Heliks-zavoj-heliks

Из Википедије, слободне енциклопедије
Иди на навигацију Иди на претрагу
λ represor bakteriofaga lambda koristi heliks-zavoj-heliks (levo; zeleno) da se veže za DNK (desno; plavo i crveno).

U proteinima, heliks-zavoj-heliks (HTH) je glavni strukturni motiv sa sposobnošću vezivanja za DNK. On se sastoji od dva α heliksa spojena kratkim lancom aminokiselina. Prisutan je u mnogim proteinima koji regulišu ekspresiju gena. On se razlikuje od domena heliks-petlja-heliks.[1]

Otkriće[уреди]

Otkriće heliks-zavoj-heliks motiva je bilo bazirano na sličnostima između nekoliko gena koji koriraju transkripcione regulatorne proteine iz bakteriofaga lambda i Escherichia coli: Cro, CAP, i λ represor, za koje je najđeno da imaju zajedničku 20-25 aminokiselina dugu sekvencu koja omogućava DNK prepoznavanje.[2][3][4][5]

Reference[уреди]

  1. ^ Brennan RG, Matthews BW (1989). „The helix-turn-helix DNA binding motif.”. J Biol Chem. 264 (4): 1903—6. PMID 2644244. 
  2. ^ Matthews BW, Ohlendorf DH, Anderson WF, Takeda Y (1982). „Structure of the DNA-binding region of lac repressor inferred from its homology with cro repressor.”. Proc Natl Acad Sci U S A. 79 (5): 1428—32. PMC 345986Слободан приступ. PMID 6951187. 
  3. ^ Anderson WF, Ohlendorf DH, Takeda Y, Matthews BW (1981). „Structure of the cro repressor from bacteriophage lambda and its interaction with DNA.”. Nature. 290 (5809): 754—8. PMID 6452580. 
  4. ^ McKay DB, Steitz TA (1981). „Structure of catabolite gene activator protein at 2.9 A resolution suggests binding to left-handed B-DNA.”. Nature. 290 (5809): 744—9. PMID 6261152. 
  5. ^ Pabo CO, Lewis M (1982). „The operator-binding domain of lambda repressor: structure and DNA recognition.”. Nature. 298 (5873): 443—7. PMID 7088190. 

Literatura[уреди]

Vidi još[уреди]

Spoljašnje veze[уреди]

Heliks-zavoj-heliks domeni
Bakterijski regulatorni heliks-zavoj-heliks protein, lysR familija
Identifikatori
Simbol HTH_1
Pfam PF00126
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000847
PROSITE PDOC00043
SCOP 1al3
SUPERFAMILY 1al3
HTH DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_10
Pfam PF04967
Pfam klan CL0123
InterPro IPR007050
Ribonukleazni R heliksni domen
Identifikatori
Simbol HTH_12
Pfam PF08461
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013668
HTH DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_13
Pfam PF11972
Pfam klan CL0123
InterPro IPR021068
Heliks-zavoj-heliks
Identifikatori
Simbol HTH_3
Pfam PF01381
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001387
SCOP 1r69
SUPERFAMILY 1r69
Bakterijski regulatorni protein, arsR familija
Identifikatori
Simbol HTH_5
Pfam PF01022
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001845
PROSITE PDOC00661
SCOP 1smt
SUPERFAMILY 1smt
Heliks-zavoj-heliks domen, rpiR familija
Identifikatori
Simbol HTH_6
Pfam PF01418
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000281
Heliks-zavoj-heliks domen rezolvaze
Identifikatori
Simbol HTH_7
Pfam PF02796
Pfam klan CL0123
InterPro IPR006120
PROSITE PDOC00334
SCOP 1hcr
SUPERFAMILY 1hcr
Bakterijski regulatorni protein, Fis familija
Identifikatori
Simbol HTH_8
Pfam PF02954
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002197
SCOP 1f36
SUPERFAMILY 1f36
RNA polimeraza III podjedinica RPC82 heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_9
Pfam PF08221
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013197
Bakterijski regulatorni heliks-zavoj-heliks proteini, AraC familija
Identifikatori
Simbol HTH_AraC
Pfam PF00165
Pfam klan CL0123
InterPro IPR000005
PROSITE PDOC00040
SCOP 1bl0
SUPERFAMILY 1bl0
CodY heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_CodY
Pfam PF08222
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013198
DeoR sličan heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_DeoR
Pfam PF08220
Pfam klan CL0123
InterPro IPR001034
PROSITE PDOC00696
SCOP 1lk5
SUPERFAMILY 1lk5
IclR heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_IclR
Pfam PF09339
Pfam klan CL0123
InterPro IPR005471
M protein trans delujući pozitivni regulator (MGA) HTH domen
Identifikatori
Simbol HTH_Mga
Pfam PF08280
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013199
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_OrfB_IS605
Pfam PF12323
Pfam klan CL0123
InterPro IPR021027
Heliks-zavoj-heliks Psq domen
Identifikatori
Simbol HTH_psq
Pfam PF05225
Pfam klan CL0123
InterPro IPR007889
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_1
Pfam PF01527
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002514
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS630
Pfam PF01710
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002622
Mi DNK vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Mu_1
Pfam PF02316
Pfam klan CL0123
InterPro IPR003314
SCOP 1qpm
SUPERFAMILY 1qpm
Mi DNK Vezujući, I gama poddomen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Mu_2
Pfam PF09039
Pfam klan CL0123
InterPro IPR015126
Transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc3_2
Pfam PF01498
Pfam klan CL0123
InterPro IPR002492
SCOP 1tc3
SUPERFAMILY 1tc3
Tc5 transposaza DNA vezujući domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc5
Pfam PF03221
Pfam klan CL0123
InterPro IPR004906
Regulator sporulacije, WhiA C terminusni domen
Identifikatori
Simbol HTH_WhiA
Pfam PF02650
Pfam klan CL0123
InterPro IPR003802
Heliks-zavoj-heliks domen alkil merkuri liaze
Identifikatori
Simbol HTH_15
Pfam PF12324
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_16
Pfam PF12645
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_17
Pfam PF12728
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_18
Pfam PF12833
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_19
Pfam PF12844
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen
Identifikatori
Simbol HTH_20
Pfam PF12840
Pfam klan CL0123
InsA C-terminusni domen
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS1
Pfam PF12759
Pfam klan CL0123
Heliks-zavoj-heliks domen transposaze IS66
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_IS66
Pfam PF13005
Pfam klan CL0123
HTH domen
Identifikatori
Simbol HTH_11
Pfam PF08279
Pfam klan CL0123
InterPro IPR013196
Tc3 transposaza
Identifikatori
Simbol HTH_Tnp_Tc3_1
Pfam PF11427
Pfam klan CL0123