Najbolji ligaški plasman u istoriji kluba je četvrto mesto u sezoni 2011/12. Prve lige. Malaga je 2002. osvojila Intertoto kup, a takođe ima i dve titule Druge lige Španije. Domaće utakmice igra na stadionu La Rosaleda, sa kapacitetom od 30.044 sedećih mesta.
FK Malaga formiran je 3. aprila1904. kao Málaga Football Club, a u svojoj istoriji je prošao kroz više fuzija i promena naziva, F.C. Malagueño, Real Málaga F.C., Málaga Sport Club, Club Deportivo Malacitano, Club Deportivo Málaga i Club Atlético Malagueño.
Godine 2002. osvojivši Intertoto kup kvalifikovali su se za sledeću sezonu Kupa UEFA i u sezoni 2002/03. stigli do četvrtfinala, gde su u dvomeču poraženi od Boavište. Četiri godine kasnije, Malaga je u sezoni 2005/06. ispala u Drugu ligu. U Drugoj ligi se zadržala samo dve sezone i od sezone 2008/09. je ponovo prvoligaš.
Novi vlasnik kluba 25. juna2010. je postao katarski biznismen Abdulah Ben Naser Al Tani, koji je 27. jula iste godine postavljen i zvanično na mesto predsednika. Usledilo je jačanje svih struktura kluba, kao i dolazak više kvalitetnih igrača. Prelaznu sezonu klub je završio na jedanaestom mestu, ali rezultati ulaganja su se videli već u sezoni 2011/12. kada je Malaga ostvarila najbolji rezultat u ligaškim takmičenjima u svojoj istoriji, završivši sezonu u Prvoj ligi Španije na visokom četvrtom mestu, a time je takođe po prvi obezbeđeno i učešće u Ligi šampiona za narednu sezonu. Sezona 2012/13. je počela odlično jer je Malaga u plej-ofu za Ligu šampiona savladala Panatinaikos i tako po prvi put obezbedila učešće u grupnoj fazi Lige šampiona. Žrebom je raspoređena u grupu zajedno sa Milanom, Zenitom i Anderlehtom, a Malaga je zatim osvojila prvo mesto u toj grupi i plasirala se u osminu finala.
Abdulah Ben Naser Al Tani
Huan Munjiz
