УЕФА Лига шампиона 2006/07. је 52 сезона одржавања овог најважнијег клупског такмичења УЕФА савеза, а 15 сезона од реорганизације овог такмичења и промене назива у УЕФА Лига шампиона.
Седамдесет три клуба је учествовало у УЕФА Лиги шампиона 2006/07. из 50 држава чланица УЕФА савеза. Свака држава даје одређени број представника у Лиги шампиона на основу коефицијената лиге; савез са већим коефицијентом даје већи број представника него савез са мањим коефицијентом, али ни један савез не може представљати више од четири клуба. Сви фудбалски савези имају бар једног представника у квалификацијама, сем Лихтенштајна, чији се клубови такмиче у швајцарским лигама, али нема тим у Суперлиги Швајцарске.
Савези 1-3 (Шпанија, Енглеска и Италија): 4 представника
Савези 4-6 (Француска, Немачка и Португал): 3 представника
Савези 7-15: 2 представника
Савези 16-50: 1 представника
Фудбалски савези Сан Марина и Андоре нису имали представника у квалификацијама за Лигу шампиона
Прво коло квалификација: (24 представника)
24 шампиона из савеза 26–50 (не укључујући Лихтенштајн)
Друго коло квалификација: (28 представника)
12 победника првог кола квалификација
10 шампиона из савеза 16-25
6 вицешампиона из савеза 10-15
Треће коло квалификација: (32 тима)
14 победника из другог кола квалификација
6 шампиона из сазвеза 10-15 (Шкотска, Турска, Чешка, Русија, Аустрија и Украјина)
3 вицешампиона из савеза 7-9 (Холандија, Грчка и Белгија)
* Због оружаних сукоба у Изреалу УЕФА је донела одлуку да се ова утакмица игра на неутралном терену. Утакмица је одиграна на стадиону Валери Лобановски у Кијеву.
Прве две екипе из сваке групе су се пласирале у осмину финала, док су трећепласиране екипе наставиле такмичење у шеснестини финла УЕФА купа. Према параграфу 4.05 у УЕФА правилима за ту сезону, уколико две или више екипа имају исти број бодова по завршетку такмичења по групама, њихов редослед се одређује на основу следећих правила:
већи број бодова освојен у међусобним сусретима;
боља гол-разлика остваена у међусобним сусретима;
већи број голова постигнут на гостовању у међусобним сусретима;
боља гол-разлика из свих одиграних утакмица групне фазе;
већи број постигнутих голова у свим утакмицама групне фазе;
већи коефицијент који је остварио клуб, као и фудбалски савез коме клуб припада у претхоних 5 сезона.