Пређи на садржај

ДНК лигаза

С Википедије, слободне енциклопедије
ДНК лигаза (АТП)
ДНК лигаза поправља оштећење хромозома.
Идентификатори
ЕЦ број6.5.1.1
ЦАС број9015-85-4
Базе података
ИнтЕнзИнтЕнз преглед
БРЕНДАБРЕНДА приступ
ЕxПАСyНицеЗyме преглед
КЕГГКЕГГ приступ
МетаЦyцметаболички пут
ПРИАМпрофил
Структуре ПБПРЦСБ ПДБ ПДБе ПДБј ПДБсум
Онтологија генаАмиГО / ЕГО
Лигаза I, ДНК, АТП-зависна
Идентификатори
СимболЛИГ1
Ентрез3978
ХУГО6598
ОМИМ126391
РефСеqНМ_000234
УниПротП18858
Остали подаци
ЛокусХромозом 19 [1]
Лигаза III, ДНК, АТП-зависна
Идентификатори
СимболЛИГ3
Ентрез3980
ХУГО6600
ОМИМ600940
РефСеqНМ_002311
УниПротП49916
Остали подаци
ЛокусХромозом 17 q11.2-q12
Лигаза IV, ДНК, АТП-зависна
Идентификатори
СимболЛИГ4
Ентрез3981
ХУГО6601
ОМИМ601837
РефСеqНМ_002312
УниПротП49917
Остали подаци
ЛокусХромозом 13 q33-q34

ДНК лигаза је тип ензима, (ЕЦ 6.5.1.1), који у ћелији поправља дисконтинуитете у ДНК молекулима.[1][2]

ДНК лигазе имају примену у поправци и репликацији ДНК. Пречишћене ДНК лигазе се користе у клонирању гена за спајање ДНК молекула. ДНК лигазе се екстензивно користе у молекуларно биолошким лабораторијама у генетичко рекомбинационим експериментима (погледајте Примена у молекуларно биолошким истраживањима).

Механизам лигаза

[уреди | уреди извор]

Механизам дејства ДНК лигаза је формирање две ковалентне фосфодиестарске везе између 3' хидроксил краја једног нуклеотида са 5' фосфат крајом другог. АТП је неопходан за реакцију лигације. Графичка илустрација начина рада лигазе (са лепљивим крајевима):

Лигаза такође може да ради са тупим крајевима, мада су повишене концентрације ензима и другачији реакциони услови неопходни.

Лигазе код сисара

[уреди | уреди извор]

Код сисара, постоје четири типа лигаза.

У неким формама ДНК лигазе које су присутне у бактеријама је потребан НАД кофактор, док је за неке друге форме ДНК лигаза (обично присутне у Е. цоли) неопходна АТП реакција. Такође, више других структура је присутно у ДНА лигазама као што су АМП и лизин, обе од којих су важне у процесу лигације.

Примена у молекуларно биолошким истраживањима

[уреди | уреди извор]

ДНК лигазе су постале незамењив алат у модерним молекуларно-биолошким истраживањима за генерисање рекомбинантних ДНК секвенци. На пример, ДНК лигазе се користе са рестрикционим ензимима за уметање ДНК фрагмената, често гена, у плазмиде.

Један виталан, и често проблематичан, аспект извођења успешних рекомбинационих експеримената везан за лигацију фрагмената је контрола оптималне температуре. Већина експеримената користи Т4 ДНК лигазу (изоловану из бактериофага Т4), која је најактивнија на 25 °C. Међутим, да би се извела успешна лигација са кохезивно-завршеним фрагментима ("лепљивим крајевима"), оптимална ензимска температура треба да буде балансирана са температуром топљења Тм ДНК фрагмената који се спајају.[3] Ако температура амбијента превиси Тм, не долази до хомологног упаривање лепљивих крајева зато што висока температура нарушава водонично везивање.[3] Што су ДНК фрагменти краћи, то је нижи Тм ниво.

Пошто тупо-завршени ДНК фрагменти немају кохезивне крајеве, и контрола оптималне температуре постаје мање важна. Најефикаснија температура лигације је температура на којој Т4 ДНК лигаза оптимално функционише (Т4 ДНА лигаза је једина комерцијално доступна ДНК лигаза која спаја тупе крајеве).[3] Из ових разлога, већина тупо-завршених лигација се изводи на 20-25 °C.

Уобичајене куповно доступне ДНК лигазе су оригинално откривене у бактериофаги Т4, Е. цоли и другим бактеријама.

Историја

[уреди | уреди извор]

Прва ДНК лигаза је била пречишћена и карактерисана 1967. године.[4]

Референце

[уреди | уреди извор]
  1. ^ Бруце Албертс; Алеxандер Јохнсон; Јулиан Леwис; Мартин Рафф; Кеитх Робертс; Петер Wалтер (2002). Молецулар Биологy оф тхе Целл. Неw Yорк: Гарлард Сциенце. ISBN 0815332181. 
  2. ^ „Ессентиал Биоцхемистрy - ДНА Реплицатион”. 
  3. ^ а б в Табор, Станлеy (2001). „ДНА лигасес”. Цуррент Протоцолс ин Молецулар Биологy, Боок 1. Wилеy Интерсциенце. 
  4. ^ „Ензyматиц бреакаге анд јоининг оф деоxyрибонуцлеиц ацид, I. Репаир оф сингле-странд бреакс ин ДНА бy ан ензyме сyстем фром Есцхерицхиа цоли инфецтед wитх Т4 бацтериопхаге” (пдф). ПНАС (на језику: енглески). 57: 1021—1028. 1967. ПМИД 5340583. Приступљено 26. 06. 2010. 

Литература

[уреди | уреди извор]
  • Табор, Станлеy (2001). „ДНА лигасес”. Цуррент Протоцолс ин Молецулар Биологy, Боок 1. Wилеy Интерсциенце. 

Спољашње везе

[уреди | уреди извор]