ domen

Из Википедије, слободне енциклопедије
PDZ domain 2DC2.png
Molekulska struktura PDZ domena uključujući ljudski GOPC (Goldži-vezani PDZ protein koji sadrži motiv upredene zavojnice)
Identifikatori
Simbol PDZ
Pfam PF00595
InterPro IPR001478
SMART PDZ
PROSITE PDOC50106
SCOP 1lcy
Superfamilija 1lcy

PDZ domen je zajednički strukturni domen sa 80-90 aminokiselina koji je nađen kod signalnih proteina bakterija, kvasca, biljki, virusa[1] i životinja.[2] PDZ je akronim formiran kombinovanjem prvih slova imena tri proteina — PSD95 (engl. post synaptic density protein), DlgA (engl. Drosophila disc large tumor suppressor), i zo-1 (engl. zonula occludens-1 protein) — za koje su prvo otkriveno da imaju zajednički domen. PDZ domeni su se ranije nazivali DHR (Dlg homolognim regionom)[3] ili GLGF (glicin-leucin-glicin-fenilalanin) domenima. Ti domeni pomažu vezivanje transmembranskih proteina za citoskelet i drže na okupu signalne komplekse[4].

PDZ domeni imaju sposobnost vezivanja za kratki region C-terminusa drugih specifičnih proteina. Ti kratki regioni se vezuju za PDZ domen putem augmentacije beta ravni. Beta ravan PDZ domena se uvećava dodatkom dodatnog beta lanaca iz vezanog proteina.[5]

Proteini koji sadrže ovaj domen[уреди]

PDZ domeni su nađeni kod više hiljada poznatih proteina[6] Ti proteini su široko rasprostranjeni kod eukariota i eubakterija,[7] dok ima veoma malo primera tih proteina kod Archaebacteria. PDZ domeni su često sa drugim proteinskim domenima i te kombinacije im omogućavaju da izvršavaju njihove specifične funkcije. Na primer za PDZ domene u PSD-95 proteinima je utvrđeno da su vezani sa SH3 domenom i guanilat kinaznim domenom.

Literatura[уреди]

  1. ^ Boxus M, Twizere JC, Legros S, Dewulf JF, Kettmann R, Willems L (2008). „The HTLV-1 Tax interactome“. Retrovirology 5: 76. DOI:10.1186/1742-4690-5-76. PMC 2533353. PMID 18702816. 
  2. ^ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants“. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651. 
  3. ^ Ponting CP, Phillips C (March 1995). „DHR domains in syntrophins, neuronal NO synthases and other intracellular proteins“. Trends Biochem. Sci. 20 (3): 102–3. DOI:10.1016/S0968-0004(00)88973-2. PMID 7535955. 
  4. ^ Ranganathan R, Ross E (1997). „PDZ domain proteins: scaffolds for signaling complexes.“. Curr Biol 7 (12): R770–3. DOI:10.1016/S0960-9822(06)00401-5. PMID 9382826. 
  5. ^ Cowburn D (December 1997). „Peptide recognition by PTB and PDZ domains“. Curr. Opin. Struct. Biol. 7 (6): 835–8. DOI:10.1016/S0959-440X(97)80155-8. PMID 9434904. 
  6. ^ Lee HJ, Zheng JJ (2010). „PDZ domains and their binding partners: structure, specificity, and modification“. Cell Commun. Signal 8: 8. DOI:10.1186/1478-811X-8-8. PMC 2891790. PMID 20509869. 
  7. ^ Ponting CP (February 1997). „Evidence for PDZ domains in bacteria, yeast, and plants“. Protein Sci. 6 (2): 464–8. DOI:10.1002/pro.5560060225. PMC 2143646. PMID 9041651. 

Dodatna literatura[уреди]

  • Ponting CP, Phillips C, Davies KE, Blake DJ (June 1997). „PDZ domains: targeting signalling molecules to sub-membranous sites“. Bioessays 19 (6): 469–79. DOI:10.1002/bies.950190606. PMID 9204764. 
  • Doyle DA, Lee A, Lewis J, Kim E, Sheng M, MacKinnon R (June 1996). „Crystal structures of a complexed and peptide-free membrane protein-binding domain: molecular basis of peptide recognition by PDZ“. Cell 85 (7): 1067–76. DOI:10.1016/S0092-8674(00)81307-0. PMID 8674113. 

Spoljašnje veze[уреди]