Heliks-zavoj-heliks

Из Википедије, слободне енциклопедије
λ represor bakteriofaga lambda koristi heliks-zavoj-heliks (levo; zeleno) da se veže za DNK (desno; plavo i crveno).

U proteinima, heliks-zavoj-heliks (HTH) je glavni strukturni motiv sa sposobnošću vezivanja za DNK. On se sastoji od dva α heliksa spojena kratkim lancom aminokiselina. Prisutan je u mnogim proteinima koji regulišu ekspresiju gena. On se razlikuje od domena heliks-petlja-heliks.[1]

Otkriće[уреди]

Otkriće heliks-zavoj-heliks motiva je bilo bazirano na sličnostima između nekoliko gena koji koriraju transkripcione regulatorne proteine iz bakteriofaga lambda i Escherichia coli: Cro, CAP, i λ represor, za koje je najđeno da imaju zajedničku 20-25 aminokiselina dugu sekvencu koja omogućava DNK prepoznavanje.[2][3][4][5]

Reference[уреди]

  1. Brennan RG, Matthews BW (1989). „The helix-turn-helix DNA binding motif.”. J Biol Chem. 264 (4): 1903—6. PMID 2644244. 
  2. Matthews BW, Ohlendorf DH, Anderson WF, Takeda Y (1982). „Structure of the DNA-binding region of lac repressor inferred from its homology with cro repressor.”. Proc Natl Acad Sci U S A. 79 (5): 1428—32. PMC 345986Слободан приступ. PMID 6951187. 
  3. Anderson WF, Ohlendorf DH, Takeda Y, Matthews BW (1981). „Structure of the cro repressor from bacteriophage lambda and its interaction with DNA.”. Nature. 290 (5809): 754—8. PMID 6452580. 
  4. McKay DB, Steitz TA (1981). „Structure of catabolite gene activator protein at 2.9 A resolution suggests binding to left-handed B-DNA.”. Nature. 290 (5809): 744—9. PMID 6261152. 
  5. Pabo CO, Lewis M (1982). „The operator-binding domain of lambda repressor: structure and DNA recognition.”. Nature. 298 (5873): 443—7. PMID 7088190. 

Literatura[уреди]

Vidi još[уреди]

Spoljašnje veze[уреди]

Heliks-zavoj-heliks domeni
Bakterijski regulatorni heliks-zavoj-heliks protein, lysR familija
Identifikatori
Simbol HTH_1
Pfam PF00126
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000847
PROSITE PDOC00043
SCOP 1al3
Superfamilija 1al3
HTH DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_10
Pfam PF04967
Pfam klan CL0123
InterPro IPR007050
Ribonukleazni R heliksni domen
Identifikatori
Simbol HTH_12
Pfam PF08461
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013668
HTH DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_13
Pfam PF11972
Pfam klan CL0123
InterPro IPR021068
Heliks-zavoj-heliks
Identifikatori
Simbol HTH_3
Pfam PF01381
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001387
SCOP 1r69
Superfamilija 1r69
Bakterijski regulatorni protein, arsR familija
Identifikatori
Simbol HTH_5
Pfam PF01022
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001845
PROSITE PDOC00661
SCOP 1smt
Superfamilija 1smt
Heliks-zavoj-heliks domen, rpiR familija
Identifikatori
Simbol HTH_6
Pfam PF01418
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000281
Heliks-zavoj-heliks domen rezolvaze
Identifikatori
Simbol HTH_7
Pfam PF02796
Pfam klan CL0123
InterPro IPR006120
PROSITE PDOC00334
SCOP 1hcr
Superfamilija 1hcr
Bakterijski regulatorni protein, Fis familija
Identifikatori
Simbol HTH_8
Pfam PF02954
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002197
SCOP 1f36
Superfamilija 1f36
RNA polimeraza III podjedinica RPC82 heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_9
Pfam PF08221
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013197
Bakterijski regulatorni heliks-zavoj-heliks proteini, AraC familija
Identifikatori
Simbol HTH_AraC
Pfam PF00165
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000005
PROSITE PDOC00040
SCOP 1bl0
Superfamilija 1bl0
CodY heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_CodY
Pfam PF08222
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013198
DeoR sličan heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_DeoR
Pfam PF08220
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001034
PROSITE PDOC00696
SCOP 1lk5
Superfamilija 1lk5
IclR heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_IclR
Pfam PF09339
Pfam klan CL0123
InterPro IPR005471
M protein trans delujući pozitivni regulator (MGA) HTH domen
Identifikatori
Simbol HTH_Mga
Pfam PF08280
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013199
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_OrfB_IS605
Pfam PF12323
Pfam klan CL0123
InterPro IPR021027
Heliks-zavoj-heliks Psq domen
Identifikatori
Simbol HTH_psq
Pfam PF05225
Pfam klan CL0123
InterPro IPR007889
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_1
Pfam PF01527
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002514
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS630
Pfam PF01710
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002622
Mi DNK vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Mu_1
Pfam PF02316
Pfam klan CL0123
InterPro IPR003314
SCOP 1qpm
Superfamilija 1qpm
Mi DNK Vezujući, I gama poddomen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Mu_2
Pfam PF09039
Pfam klan CL0123
InterPro IPR015126
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc3_2
Pfam PF01498
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002492
SCOP 1tc3
Superfamilija 1tc3
Tc5 transposaza DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc5
Pfam PF03221
Pfam klan CL0123
InterPro IPR004906
Regulator sporulacije, WhiA C terminusni domen
Identifikatori
Simbol HTH_WhiA
Pfam PF02650
Pfam klan CL0123
InterPro IPR003802
Heliks-zavoj-heliks domen alkil merkuri liaze
Identifikatori
Simbol HTH_15
Pfam PF12324
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_16
Pfam PF12645
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_17
Pfam PF12728
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_18
Pfam PF12833
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_19
Pfam PF12844
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_20
Pfam PF12840
Pfam klan CL0123
InsA C-terminusni domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS1
Pfam PF12759
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen transposaze IS66
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS66
Pfam PF13005
Pfam klan CL0123
HTH domen
Identifikatori
Simbol HTH_11
Pfam PF08279
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013196
Tc3 transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc3_1
Pfam PF11427
Pfam klan CL0123