Најбољи лигашки пласман у историји клуба је четврто место у сезони 2011/12. Прве лиге. Малага је 2002. освојила Интертото куп, а такође има и две титуле Друге лиге Шпаније. Домаће утакмице игра на стадиону Ла Росаледа, са капацитетом од 30.044 седећих места.
ФК Малага формиран је 3. априла1904. као Málaga Football Club, а у својој историји је прошао кроз више фузија и промена назива, F.C. Malagueño, Real Málaga F.C., Málaga Sport Club, Club Deportivo Malacitano, Club Deportivo Málaga и Club Atlético Malagueño.
Године 2002. освојивши Интертото куп квалификовали су се за следећу сезону Купа УЕФА и у сезони 2002/03. стигли до четвртфинала, где су у двомечу поражени од Боавиште. Четири године касније, Малага је у сезони 2005/06. испала у Другу лигу. У Другој лиги се задржала само две сезоне и од сезоне 2008/09. је поново прволигаш.
Нови власник клуба 25. јуна2010. је постао катарски бизнисмен Абдулах Бен Насер Ал Тани, који је 27. јула исте године постављен и званично на место председника. Уследило је јачање свих структура клуба, као и долазак више квалитетних играча. Прелазну сезону клуб је завршио на једанаестом месту, али резултати улагања су се видели већ у сезони 2011/12. када је Малага остварила најбољи резултат у лигашким такмичењима у својој историји, завршивши сезону у Првој лиги Шпаније на високом четвртом месту, а тиме је такође по први обезбеђено и учешће у Лиги шампиона за наредну сезону. Сезона 2012/13. је почела одлично јер је Малага у плеј-офу за Лигу шампиона савладала Панатинаикос и тако по први пут обезбедила учешће у групној фази Лиге шампиона. Жребом је распоређена у групу заједно са Миланом, Зенитом и Андерлехтом, а Малага је затим освојила прво место у тој групи и пласирала се у осмину финала.
Абдулах Бен Насер Ал Тани
Хуан Муњиз
