Клуб је основан 20. маја1970. године при фабрици конфекције Жељезничар, а играчице су биле раднице те фабрике. Неколико година касније клуб приступа Спортском друштву железничара „Јован Микић Спартак“ и мења име у ЖФК „Спартак“, које и данас носи.[1]
Клуб је 1974/75 био победник првог незваничног првенства СФР Југославије за жене. Тада је наступао под именом ЖФК Жељезничар. Наредних 40 година клуб нема такмичарске успехе. Од 2010. године управљање клубом преузима Зоран Арсић и у сезони 2010/11. ЖФК Спартак осваја своју прву титулу шампиона Србије, а исте сезоне стиже и до финала Купа Србије.
У сезони 2011/12. Спартак је отишао корак више, и по први пут је освојио "дуплу круну", првенство и национални Куп и први пут учествује у УЕФА Лиги шампиона за жене. Већ наредне сезоне (2012/13) Спартак по први пут успева да се квалификује у елиминациону фазу Лиге шампиона (топ 32), након што је на квалификационом турниру одржаном у Суботици заузео друго место. У првом наступу у 1/16 финала противнице су биле из ФК Гетеборг, шампионке Шведске. Спартак је поражен у оба меча, 1:0 на домаћем терену и 3:0 у гостима.
Након освајања 10. шампионске титуле (2019. године) ЖФК Спартак на грб додаје звездицу.
Зоран Арсић
Глазгов Сити
Клаксвик
Моста
НСА Софија
БИИК Казигурт
Пјарну
Гетеборг
Маталург Лијепаја
Гинтра Университетас
Олимпија Клуж
Росијанка
Aмазонес Драмас
Голиадор
Осијек
Бенфика
Волфсбург
Бреидаблик
Кардиф
Кирјат Гат
Брезница
Авалднеш
Базел
Слован Братислава
Ференцварош
Атлетико Мадрид