Proteazom

Из Википедије, слободне енциклопедије
Иди на навигацију Иди на претрагу
Proteazom. Aktivna mesta su unutar cevi (plavo). Kape (crveno; u ovom slučaju, 11S regulatorni molekuli) na krajevima regulišu ulaz u komoru za destrukciju, u kojoj dolazi do razgradnje proteina
Pogled na od gore na proteazom

Proteazomi su proteinski kompleksi prisutni kod svih eukariota i archaea, i kod nekih bakterija. Kod eukariota, oni se nalaze u jedru i citoplazmi.[1] Glavna funkcija proteazoma je razgradnja nepotrebnih ili oštećenih proteina putem proteolize, hemijske reakcije kojom se razlažu peptidne veze. Enzimi koji izvode ovu reakcije se zovu proteaze. Proteazomi su deo velikog mehanizma kojim ćelije regulišu koncentraciju pojedinih proteina i razgrađuju nepravilno savijene proteine. Proces degradacije proizvodi peptide sa oko sedam do osam aminokiselina, koji se zatim dalje razrađuju u aminokiseline i koriste u sintezi novih proteina.[2] Proteini se obeležavaju za degradaciju malim proteinom zvanim ubikvitin. Reakcija obeležavanja je katalizovana enzimima ubikvitinskim ligazama. Vezivanje jednog ubikvitina na protein je signal drugim ligazama da vežu dodatne molekule ubikvitina. Rezultat je poliubikvitinski lanac za koji se vezuje proteazom, čime se omogućava degradacija ciljnog proteina.[2]

Po strukturi, proteazom je cilindrični kompleks koji sadrži „jezgro” od četiri naslagana prstena koji čine središnju poru. Svaki prsten sačinjen je od sedam pojedinačnih proteina. Unutrašnja dva prstena napravljena su od sedam β podjedinica koje sadrže tri do sedam aktivnih mesta proteaze. Ta mesta nalaze se na unutrašnjoj površini prstenova, tako da ciljni protein mora da uđe u centralnu pora pre nego što se razgradi. Svaka dva spoljna prstena sadrže sedam α podjedinica čija je funkcija održavanje „kapije” kroz koju proteini ulaze u barel. Ove α podjedinice su kontrolisane vezivanjem za „zaklapajuće” strukture ili regulatorne čestice koje prepoznaju poliubikvitinske oznake vezane za proteinske supstrate i pokreću proces razgradnje. Celokupni sistem ubikvitacije i proteazomske razgradnje poznat je pod nazivom ubikvitin-proteazomski sistem.[3]

Put proteazomske razgradnje je važan za mnoge ćelijske procese, uključujući ćelijski ciklus, regulaciju ekspresije gena i response na oksidativni stres. Važnost proteolitičke razgradnje unutar ćelija i uloge ubikvitina u proteolitičkim putevima bila je naglašena dodeljivanjem Nobelove nagrade za hemiju 2004. godine Aronu Čihanoveru, Avramu Heršku i Irvinu Rouzu.[4]

Otkriće[уреди]

Pre otkrića ubikvitinskog proteazomnog sistema, smatralo se da se razgradnja proteina u ćelijama uglavnom oslanja na lizozome, organele vezane za membranu sa kiselim i proteaznim unutrašnjostima, koje mogu da razgrade i potom recikliraju egzogene proteine i stare ili oštećene organele.[2] Međutim, rad Džozefa Etlingera i Alfreda Goldberga iz 1977. godine na ATP-zavisnoj razgradnji proteina u retikulocitima, kojima nedostaju lizozomi, sugerisao je prisustvo drugog mehanizma unutarćelijske degradacije.[5] Za taj proteinski sistem je pokazano 1978. godine da je sačinjen od nekoliko različitih lanca proteina, što je bila novina među proteazama u to vreme.[6] Kasniji rad na modifikaciji histona doveo je do identifikacije neočekivane kovalentne modifikacije proteina histona vezom između lizinskog bočnog lanca histona i C-terminusnog glicinskog ostatka ubikvitina, proteina koji nije imao poznatu funkciju.[7] Zatim je otkriveno da je prethodno identifikovani protein povezan sa proteolitičkom razgradnjom, poznat kao faktor proteolize 1 zavisan od ATP-a (APF-1), isti protein kao i ubikvitin.[8] Proteolitičke aktivnosti ovog sistema izolovane su kao multiproteinski kompleks koji su Šervin Vilk i Marion Orlovski nazvali multikatalitičkim proteinaznim kompleksom.[9] Kasnije je otkriven ATP-zavisni proteolitički kompleks koji je odgovoran za razgradnju proteina zavisnih od ubikvitina i nazvan je 26S proteazom.[10][11]

Veliki deo ranog rada koji je doveo do otkrića ubikvitin proteazomnog sistema odvio se krajem 1970-ih i početkom 1980-ih u Tehnionu u laboratoriji Avrama Herška, gde je Aron Čihanover radio kao postdiplomski student. Herškovo jednogodišnje gostovanje u laboratoriji Irvina Rouza u Foks Čejsovom centru za kancer pružilo je ključne konceptualne spoznaje, mada je Rouz kasnije umanjivao svoju ulogu u otkriću.[12] Njih troje su podelili Nobelovu nagradu za hemiju 2004. godine za njihov rad na otkrivanju ovog sistema.[4]

Elektronsko mikroskopski podaci koji su otkrili prstenastu strukturu naslaganih prstenova proteazoma postali su dostupni sredinom 1980-ih,[13] dok je prva struktura jezgrenog dela proteazoma rešena pomoću rendgenske kristalografije 1994. godine.[14]

Struktura i organizacija[уреди]

Shematski dijagram dela jezgra proteazoma 20S gledan sa strane. α podjedinice koje čine spoljna dva prstena prikazane su zelenom bojom, a β podjedinice koje čine unutrašnja dva prstena prikazane su plavom bojom.

Proteazomske podkomponente često se nazivaju po njihovim Svedbergovim koeficijentima sedimentacije (označenim sa S). Proteazom koji se isključivo koristi kod sisara je citosolni 26S proteasom, koji ima molekulsku masu od oko 2000 kilodaltona (kDa) i sadrži jednu 20S proteinsku podjedinicu i dve 19S regulatorne podjedinice. Jezgro je šuplje i pruža zatvorenu šupljinu u kojoj se proteini razgrađuju; otvori na dva kraja jezgra omogućavaju ulazak ciljnog proteina. Svaki kraj jezgra je udružen sa 19S regulatornom podjedinicom koja sadrži više aktivnih mesta ATPaze i mesta vezanja ubikvitina. Ta struktura prepoznaje poliubikvitinirane proteine i prenosi ih u katalitičko jezgro.[15] Jedan alternativni oblik regulatorne podjedinice, koji se naziva 11S deo, može se povezati s jezgrom na isti način kao i 19S deo. Deo 11S može da igra ulogu u razgradnji stranih peptida, kao što su oni koji nastaju nakon infekcije virusa.[16]

20S deo jezgra[уреди]

Broj i raznolikost podjedinica sadržanih u 20S jezgrenim delovima zavisi od organizma; broj različitih i specijalizovanih podjedinica je veći u višećelijskim nego u jednoćelijskim organizmima, i veći je kod eukariota nego kod prokariota. Svi 20S delovi se sastoje od četiri složene heptamerne prstenaste strukture koje su same sastavljene od dve različite vrste podjedinica; α podjedinice su strukturne prirode, dok su β podjedinice pretežno katalitičke. α podjedinice su pseudoenzimi koji su homologni β podjedinicama. One su skolopljene sa svojim N-terminusima u blizini onih sa β podjedinica.[17] Spoljašnja dva prstena u snopu se sastoje od sedam α podjedinica koje služe kao domeni za pozicioniranje regulatornih delova, a alfa podjedinični N-terminusi (Pfam PF10584) formiraju kapije koja blokiraju neregulisani pristup supstrata unutrašnjosti šupljine.[18] Unutarnja dva prstena sastoje se od sedam β podjedinica svaki i u njihovim N-terminusima su sadržana aktivna mesta proteaze koja izvode reakcije proteolize.[19] U pročišćenom kompleksu su identifikovane tri različite katalitičke aktivnosti: hidroliza slična himotripsinu, tripsinu i peptidilglutamil-peptidu.[20] Veličina proteazoma je relativno konzervina i iznosi oko 150 angstrema (Å) sa 115 Å. Unutrašnja komora je široka najviše 53 Å, dok ulaz može biti uzak sa samo 13 Å, što ukazuje na to da se proteini supstrata moraju barem delimično razvući da bi se ušli.[21]

U arhejama kao što je Thermoplasma acidophilum, sve α i sve β podjedinice su identične, dok eukariotski proteazomi poput onih u kvascu sadrže sedam različitih vrsta svake podjedinice. Kod sisara su podjedinice β1, β2 i β5 katalitičke; iako imaju zajednički mehanizam, one imaju tri različite supstratne specifičnosti koje se smatraju sličnim himotripsinu i tripsinu, kao i peptidil-glutamil peptidnoj hidrolizi (PHGH).[22] Alternativni β oblici, koji su označeni sa β1i, β2i i β5i, mogu biti izraženi u hematopoetskim ćelijama kao odgovor na izloženost proinflamatornim signalima, kao što su citokini, naročito interferonu gama. Proteazom sastavljen sa ovim alternativnim podjedinicama poznat je pod nazivom imunoproteazom, i njegova je specifičnost supstrata izmenjena u odnosu na normalan proteazom.[21] Nedavno je identifikovan alternativni proteazom u ljudskim ćelijama kojima nedostaje α3 podjedinica jezgra.[23] Ovi proteazomi (poznati kao α4-α4 proteazomi) umesto toga formiraju 20S delove jezgra koje sadrže dodatnu α4 podjedinicu umesto nedostajuće α3 podjedinice. Za ove alternativne 'a4-a4' proteazome je ranije bilo poznato da postoje u kvascu.[24] Iako je precizna funkcija ovih proteazomskih izoformi još uvek u velikoj meri nepoznata, ćelije koje izražavaju te proteazome pokazuju pojačanu otpornost na toksičnost indukovanu metalnim jonima, poput kadmijuma.[23][25]

19S regulatorni deo[уреди]

Deo 19S se kod eukariota sastoji se od 19 pojedinačnih proteina i deli se na dva podsklopa, bazu sa 9 podjedinica koja se veže direktno na α prsten jezgrenog dela 20S i poklopac sa 10 podjedinica. Šest od devet proteina baze su ATPazne podjedinice iz porodice AAA, a evolucijski homolog ovih ATPaza postoji kod arheja, koji se naziva PAN (nukleotidaza koja aktivira proteazom).[26] Asocijacija 19S i 20S delova zahteva vezanje ATP-a na podjedinice ATPaze 19S, i neophodna je hidroliza ATP da bi sastavljeni kompleks razgradio sklopljene i ubikvitinisane proteine. Jedino korak rasklapanja supstrata zahteva energiju ATP hidrolize, dok samo vezanje ATP-a može da podržava sve ostale korake potrebne za razgradnju proteina (npr. sklapanje kompleksa, otvaranje kapija, translokacija i proteoliza).[27][28] Zapravo, vezanje ATP-a na ATPaze samo po sebi podržava brzu razgradnju nesklopljenih proteina. Međutim, iako je potrebna hidroliza ATP-a samo za rasklapanje, još nije jasno da li se ta energija možda koristiti u sprezanju nekih od ovih koraka.[28][29]

Prikaz 26S proteazoma.[30]

Godine 2012, dva nezavisna napora rasvetlila su molekularnu arhitekturu 26S proteazoma elektronskim mikroskopijom sa jednom česticom.[31][32] Tokom 2016. godine, tri nezavisna napora utvrdila su prvu strukturu u skoro atomskoj rezoluciji ljudskog 26S proteazoma u odsustvu supstrata primenom krio-EM.[33][34][35] U 2018. godini, nakon velikih napora su utvrđeni detaljni mehanizmi deubikvitacije, inicijacije translokacije i procesivnog rasklapanja supstrata, simultanim određivanjem sedam atomskih struktura 26S proteazoma tokom delovanja na supstrat.[15] U srcu 19S-a, neposredno pored 20S-a, nalaze se AAA-ATPaze (AAA proteini) koji se formiraju u heteroheksamerni prsten reda Rpt1/Rpt2/Rpt6/Rpt3/Rpt4/Rpt5. Ovaj prsten je trimer dimera: Rpt1/Rpt2, Rpt6/Rpt3 i Rpt4/Rpt5 se dimerizuju preko njihovih namotanih zavojnica N-terminusa. Ove namotane zavojnice strše iz heksamernog prstena. Najveće regulatorne čestice, ne-ATPaze Rpn1 i Rpn2, vezuju se za vrhove Rpt1/2 i Rpt6/3, respektivno. Ubikvitinski receptor Rpn13 se vezuje za Rpn2 i dovršava bazni potkompleks. Poklopac pokriva polovinu AAA-ATPaze heksamera (Rpt6/Rpt3/Rpt4) i neočekivano direktno je u kontaktu sa 20S preko Rpn6 i u manjem obimu sa Rpn5. Podjedinice Rpn9, Rpn5, Rpn6, Rpn7, Rpn3 i Rpn12, koje su strukturno povezane između sebe i podjedinicama COP9 kompleksa i eIF3 (stoga se nazivaju PCI podjedinice) sastavljaju se u konstrukciju sličnu potkovici koja obuhvata Rpn8/Rpn11 heterodimer. Rpn11, deubikinirajući enzim, smešta se na ulazu AAA-ATPaznog heksamera, idealno je postavljen za uklanjanje ubikvitinskih delova neposredno pre translokacije supstrata u 20S. Drugi ubikvitinski receptor identifikovan do danas, Rpn10, smešten je na obodu poklopca, u blizini podjedinica Rpn8 i Rpn9.

Konformacione promene 19S dela[уреди]

The 19S regulatory particle within the 26S proteasome holoenzyme has been observed in six strongly differing conformational states in the absence of substrates to date.[36][37] A hallmark of the AAA-ATPase configuration in this predominant low-energy state is a staircase- or lockwasher-like arrangement of the AAA-domains.[30][31] In the presence of ATP but absence of substrate three alternative, less abundant conformations of the 19S are adopted primarily differing in the positioning of the lid with respect to the AAA-ATPase module.[33][37] In the presence of ATP-γS or a substrate, considerably more conformations have been observed displaying dramatic structural changes of the AAA-ATPase module.[15][36][38][39]. Some of the substrate-bound conformations bear high similarity to the substrate-free ones, but they are not entirely identical, particularly in the AAA-ATPase module.[15][36] Prior to the 26S assembly, the 19S regulatory particle in a free form has also been observed in seven conformational states.[40] Notably, all these conformers are somewhat different and present distinct features. Thus, the 19S regulatory particle can sample at least 20 conformational states under different physiological conditions.

Three distinct conformational states of the 26S proteasome.[37] The conformations are hypothesized to be responsible for recruitment of the substrate, its irreversible commitment, and finally processing and translocation into the core particle, where degradation occurs.

Regulacija 20S pomoću 19S dela[уреди]

The 19S regulatory particle is responsible for stimulating the 20S to degrade proteins. A primary function of the 19S regulatory ATPases is to open the gate in the 20S that blocks the entry of substrates into the degradation chamber.[41] The mechanism by which the proteasomal ATPase open this gate has been recently elucidated.[18] 20S gate opening, and thus substrate degradation, requires the C-termini of the proteasomal ATPases, which contains a specific motif (i.e., HbYX motif). The ATPases C-termini bind into pockets in the top of the 20S, and tether the ATPase complex to the 20S proteolytic complex, thus joining the substrate unfolding equipment with the 20S degradation machinery. Binding of these C-termini into these 20S pockets by themselves stimulates opening of the gate in the 20S in much the same way that a "key-in-a-lock" opens a door.[18] The precise mechanism by which this "key-in-a-lock" mechanism functions has been structurally elucidated in the context of human 26S proteasome at near-atomic resolution, suggesting that the insertion of five C-termini of ATPase subunits Rpt1/2/3/5/6 into the 20S surface pockets are required to fully open the 20S gate.[36][15][33]

Drugi regulatorni delovi[уреди]

20S proteazomi can also associate with a second type of regulatory particle, the 11S regulatory particle, a heptameric structure that does not contain any ATPases and can promote the degradation of short peptides but not of complete proteins. It is presumed that this is because the complex cannot unfold larger substrates. This structure is also known as PA28, REG, or PA26.[17] The mechanisms by which it binds to the core particle through the C-terminal tails of its subunits and induces α-ring conformational changes to open the 20S gate suggest a similar mechanism for the 19S particle.[42] The expression of the 11S particle is induced by interferon gamma and is responsible, in conjunction with the immunoproteasome β subunits, for the generation of peptides that bind to the major histocompatibility complex.[16]

Yet another type of non-ATPase regulatory particle is the Blm10 (yeast) or PA200/PSME4 (human). It opens only one α subunit in the 20S gate and itself folds into a dome with a very small pore over it.[17]

Konstrukcija[уреди]

Vidi još[уреди]

Reference[уреди]

  1. ^ Peters, Jan-Michael; Franke, Werner W.; Kleinschmidt, Jiirgen A. (1994). „Distinct 19 S and 20 S subcomplexes of the 26 S proteasome and their distribution in the nucleus and the cytoplasm”. The Journal of Biological Chemistry. 269 (10): 7709—18. PMID 8125997. 
  2. 2,0 2,1 2,2 Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP, Zipursky SL, Darnell J (2004). „3”. Molecular cell biology (5th изд.). New York: W.H. Freeman and CO. стр. 66—72. ISBN 0-7167-4366-3. 
  3. ^ Nassif, Nicholas D.; Cambray, Samantha E.; Kraut, Daniel A. (мај 2014). „Slipping up: Partial substrate degradation by ATP-dependent proteases”. IUBMB Life. 66 (5): 309—317. PMID 24823973. doi:10.1002/iub.1271. 
  4. 4,0 4,1 Nobel Prize Committee (2004). „Nobel Prize Awardees in Chemistry, 2004”. Приступљено 11. 12. 2006. 
  5. ^ Etlinger JD, Goldberg AL (јануар 1977). „A soluble ATP-dependent proteolytic system responsible for the degradation of abnormal proteins in reticulocytes”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (1): 54—8. PMC 393195Слободан приступ. PMID 264694. doi:10.1073/pnas.74.1.54. 
  6. ^ Ciehanover A, Hod Y, Hershko A (април 1978). „A heat-stable polypeptide component of an ATP-dependent proteolytic system from reticulocytes”. Biochemical and Biophysical Research Communications. 81 (4): 1100—5. PMID 666810. doi:10.1016/0006-291X(78)91249-4. 
  7. ^ Goldknopf IL, Busch H (март 1977). „Isopeptide linkage between nonhistone and histone 2A polypeptides of chromosomal conjugate-protein A24”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (3): 864—8. PMC 430507Слободан приступ. PMID 265581. doi:10.1073/pnas.74.3.864. 
  8. ^ Ciechanover A (септембар 2005). „Early work on the ubiquitin proteasome system, an interview with Aaron Ciechanover. Interview by CDD”. Cell Death and Differentiation. 12 (9): 1167—77. PMID 16094393. doi:10.1038/sj.cdd.4401691. 
  9. ^ Wilk S, Orlowski M (новембар 1980). „Cation-sensitive neutral endopeptidase: isolation and specificity of the bovine pituitary enzyme”. Journal of Neurochemistry. 35 (5): 1172—82. PMID 6778972. doi:10.1111/j.1471-4159.1980.tb07873.x. 
  10. ^ Arrigo AP, Tanaka, K, Goldberg F, Welch WJ (1988). „Identity of 19S prosome particle with the large multifunctional protease complex of mammalian cells.”. Nature. 331 (6152): 192—94. PMID 3277060. doi:10.1038/331192a0. Tanaka K, Waxman L, Goldberg AL (јун 1983). „ATP serves two distinct roles in protein degradation in reticulocytes, one requiring and one independent of ubiquitin”. The Journal of Cell Biology. 96 (6): 1580—5. PMC 2112434Слободан приступ. PMID 6304111. doi:10.1083/jcb.96.6.1580. 
  11. ^ Hough R, Pratt G, Rechsteiner M (јун 1987). „Purification of two high molecular weight proteases from rabbit reticulocyte lysate”. The Journal of Biological Chemistry. 262 (17): 8303—13. PMID 3298229. 
  12. ^ Hershko A (септембар 2005). „Early work on the ubiquitin proteasome system, an interview with Avram Hershko. Interview by CDD”. Cell Death and Differentiation. 12 (9): 1158—61. PMID 16094391. doi:10.1038/sj.cdd.4401709. 
  13. ^ Kopp F, Steiner R, Dahlmann B, Kuehn L, Reinauer H (август 1986). „Size and shape of the multicatalytic proteinase from rat skeletal muscle”. Biochimica et Biophysica Acta. 872 (3): 253—60. PMID 3524688. doi:10.1016/0167-4838(86)90278-5. 
  14. ^ Löwe J, Stock D, Jap B, Zwickl P, Baumeister W, Huber R (април 1995). „Crystal structure of the 20S proteasome from the archaeon T. acidophilum at 3.4 A resolution”. Science. 268 (5210): 533—9. PMID 7725097. doi:10.1126/science.7725097. 
  15. 15,0 15,1 15,2 15,3 15,4 Dong Y, Zhang S, Wu Z, Li X, Wang WL, Zhu Y, Stoilova-McPhie S, Lu Y, Finley D, Mao Y (новембар 2018). „Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome”. Nature. 565 (7737): 49—55. doi:10.1038/s41586-018-0736-4. 
  16. 16,0 16,1 Wang J, Maldonado MA (август 2006). „The ubiquitin-proteasome system and its role in inflammatory and autoimmune diseases”. Cellular & Molecular Immunology. 3 (4): 255—61. PMID 16978533. 
  17. 17,0 17,1 17,2 Stadtmueller, BM; Hill, CP (7. 1. 2011). „Proteasome activators.”. Molecular Cell. 41 (1): 8—19. PMC 3040445Слободан приступ. PMID 21211719. doi:10.1016/j.molcel.2010.12.020. 
  18. 18,0 18,1 18,2 Smith DM, Chang SC, Park S, Finley D, Cheng Y, Goldberg AL (септембар 2007). „Docking of the proteasomal ATPases' carboxyl termini in the 20S proteasome's alpha ring opens the gate for substrate entry”. Molecular Cell. 27 (5): 731—44. PMC 2083707Слободан приступ. PMID 17803938. doi:10.1016/j.molcel.2007.06.033. 
  19. ^ „MEROPS Family T1”. EMBL-EBI. Приступљено 16. 2. 2019. 
  20. ^ Wilk S, Orlowski M (март 1983). „Evidence that pituitary cation-sensitive neutral endopeptidase is a multicatalytic protease complex”. Journal of Neurochemistry. 40 (3): 842—9. PMID 6338156. doi:10.1111/j.1471-4159.1983.tb08056.x. 
  21. 21,0 21,1 Nandi D, Tahiliani P, Kumar A, Chandu D (март 2006). „The ubiquitin-proteasome system” (PDF). Journal of Biosciences. 31 (1): 137—55. PMID 16595883. doi:10.1007/BF02705243. 
  22. ^ Heinemeyer W, Fischer M, Krimmer T, Stachon U, Wolf DH (октобар 1997). „The active sites of the eukaryotic 20 S proteasome and their involvement in subunit precursor processing”. The Journal of Biological Chemistry. 272 (40): 25200—9. PMID 9312134. doi:10.1074/jbc.272.40.25200. 
  23. 23,0 23,1 Padmanabhan A, Vuong SA, Hochstrasser M (март 2016). „Assembly of an Evolutionarily Conserved Alternative Proteasome Isoform in Human Cells”. Cell Reports. 14 (12): 2962—74. PMC 4828729Слободан приступ. PMID 26997268. doi:10.1016/j.celrep.2016.02.068. 
  24. ^ Velichutina I, Connerly PL, Arendt CS, Li X, Hochstrasser M (фебруар 2004). „Plasticity in eucaryotic 20S proteasome ring assembly revealed by a subunit deletion in yeast”. The EMBO Journal. 23 (3): 500—10. PMC 1271798Слободан приступ. PMID 14739934. doi:10.1038/sj.emboj.7600059. 
  25. ^ Kusmierczyk AR, Kunjappu MJ, Funakoshi M, Hochstrasser M (март 2008). „A multimeric assembly factor controls the formation of alternative 20S proteasomes”. Nature Structural & Molecular Biology. 15 (3): 237—44. PMID 18278055. doi:10.1038/nsmb.1389. 
  26. ^ Zwickl P, Ng D, Woo KM, Klenk HP, Goldberg AL (септембар 1999). „An archaebacterial ATPase, homologous to ATPases in the eukaryotic 26 S proteasome, activates protein breakdown by 20 S proteasomes”. The Journal of Biological Chemistry. 274 (37): 26008—14. PMID 10473546. doi:10.1074/jbc.274.37.26008. 
  27. ^ Smith DM, Kafri G, Cheng Y, Ng D, Walz T, Goldberg AL (децембар 2005). „ATP binding to PAN or the 26S ATPases causes association with the 20S proteasome, gate opening, and translocation of unfolded proteins”. Molecular Cell. 20 (5): 687—98. PMID 16337593. doi:10.1016/j.molcel.2005.10.019. 
  28. 28,0 28,1 Liu CW, Li X, Thompson D, Wooding K, Chang TL, Tang Z, Yu H, Thomas PJ, DeMartino GN (октобар 2006). „ATP binding and ATP hydrolysis play distinct roles in the function of 26S proteasome”. Molecular Cell. 24 (1): 39—50. PMC 3951175Слободан приступ. PMID 17018291. doi:10.1016/j.molcel.2006.08.025. 
  29. ^ Lam YA, Lawson TG, Velayutham M, Zweier JL, Pickart CM (април 2002). „A proteasomal ATPase subunit recognizes the polyubiquitin degradation signal”. Nature. 416 (6882): 763—7. PMID 11961560. doi:10.1038/416763a. 
  30. 30,0 30,1 Beck F, Unverdorben P, Bohn S, Schweitzer A, Pfeifer G, Sakata E, Nickell S, Plitzko JM, Villa E, Baumeister W, Förster F (септембар 2012). „Near-atomic resolution structural model of the yeast 26S proteasome”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (37): 14870—5. PMC 3443124Слободан приступ. PMID 22927375. doi:10.1073/pnas.1213333109. 
  31. 31,0 31,1 Lander GC, Estrin E, Matyskiela ME, Bashore C, Nogales E, Martin A (фебруар 2012). „Complete subunit architecture of the proteasome regulatory particle”. Nature. 482 (7384): 186—91. PMC 3285539Слободан приступ. PMID 22237024. doi:10.1038/nature10774. 
  32. ^ Lasker K, Förster F, Bohn S, Walzthoeni T, Villa E, Unverdorben P, Beck F, Aebersold R, Sali A, Baumeister W (јануар 2012). „Molecular architecture of the 26S proteasome holocomplex determined by an integrative approach”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (5): 1380—7. PMC 3277140Слободан приступ. PMID 22307589. doi:10.1073/pnas.1120559109. 
  33. 33,0 33,1 33,2 Chen S, Wu J, Lu Y, Ma YB, Lee BH, Yu Z, Ouyang Q, Finley DJ, Kirschner MW, Mao Y (новембар 2016). „Structural basis for dynamic regulation of the human 26S proteasome”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (46): 12991—12996. PMC 5135334Слободан приступ. PMID 27791164. doi:10.1073/pnas.1614614113. 
  34. ^ Huang X, Luan B, Wu J, Shi Y (септембар 2016). „An atomic structure of the human 26S proteasome”. Nature Structural & Molecular Biology. 23 (9): 778—785. PMID 27428775. doi:10.1038/nsmb.3273. 
  35. ^ Schweitzer A, Aufderheide A, Rudack T, Beck F, Pfeifer G, Plitzko JM, Sakata E, Schulten K, Förster F, Baumeister W (јул 2016). „Structure of the human 26S proteasome at a resolution of 3.9 Å”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113 (28): 7816—7821. PMC 5135334Слободан приступ. PMID 27791164. doi:10.1073/pnas.1614614113. 
  36. 36,0 36,1 36,2 36,3 Zhu Y, Wang WL, Yu D, Ouyang Q, Lu Y, Mao Y (април 2018). „Structural mechanism for nucleotide-driven remodeling of the AAA-ATPase unfoldase in the activated human 26S proteasome”. Nature Communications. 9 (1): 1360. PMC 5893597Слободан приступ. PMID 29636472. doi:10.1038/s41467-018-03785-w. 
  37. 37,0 37,1 37,2 Unverdorben P, Beck F, Śledź P, Schweitzer A, Pfeifer G, Plitzko JM, Baumeister W, Förster F (април 2014). „Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (15): 5544—9. PMC 3992697Слободан приступ. PMID 24706844. doi:10.1073/pnas.1403409111. 
  38. ^ Śledź P, Unverdorben P, Beck F, Pfeifer G, Schweitzer A, Förster F, Baumeister W (април 2013). „Structure of the 26S proteasome with ATP-γS bound provides insights into the mechanism of nucleotide-dependent substrate translocation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (18): 7264—7269. PMC 3645540Слободан приступ. PMID 23589842. doi:10.1073/pnas.1305782110. 
  39. ^ Matyskiela ME, Lander GC, Martin A (јул 2013). „Conformational switching of the 26S proteasome enables substrate degradation”. Nature Structural & Molecular Biology. 20 (7): 781—788. PMC 3712289Слободан приступ. PMID 23770819. doi:10.1038/nsmb.2616. 
  40. ^ Lu Y, Wu J, Dong Y, Chen S, Sun S, Ma YB, Ouyang Q, Finley D, Kirschner MW, Mao Y (јул 2017). „Conformational Landscape of the p28-Bound Human Proteasome Regulatory Particle”. Molecular Cell. 67 (2): 322—333.e6. PMC 5580496Слободан приступ. PMID 28689658. doi:10.1016/j.molcel.2017.06.007. 
  41. ^ Köhler A, Cascio P, Leggett DS, Woo KM, Goldberg AL, Finley D (јун 2001). „The axial channel of the proteasome core particle is gated by the Rpt2 ATPase and controls both substrate entry and product release”. Molecular Cell. 7 (6): 1143—52. PMID 11430818. doi:10.1016/S1097-2765(01)00274-X. 
  42. ^ Förster A, Masters EI, Whitby FG, Robinson H, Hill CP (мај 2005). „The 1.9 A structure of a proteasome-11S activator complex and implications for proteasome-PAN/PA700 interactions”. Molecular Cell. 18 (5): 589—99. PMID 15916965. doi:10.1016/j.molcel.2005.04.016. 

Literatura[уреди]

Spoljašnje veze[уреди]